circRNA секвенционирање-Illumina
Карактеристики
● Осиромашување на rRNA проследено со подготовка на насочена библиотека, овозможувајќи секвенционирање на податоците што се специфични за жиците.
● Биоинформатскиот работен тек овозможува предвидување на circRNA и квантификација на изразување
Предности на услугата
●Посеопфатни РНК библиотеки:ние користиме исцрпување на rRNA наместо линеарно исцрпување на РНК во нашата претбиблиотечна подготовка, осигурувајќи дека податоците за секвенционирање не вклучуваат само circRNA, туку и mRNA и lncRNA, овозможувајќи заедничка анализа на овие збирки на податоци
●Факултативна анализа на конкурентни ендогени РНК (цеРНК) мрежи: обезбедување подлабоко увид во клеточните регулаторни механизми
●Широка експертиза: со досие за обработка на над 20.000 примероци во BMK, кои опфаќаат различни типови примероци и проекти lncRNA, нашиот тим носи богато искуство во секој проект.
●Ригорозна контрола на квалитетот: ги имплементираме основните контролни точки во сите фази, од подготовка на примерок и библиотека до секвенционирање и биоинформатика.Овој прецизен мониторинг обезбедува испорака на конзистентно висококвалитетни резултати.
● Пост-продажна поддршка: Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата.Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Примерок барања и испорака
| Библиотека | Платформа | Препорачани податоци | КК на податоци |
| Поли А збогатен | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥6,5; За животни: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
● Растенија:
Корен, стебло или ливче: 450 mg
Лист или семе: 300 mg
Овошје: 1,2 гр
● Животно:
Срце или црево: 450 mg
Висцера или мозок: 240 mg
Мускули: 600 mg
Коски, коса или кожа: 1,5 g
● Членконоги:
Инсекти: 9гр
Рака: 450 mg
● Цела крв:2 цевки
● Клетки: 106 клетките
● Серум и плазма: 6 ml
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3;Б1, Б2, Б3... ...
Испорака:
1. Сув мраз: примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2. РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Биоинформатика
Предвидување на circRNA: хромозомска дистрибуција
Диференцијално изразени circRNAs – Вулканска шема
Диференцијално изразени circRNAs – хиерархиско групирање
Функционално збогатување на гените-домаќини на circRNA
Истражете го напредокот во истражувањето олеснет од услугите за секвенционирање на циркРНК на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Ванг, X. et al.(2021) 'CPSF4 го регулира формирањето на циркРНК и замолчувањето на гените со посредство на микроРНК кај хепатоцелуларниот карцином', Oncogene 2021 40:25, 40(25), стр. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'Хоо-одговорен транскриптом ја открива улогата на кружната РНК133 во отпорноста на болеста преку регулирање на експресијата на OsARAB во оризот', Phytopathology Research, 5(1), стр. 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) „CPSF3 ја модулира рамнотежата на кружните и линеарните транскрипти кај хепатоцелуларниот карцином“.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) „Сеопфатна евалуација на циркРНК во цирозна кардиомиопатија пред и по трансплантација на црн дроб“, Меѓународна имунофармакологија, 114, стр.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
