Еволутивна генетика
Предности на услугата
Такаги и др.,Дневник за растенија, 2013
●Сеопфатна биоинформатичка анализа:овозможувајќи проценка на генетската разновидност, што го одразува еволутивниот потенцијал на видовите, и откривајќи сигурна филогенетска врска меѓу видовите со минимизирано влијание на конвергентната еволуција и паралелната еволуција
●Опционална прилагодена анализа: како што е проценката на времето и брзината на дивергенција врз основа на варијации на ниво на нуклеотиди и аминокиселини.
●Обемна експертиза и записи за објавувањеBMKGene има акумулирано огромно искуство во проекти за популациска и еволутивна генетика повеќе од 15 години, опфаќајќи илјадници видови итн. и придонесе во над 1000 проекти на високо ниво објавени во Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal итн.
● Висококвалификуван биоинформатички тим и краток циклус на анализаСо големо искуство во напредна геномска анализа, тимот на BMKGene испорачува сеопфатни анализи со брзо време на извршување.
● Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега и по завршувањето на проектот со 3-месечен постпродажен период на услуга. Во овој период, нудиме следење на проектот, помош при решавање проблеми и сесии со прашања и одговори за да одговориме на сите прашања поврзани со резултатите.
Спецификации и барања за услуги
| Вид на секвенционирање | Препорачана скала на популацијата | Стратегија за секвенционирање | Нуклеотидни потреби |
| Секвенционирање на целиот геном | ≥ 30 лица, со ≥ 10 лица од секоја подгрупа
| 10x | Концентрација: ≥ 1 ng/ µL Вкупна количина ≥ 30 нг Ограничена или никаква деградација или контаминација |
| Специфичен локус засилен фрагмент (SLAF) | Длабочина на ознаката: 10x Број на ознаки: <400 Mb: Препорачливо е WGS <1Gb: 100K ознаки 1GB >2Gb: 300K ознаки Максимални 500 илјади ознаки | Концентрација ≥ 5 ng/µL Вкупна количина ≥ 80 ng Нанокапка OD260/280=1,6-2,5 Агарозен гел: без или ограничена деградација или контаминација
|
Тек на работа на услугата
Дизајн на експеримент
Достава на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Услугата вклучува анализа на структурата на популацијата (филогенетско дрво, PCA, графикон на стратификација на популацијата), разновидност на популацијата и селекција на популацијата (нерамнотежа на поврзување, селективен избор на поволни локации). Услугата може да вклучува и прилагодена анализа (на пр. време на дивергенција, проток на гени).
*Демо резултатите прикажани овде се од геноми објавени со BMKGENE
1. Еволутивната анализа содржи конструкција на филогенетско дрво, структура на популацијата и PCA врз основа на генетски варијации.
Филогенетското дрво ги претставува таксономските и еволутивните врски меѓу видовите со заеднички предок.
PCA има за цел да ја визуелизира блискоста помеѓу подпопулациите.
Структурата на популацијата покажува присуство на генетски различна подпопулација во однос на алелните фреквенции.
Чен, и др.,ПНАС, 2020
2. Селективно движење
Селективното чистење се однесува на процес со кој се избира поволна локација и се зголемуваат фреквенциите на поврзаните неутрални локации, а се намалуваат оние на неповрзаните локации, што резултира со намалување на регионалните.
Детекцијата на целиот геном на селективни региони на скенирање се обработува со пресметување на популацискиот генетски индекс (π, Fst, Tajima's D) на сите SNP во рамките на лизгачки прозорец (100 Kb) на одреден чекор (10 Kb).
Нуклеотидна разновидност (π)
Таџима Д
Индекс на фиксација (Fst)
Ву, и др.,Молекуларна фабрика, 2018
3. Генски проток
Ву, и др.,Молекуларна фабрика, 2018
4. Демографска историја
Жанг, и др.,Природна екологија и еволуција, 2021
5. Време на дивергенција
Жанг, и др.,Природна екологија и еволуција, 2021
Истражете ги напредоците овозможени од услугите за еволутивна генетика на BMKGene преку курирана колекција на публикации:
Хасањар, АК и др. (2023) „Откривање на молекуларни маркери на SNP и кандидат гени поврзани со отпорност на вирусот на сакрално легло кај ларви од Apis cerana cerana со ресеквенционирање на целиот геном“,Меѓународно списание за молекуларни науки, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чаи, Ј. и др. (2022) „Откривањето на див, генетски чист кинески џиновски саламандер создава нови можности за зачувување“,Зоолошки истражувања, 2022, том 43, број 3, страници: 469-480, 43(3), стр. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. и др. (2022) „Филогеографски модел и историја на еволуција на популацијата на домородниот Elymus sibiricus L. на Ќингхај-тибетската висорамнина“,Граници во растителната наука, 13, стр. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Ванг, Ј. и др. (2022) „Геномски увид во еволуцијата на лонганот од склопување на геном на ниво на хромозом и популациска геномика на аксесиони лонган“,Истражување на хортикултурата, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
