Производи

Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора

Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Избрана слика со нанопори

Секвенционирањето на РНК е непроценлива алатка за сеопфатна анализа на транскриптом.Несомнено, традиционалното секвенционирање на кратко читање постигна многу важен развој овде.Сепак, често се среќава со ограничувања во идентификациите на изоформите со целосна должина, квантификацијата, пристрасноста на PCR.

Секвенционирањето на нанопорите се разликува од другите платформи за секвенционирање, со тоа што нуклеотидите се читаат директно без синтеза на ДНК и генерира долго читање со десетици килобази.Ова го овластува директното читање вкрстување на преписи со целосна должина и справување со предизвиците во студиите на ниво на изоформи.

Платформа:Nanopor PromethION

Библиотека:cDNA-PCR

Контактирајте не

Детали за услугата

Демо резултати

Студија на случај

Предности на услугата

● Пристрасност со ниска низа

● Откривање на молекули на cDNA со целосна должина

● Потребни се помалку податоци за покривање на ист број преписи

● Идентификација на повеќе изоформи по ген

● Квантификација на изразување во ниво на изоформи

Спецификации за услуги

Библиотека

Платформа

Препорачан принос на податоци (Gb)

Контрола на квалитет

cDNA-PCR (збогатен со поли-А)

Nanopor PromethION P48

6 Gb/примерок (во зависност од видот)

Сооднос на целата должина (70%

Просечен резултат за квалитет: Q10

Биоинформатички анализи

●Обработка на необработени податоци

● Идентификација на препис

● Алтернативно спојување

● Квантификација на изразување во генско ниво и ниво на изоформи

● Анализа на диференцијални изрази

● Прибелешка и збогатување на функции (DEG и DET)

Примерок барања и испорака

Барања за примероци:

Нуклеотиди:

Конк.(ng/μl)

Количина (μg)

Чистота

Интегритет

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот.

За растенија: RIN≥7,0;

За животни: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

ограничена или без основна елевација

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 g

*За ткиво помало од 5 mg, препорачуваме да се испрати флеш замрзнато (во течен азот) примерок од ткиво.

Клеточна суспензија: Број на клетки = 3×10⁶- 1×10⁷

*Препорачуваме да се испорача замрзнат клеточен лизат.Во случај таа ќелија да брои помала од 5×10⁵, се препорачува блиц замрзнато во течен азот, што е подобро за микро екстракција.

Примероци од крв: Волумен≥1 ml

Препорачана испорака на примероци

Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)

Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3;Б1, Б2, Б3... ...

Испорака: 2, сув мраз: примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.

РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.

Тек на услужна работа

Нуклеотиди:

Испорака на примероци

Изградба на библиотека

Секвенционирање

Анализа на податоци

Услуги по продажба

Тек на услужна работа

Ткиво:

Дизајн на експеримент

Испорака на примероци

Екстракција на РНК

Изградба на библиотека

Секвенционирање

Анализа на податоци

Услуги по продажба

Претходно: Секвенционирање на мРНК со целосна должина - PacBio

Следно: 10x Genomics Visium просторен транскриптом

1.Анализа на диференцијални изрази -Вулканска парцела

Анализата на диференцијална експресија може да се обработи и на ниво на ген за да се идентификуваат диференцијално изразените гени (DEGs) и на ниво на изоформи за да се идентификува диференцијално

3 (1)

изразени транскрипти (DETs)

2.Хиерархиска топлинска карта на кластерирање

3.Алтернативна идентификација и класификација на спојување

Асталависта може да предвиди пет типа на алтернативни настани за спојување.

4.Алтернативна полиаденилација (АПА) идентификација на настани и мотив на 50 bp возводно од поли-А

Случај БМК

Алтернативна идентификација на спојување и квантификација на ниво на изоформи со секвенционирање на транскриптом со целосна должина на нанопори

Објавено:Nature Communications, 2020 година

Стратегија за секвенционирање:

Групирање: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E мутација);3. Нормални Б-клетки

Стратегија за секвенционирање: секвенционирање на библиотеката MinION 2D, секвенционирање на библиотеката PromethION 1D;кратко прочитани податоци од истите примероци

Платформа за секвенционирање: Nanopore MinION;Nanopor PromethION;

Клучни резултати

1.Алтернативна идентификација на спојување на ниво на изоформа

Долго прочитаните секвенци овозможуваат идентификација на мутантот SF3B1^K700E-променети места на спојување на ниво на изоформа.Откриено е дека 35 алтернативни 3'SS и 10 алтернативни 5'SS се значително различно споени помеѓу SF3B1^K700Eи SF3B1^WT.33 од 35-те измени беа новооткриени со долго прочитани секвенци.

2.Квантификација на алтернативно спојување на ниво на изоформа

Изразување на изоформите за задржување на интрон (IR) во SF3B1^K700Eи SF3B1^WTбеа квантифицирани врз основа на секвенци на нанопори, откривајќи глобална надолна регулација на IR изоформите во SF3B1^K700E.

Референца

Танг АД, Солет ЦМ, Барен МЈВ и др.Карактеризирањето на транскриптот со целосна должина на мутацијата на SF3B1 кај хроничната лимфоцитна леукемија открива надолна регулација на задржаните интрони [J].Природа комуникации.