Секвенционирање на mRNA со целосна должина - Нанопор
Карактеристики
● Зафаќање на поли-А иРНК проследено со синтеза на кДНК и подготовка на библиотека
● Секвенционирање на транскриптите во целосна должина
● Биоинформатичка анализа базирана на усогласување со референтен геном
● Биоинформатичката анализа вклучува не само експресија на ниво на гени и изоформи, туку и анализа на lncRNA, генски фузии, полиаденилација и структура на гени
Предности на услугата
●Квантификација на експресијата на изоформско ниво: овозможување на детална и прецизна анализа на експресијата, откривајќи ја промената што може да биде маскирана при анализата на целата генска експресија
●Намалени барања за податоци:Во споредба со секвенцирањето од следната генерација (NGS), секвенцирањето на нанопори покажува помали барања за податоци, овозможувајќи еквивалентни нивоа на сатурација на квантификација на генската експресија со помали податоци.
●Повисока точност на квантификација на изразот: и на генско и на изоформско ниво
●Идентификација на дополнителни транскриптомски информацииалтернативна полиаденилација, фузиони гени и lcnRNA и нивните целни гени
●Обемна експертизаНашиот тим внесува богато искуство во секој проект, откако заврши над 850 транскриптомски проекти со целосна должина на нанопори и обработи над 8.000 примероци.
●Поддршка по продажбатаНашата посветеност се протега и по завршувањето на проектот со 3-месечен постпродажен период на услуга. Во овој период, нудиме следење на проектот, помош при решавање проблеми и сесии со прашања и одговори за да одговориме на сите прашања поврзани со резултатите.
Потребни примероци и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Поли А збогатен | Нанопор ПрометИОН 48 | 6/12 ГБ | Просечен резултат за квалитет: Q10 |
Примерок Потребни ...
Нуклеотиди:
| Концентрација (ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација со протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥7,0; За животни: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничено или никакво покачување на базалната линија |
● Растенија:
Корен, стебло или ливче: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Овошје: 1,2 г
● Животно:
Срце или црева: 300 мг
Високи органи или мозок: 240 мг
Мускули: 450 мг
Коски, коса или кожа: 1 г
● Членконоги:
Инсекти: 6 г
Ракови: 300 мг
● Цела крв: 1 цевка
● Клетки: 106 клетки
Препорачана достава на примероци
Контејнер: центрифугална епрувета од 2 ml (не се препорачува употреба на лимена фолија)
Означување на примероци: Групирај+повтори на пр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Испорака:
1. Сув мраз: Примероците треба да се спакуваат во кеси и да се закопуваат во сув мраз.
2. РНК-стабилни епрувети: Примероците на РНК може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на работа на услугата
Нуклеотиди:
Достава на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Тек на работа на услугата
Ткиво:
Дизајн на експеримент
Достава на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
● Обработка на сурови податоци
● Идентификација на транскрипт
● Алтернативно спојување
● Квантификација на експресијата на ниво на гени и ниво на изоформи
● Анализа на диференцијални изрази
● Анотација и збогатување на функции (DEG и DET)
Алтернативна анализа на спојување
Алтернативна анализа на полиаденилација (APA)
Предвидување на lncRNA
Анотација на нови гени
Кластерирање на DET-ови
Протеинско-протеински мрежи во DEG
Истражете ги напредоците овозможени од услугите за секвенционирање на целосна должина на mRNA на Nanopore на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Гонг, Б. и др. (2023) „Епигенетска и транскрипциона активација на секреторната киназа FAM20C како онкоген кај глиом“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Хе, З. и др. (2023) „Секвенционирањето на транскриптомите со целосна должина на лимфоцитите кои реагираат на IFN-γ открива Th1-искривен имунолошки одговор кај камбала (Paralichthys olivaceus)“, Имунологија на риби и школки, 134, стр. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Ј. и др. (2023) „Компаративна анализа на методите за секвенционирање на PacBio и ONT РНК за идентификација на отровот од Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), стр. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ју, Д. и др. (2023) „Нано-секвенцијалната анализа открива различна функционална тенденција помеѓу егзозомите и микровезикулите добиени од hUMSC“, Истражување и терапија на матични клетки, 14(1), стр. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/ТАБЕЛИ/6.
