Анализа на асоцијација на ниво на геном
Работен тек
Предности на услугата
●Обемна експертиза и записи за објавувањеСо акумулирано искуство во GWAS, BMKGene заврши стотици проекти за видови во истражувањето на популациските GWAS, им помогна на истражувачите да објават повеќе од 100 статии, а кумулативниот фактор на влијание достигна 500.
● Сеопфатна биоинформатичка анализа: работниот тек вклучува анализа на асоцијација на SNP-особини, испорачувајќи сет на кандидатски гени и нивна соодветна функционална анотација.
●Висококвалификуван биоинформатички тим и краток циклус на анализаСо големо искуство во напредна геномска анализа, тимот на BMKGene испорачува сеопфатни анализи со брзо време на извршување.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега и по завршувањето на проектот со 3-месечен постпродажен период на услуга. Во овој период, нудиме следење на проектот, помош при решавање проблеми и сесии со прашања и одговори за да одговориме на сите прашања поврзани со резултатите.
Спецификации и барања за услуги
| Вид на секвенционирање | Препорачана скала на популацијата | Стратегија за секвенционирање | Нуклеотидни потреби |
| Секвенционирање на целиот геном | 200 примероци | 10x | Концентрација: ≥ 1 ng/ µL Вкупна количина ≥ 30 нг Ограничена или никаква деградација или контаминација |
| Специфичен локус засилен фрагмент (SLAF) | Длабочина на ознаката: 10x Број на ознаки: < 400 Mb: се препорачува WGS < 1Gb: 100K ознаки 1GB > 2Gb: 300K ознаки Максимални 500 илјади ознаки | Концентрација ≥ 5 ng/µL Вкупна количина ≥ 80 ng Нанокапка OD260/280=1,6-2,5 Агарозен гел: без или ограничена деградација или контаминација
|
Избор на материјал
Различни сорти, подвидови, локални раси/генбанки/мешани семејства/диви ресурси
Различни сорти, подвидови, локални раси
Семејство од полубраќа и сестри/семејство од целобраќа и сестри/диви ресурси
Тек на работа на услугата
Дизајн на експеримент
Достава на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Вклучува следнава анализа:
- Анализа на асоцијација на ниво на геном: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM модел
- Функционална анотација на кандидат гени
Анализа на асоцијација на SNP-особини – Менхетен дијаграм
Анализа на асоцијација на SNP-особини – QQ графикон
Истражете ги напредоците што ги овозможуваат услугите на BMKGene de GWAS преку курирана колекција на публикации:
Лв, Л. и др. (2023) „Увид во генетската основа на толеранцијата на амонијак кај школката Sinonovacula constricta преку студија на асоцијација на ниво на целиот геном“,Аквакултура, 569, стр. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Ли, Х. и др. (2022) „Мулти-омичните анализи на 398 припојувања од просо од лисичја опашка откриваат геномски региони поврзани со припитомување, метаболитски особини и антиинфламаторни ефекти“,Молекуларна фабрика, 15 (8), стр. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Ли, Ј. и др. (2022) „Мапирање на асоцијациите на ниво на геном на фенотипови со едвај лушпа во сушна средина“,Граници во растителната наука, 13, стр. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Жао, Х. и др. (2021) „GmST1, кој кодира сулфотрансфераза, дава отпорност на соевите G2 и G3 на соиниот мозаичен вирус“,Растение, клетка и животна средина, 44 (8), стр. 2777-2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
