-
Секвенционирање на геномот на растително/животно De novo
Де новосеквенционирањето се однесува на изградба на целиот геном на еден вид со користење на технологии за секвенционирање, на пр. PacBio, Nanopore, NGS, итн., во отсуство на референтен геном.Извонредното подобрување во должината на читањето на технологиите за секвенционирање од третата генерација донесе нови можности за составување сложени геноми, како што се оние со висока хетерозиготност, висок сооднос на повторливи региони, полиплоиди итн. Со должина на читање на ниво од десетици килобази, овие читања на секвенционирање овозможуваат разрешување на повторувачки елементи, региони со абнормална содржина на GC и други високо сложени региони.
Платформа: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Геном засновано на Hi-C
Hi-C е метод дизајниран да ја долови конфигурацијата на хромозомот со комбинирање на интеракции засновани на блискост и високопропусна секвенца.Се верува дека интензитетот на овие интеракции е негативно корелиран со физичкото растојание на хромозомите.Затоа, податоците на Hi-C би можеле да го водат групирањето, подредувањето и ориентирањето на собраните секвенци во нацрт геномот и прицврстувањето на тие на одреден број хромозоми.Оваа технологија го зајакнува геномот на ниво на хромозом во отсуство на генетска карта заснована на популација.На секој геном му треба Hi-C.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Еволутивна генетика
Еволутивната генетика е спакувана услуга за секвенционирање дизајнирана да обезбеди сеопфатна интерпретација на еволутивните информации на дадените материјали врз основа на генетски варијации, вклучувајќи SNP, InDels, SV и CNV.Ги обезбедува сите фундаментални анализи потребни за опишување на еволутивните промени и генетските карактеристики на популациите, како што се структурата на популацијата, генетската разновидност, филогенските односи итн. Исто така, содржи студии за протокот на гените, што ја поттикнува проценката на ефективната големина на популацијата, времето на дивергенција.
-
Компаративна геномика
Компаративна геномика буквално значи споредување на целосните геномски секвенци и структури на различни видови.Оваа дисциплина има за цел да ја открие еволуцијата на видовите, функцијата на генот, механизмот за регулирање на генот на ниво на геном преку идентификување на структурите и елементите на низата кои се конзервирани или диференцирани кај различни видови.Типична компаративна геномска студија вклучува анализи во семејството на гени, еволутивен развој, дуплирање на целиот геном, селективен притисок итн.
-
Обемна сегрегантна анализа
Збирна сегрегантна анализа (BSA) е техника која се користи за брзо идентификување на генетските маркери поврзани со фенотипот.Главниот работен тек на BSA содржи избирање на две групи на индивидуи со екстремно спротивставени фенотипови, здружување на ДНК на сите индивидуи за да се формираат два најголеми ДНК, идентификација на диференцијални секвенци помеѓу два базени.Оваа техника е интензивно користена во идентификување на генетски маркери силно поврзани со целните гени во геномите на растенијата/животините.
