Производи

Долго секвенционирање без кодирање-Илумина

Долго некодирачко секвенционирање - Избрана слика на Illumina

Долгите некодирачки РНК (lncRNAs) се вид на РНК молекули со должина поголема од 200 nt, кои се карактеризираат со екстремно низок потенцијал за кодирање.LncRNA, како клучен член во некодирачките РНК, главно се наоѓа во јадрото и плазмата.Развојот на технологијата за секвенционирање и биоинформтиката овозможува идентификација на бројни нови lncRNA и поврзување на тие со биолошки функции.Акумулативните докази сугерираат дека lncRNA е широко вклучена во епигенетската регулација, регулацијата на транскрипцијата и регулацијата по транскрипцијата.

Контактирајте не

Детали за услугата

Биоинформатика

Демо резултати

Студија на случај

Предности на услугата

● Предности на услугата

● Клеточни и ткивни специфични

● Специфичната фаза изразува и прикажува динамична промена на изразот

● Прецизни обрасци на изразување на времето и просторот

● Заедничка анализа со податоци од mRNA.

● Испорака на резултати базирани на BMKCloud: приспособено ископување податоци достапно на платформата.

● Услуги по продажбата важат 3 месеци по завршувањето на проектот

Примерок барања и испорака

Библиотека	Платформа	Препорачани податоци	КК на податоци
осиромашување на rRNA	Illumina PE150	10 GB	Q30≥85%

Конк.(ng/μl)

Количина (μg)

Чистота

Интегритет

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот.

За растенија: RIN≥6,5;

За животни: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

ограничена или без основна елевација

Нуклеотиди:

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 g

*За ткиво помало од 5 mg, препорачуваме да се испрати флеш замрзнато (во течен азот) примерок од ткиво.

Клеточна суспензија: Број на клетки = 3×10⁷
*Препорачуваме да се испорача замрзнат клеточен лизат.Во случај таа ќелија да брои помала од 5×10⁵, се препорачува блиц замрзнато во течен азот.

Примероци од крв:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIZol и 2mL крв (TRIzol:Крв=3:1)

Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3;Б1, Б2, Б3... ...

Испорака:
1.Сува мраз: Примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2.РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.

Тек на услужна работа

Дизајн на експеримент

Испорака на примероци

Екстракција на РНК

Изградба на библиотека

Секвенционирање

Анализа на податоци

Услуги по продажба

Претходно: Секвенционирање на мала РНК-Илумина

Следно: Не-референтно секвенционирање на мРНК-Илумина

Биоинформатика

1.LncRNA класификација

LncRNA предвидена од четирите софтвери погоре беа класифицирани во 4 категории: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;смисла-LncRNA.Класификацијата на LncRNA беше прикажана во хистограмот подолу.

LncRNA-класификација

Класификација на LncRNA

2.Cis-таргетирани гени на анализа на збогатување на DE-lncRNA

ClusterProfiler беше употребен во анализа на збогатување GO на cis-таргетирани гени на диференцијално изразена lncRNA (DE-lncRNA), во однос на биолошките процеси, молекуларните функции и клеточните компоненти.Анализата на збогатување GO е процес за идентификување на GO-упатените значително збогатени термини во споредба со целиот геном.Збогатените термини беа претставени во хистограм, меур дијаграм итн. како што е прикажано подолу.

Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chart Cis-таргетирани гени на анализа на збогатување DE-lncRNA - Табела со меурчиња

3. Со споредување на должината, бројот на егзонот, ORF и количината на изразување на mRNA и lncRNA, можеме да ги разбереме разликите во структурата, низата и така натаму меѓу нив, а исто така да потврдиме дали новата lncRNA предвидена од нас е во согласност со општите карактеристики.

Случај БМК

Дерегулиран профил на експресија на lncRNA кај аденокарциноми на белите дробови на глувчето со KRAS-G12D мутација и P53 нокаут

Објавено:Весник за клеточна и молекуларна медицина,2019 година

Стратегија за секвенционирање

Илумина

Собирање примероци

Клетките NONMMUT015812-нокдаун KP (shRNA-2) и негативните контролни (sh-Scr) клетки беа добиени на 6-тиот ден од специфична вирусна инфекција.

Клучни резултати

Оваа студија ги истражува неправилно изразените lncRNA во белодробниот аденокарцином на глувчето со нокаут P53 и мутацијата KrasG12D.
1,6424 lncRNA беа диференцијално изразени (≥ 2-кратна промена, P <0,05).
2. Меѓу сите 210 lncRNA (FC≥8), експресијата на 11 lncRNA беше регулирана со P53, 33 lncRNA со KRAS и 13 lncRNA со хипоксија во примарните КП клетки, соодветно.
3. NONMMUT015812, кој беше неверојатно регулиран кај аденокарцином на белите дробови на глувчето и негативно регулиран со реекспресијата на P53, беше откриен за да се анализира неговата клеточна функција.
4. Соборувањето на NONMMUT015812 од shRNA ги намали пролиферациските и миграционите способности на КП-клетките.NONMMUT015812 беше потенцијален онкоген.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

KEGG анализа на патеката на диференцијално изразените гени во NONMMUT015812-нокдаун KP-клетките

Генска онтолошка анализа на диференцијално изразените гени во NONMMUT015812-нокдаун KP-клетките

Референца

Дерегулиран профил на изразување на lncRNA кај аденокарциноми на белите дробови на глувчето со мутација KRAS-G12D и P53 нокаут[J].Весник за клеточна и молекуларна медицина, 2019 година, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584