mRNA-seq (NGS) – De novo

Секвенционирањето на mRNA овозможува профилирање на сите транскрипти на mRNA во клетките под специфични услови и е широко користена технологија во различни истражувачки области. Протоколот за mRNA-seq на BMKCloud De novo е дизајниран да анализира библиотеки за секвенционирање збогатени со поли-А кога нема достапен референтен геном. Протоколот започнува со контрола на квалитетот, по што следуваде новоСоставување на транскриптите и селекција на унигенски сет. Анализата на унигенската структура предвидува кодирачка секвенца (CDS) и едноставни повторувања на секвенци (SSR). Последователно, анализата на диференцијалната експресија наоѓа диференцијално експресирани гени (DEG) меѓу тестираните услови, проследено со функционална анотација и збогатување на DEG за да се извлечат биолошки сознанија.