page_head_bg

Производи

Метагеномско секвенционирање-Нанопор

Метагеномијата е молекуларна алатка која се користи за анализа на мешаните геномски материјали извлечени од примероци од животната средина, која обезбедува детални информации за разновидноста и изобилството на видовите, структурата на популацијата, филогенетскиот однос, функционалните гени и мрежата на корелација со факторите на животната средина итн. Платформите за секвенционирање нанопори неодамна беа воведени до метагеномски студии.Неговите извонредни перформанси во должината на читање во голема мера ја подобрија метагеномската анализа на долниот тек, особено склопувањето на метагеномот.Искористувајќи ги предностите на должината на читање, метагеномската студија заснована на Нанопор може да постигне поконтинуирано склопување во споредба со метагеномијата на пушки.Објавено е дека метагеномијата базирана на Nanopore успешно генерира целосни и затворени бактериски геноми од микробиомите (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)

Платформа:Nanopor PromethION P48


Детали за услугата

Демо резултати

Случај БМК

Предности на услугата

ØВисококвалитетно склопување-Подобрување на точноста на идентификацијата на видовите и предвидувањето на функционалните гени

ØЗатворена изолација на бактериски геном

ØПомоќна и посигурна примена во различни области, на пр. откривање на патогени микроорганизми или гени поврзани со отпорност на антибиотици

ØКомпаративна анализа на метагеном

Спецификации за услуги

СеквенционирањеПлатформа

Библиотека

Препорачан принос на податоци

Проценето време на пресврт

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Ознаки

30 дена

Биоинформатички анализи

üКонтрола на квалитетот на необработените податоци

üСклоп на метагеном

üНеизлишни генски сет и прибелешки

üАнализа на разновидноста на видовите

üАнализа на различноста на генетските функции

üАнализа меѓу групите

üАнализа на асоцијација против експериментални фактори

2

Примерок барања и испорака

Барања за примероци и испорака

Барања за примероци:   

ЗаДНК екстракти:

Тип на примерок

износ

Концентрација

Чистота

ДНК екстракти

> 30 нг

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

За примероци од животната средина:

Тип на примерок

Препорачана процедура за земање мостри

Почва

Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна EP-цевка или цироцевка за резервација.

Измет

Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација.

Цревната содржина

Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки.

Тиња

Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и издвојте примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација

Водно тело

За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка.

Кожата

Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршки нож и ставете ја во стерилна цевка.

Препорачана испорака на примероци

Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.

Тек на услужна работа

logo_02

Испорака на примерок

logo_04

Изградба на библиотека

logo_05

Секвенционирање

logo_06

Анализа на податоци

logo_07

Услуги по продажба


  • Претходно:
  • Следно:

  • 1.Топлинска карта: Групирање на богатството на видовите32. Функционални гени означени на метаболичките патишта на KEGG43.Мрежа за корелација на видови54. Циркос на гените за отпорност на антибиотици CARD
    6

    Случај БМК

    Нанопорната метагеномика овозможува брза клиничка дијагноза на бактериска долна респираторна инфекција

    Објавено:Природа биотехнологија, 2019 година

    Технички моменти
    Секвенционирање: Nanopore MinION
    Биоинформатика на клиничка метагеномика: осиромашување на ДНК на домаќинот, анализа WIMP и ARMA
    Брзо откривање: 6 часа
    Висока чувствителност: 96,6%

    Клучни резултати

    Во 2006 година, долните респираторни инфекции (LR) предизвикаа 3 милиони човечки смртни случаи на глобално ниво.Типичниот метод за откривање на патогенот LR1 е одгледувањето, кое има слаба чувствителност, долго време на обложување и е недостаток на насоки во раната антибиотска терапија.Брзата и точна микробна дијагноза одамна е итна потреба.Д-р Џастин од Универзитетот во Источна Англија и неговите партнери успешно развија метагеномски метод базиран на Нанопор за откривање на патогени.Според нивниот работен тек, 99,99% од ДНК на домаќинот може да се исцрпи.Откривањето на патогени и гени отпорни на антибиотици може да се заврши за 6 часа.

    Референца
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопорната метагеномика овозможува брза клиничка дијагноза на бактериска долна респираторна инфекција.Природа биотехнологија, 37 (7), 1.

    добие понуда

    Напишете ја вашата порака овде и испратете ни ја

    Испратете ни ја вашата порака: