Метагеномско секвенционирање-Нанопор
Предности на услугата
● Висококвалитетно склопување-Подобрување на точноста на идентификацијата на видовите и предвидувањето на функционалните гени
● Затворена изолација на бактериски геном
● Помоќна и сигурна примена во различни области, на пр. откривање на патогени микроорганизми или гени поврзани со отпорност на антибиотици
● Компаративна анализа на метагеном
Спецификации за услуги
| Платформа | Секвенционирање | Препорачани податоци | Време на пресврт |
| Нанопор | ОНТ | 6 Г/10 Г | 65 работни денови |
Биоинформатички анализи
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● Склоп на метагеном
● Неизлишни генски сет и прибелешки
● Анализа на разновидноста на видовите
● Анализа на различноста на генетските функции
● Анализа меѓу групите
● Анализа на асоцијација против експериментални фактори
Примерок барања и испорака
Барања за примероци и испорака
Барања за примероци:
ЗаДНК екстракти:
| Тип на примерок | износ | Концентрација | Чистота |
| ДНК екстракти | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
За примероци од животната средина:
| Тип на примерок | Препорачана процедура за земање мостри |
| Почва | Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна ЕП-цевка или цироцевка за резервација. |
| Измет | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна EP-цевка или криотуба за резервација. |
| Цревната содржина | Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки. |
| Тиња | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација |
| Водно тело | За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка. |
| Кожата | Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршко сечило и ставете ја во стерилна цевка. |
Препорачана испорака на примероци
Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1.Топлинска карта: Групирање на богатството на видовите
2. Функционални гени означени на метаболичките патишта на KEGG
3.Мрежа за корелација на видови
4. Циркос на гените за отпорност на антибиотици CARD
Случај БМК
Нанопорната метагеномика овозможува брза клиничка дијагноза на бактериска долна респираторна инфекција
Објавено:Природа биотехнологија, 2019 година
Технички моменти
Секвенционирање: Nanopore MinION
Биоинформатика на клиничка метагеномика: осиромашување на ДНК на домаќинот, анализа на WIMP и ARMA
Брзо откривање: 6 часа
Висока чувствителност: 96,6%
Клучни резултати
Во 2006 година, долните респираторни инфекции (LR) предизвикаа 3 милиони човечка смрт на глобално ниво.Типичниот метод за откривање на патогенот LR1 е култивирањето, кое има слаба чувствителност, долго време на вртење и е недостаток на насоки во раната антибиотска терапија.Брзата и точна микробна дијагноза одамна е итна потреба.Д-р Џастин од Универзитетот во Источна Англија и неговите партнери успешно развија метагеномски метод базиран на Нанопор за откривање на патогени.Според нивниот работен тек, 99,99% од ДНК на домаќинот може да се исцрпи.Откривањето на патогени и гени отпорни на антибиотици може да се заврши за 6 часа.
Референца
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопорната метагеномика овозможува брза клиничка дијагноза на бактериска долна респираторна инфекција.Природа биотехнологија, 37 (7), 1.
