Секвенционирање на геномот на растенија/животински де Ново
Предности на услугата
Развој на платформи за секвенционирање и биоинформатика воде новосклопување на геномот
(Amarasinghe SL et al.,Биологија на геном, 2020)
● Конструирање на нови геноми и подобрување на постоечките референтни геноми за видовите од интерес.
● Поголема точност, континуитет и комплетност во склопувањето
● Конструирање фундаментален ресурс за истражување на полиморфизам на секвенци, QTL, уредување на гени, размножување итн.
● Опремен со целосен спектар на платформи за секвенционирање од трета генерација: едношалтерско решение за склопување геном
● Флексибилни стратегии за секвенционирање и склопување кои исполнуваат различни геноми со различни карактеристики
● Високо квалификуван тим на биоинформатичар со големо искуство во сложени склопови на геном, вклучувајќи полиплоиди, џиновски геноми итн.
● Над 100 успешни случаи со акумулативен објавен импакт фактор од над 900
● Време на обложување брзо од 3 месеци за склопување на геном на ниво на хромозом.
● Солидна техничка поддршка со серија патенти и софтверски авторски права и од експерименталната страна и од биоинформатиката.
Спецификации за услуги
|
содржина
|
Платформа
|
Должина на читање
|
Покриеност
|
| Истражување за геном
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Секвенционирање на геном
| PacBio Revio
| Читање на HiFi од 15 kb
| ≥ 30X
|
| Здраво-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Работен тек
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
| Видови | Ткиво | За PacBio | За Нанопор |
| Животни | Висцерални органи (црн дроб, слезина, итн.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Мускулите | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Крв од цицачи | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Крв од риби или птици | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Растенија | Свежи лисја | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Ливче или стебло | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Корени или семиња | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Клетки | Клеточна култура | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
За повеќето примероци, препорачуваме да не се чуваат во етанол.
Обележување на примерокот: примероците треба да бидат јасно означени и идентични со доставениот формулар за информации за примероци.
Испорака: сув мраз: примероците прво треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
*Демо-резултатите прикажани овде се сите од геномите објавени со Biomarker Technologies
1. Циркос на склоп на геном на ниво на хромозом наG. rotundifoliumод платформата за секвенционирање Nanopore
Ванг М и сор.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021 година
2.Статистика на склопување и прибелешка на геномот на „Вајнинг рж“.
Ли Г и сор.,Генетика на природата, 2021 година
3.Генско предвидување наSechium eduleгеном, изведен од три методи на предвидување:Де новопредвидување, предвидување базирано на Хомологија и предвидување базирано на податоци RNA-Seq
Фу А и сор.,Истражување за хортикултура, 2021 година
4. Идентификација на непроменети долги терминални повторувања во три памучни геноми
Ванг М и сор.,Молекуларна биологија и еволуција, 2021 година
5.Hi-C топлинска карта наC. acuminataгеном кој покажува интеракции по сите геномови.Интензитетот на Hi-C интеракциите е пропорционален на линеарното растојание помеѓу контигрите.Чистата права линија на оваа топлинска карта укажува на високо прецизно закотвување на контиги на хромозомите.(Сооднос на постојано закотвување: 96,03%)
Канг М и сор.,Природни комуникации,2021 година
Случај БМК
Висококвалитетното собрание на геном ги истакнува геномните карактеристики на 'ржта и агрономски важните гени
Објавено: Генетика на природата, 2021 година
Стратегија за секвенционирање:
Склоп на геном: режим PacBio CLR со библиотека од 20 kb (497 Gb, приближно 63×)
Корекција на секвенца: NGS со 270 bp ДНК библиотека (430 Gb, приближно 54×) на платформата Illumina
Прицврстување контиги: Hi-C библиотека (560 Gb, приближно 71×) на платформата Illumina
Оптичка карта: (779,55 Gb, приближно 99×) на Bionano Irys
Клучни резултати
1. Објавен е состав на геномот на 'ржот на Вејнинг со вкупна големина на геном од 7,74 Gb (98,74% од проценетата големина на геномот со проточна цитометрија).Скеле N50 на ова склопување постигна 1,04 Gb.93,67% од контигите биле успешно закотвени на 7 псевдо-хромозоми.Ова собрание беше оценето со карта за поврзување, LAI и BUSCO, што резултираше со високи оценки во сите евалуации.
2. Врз основа на овој геном беа извршени дополнителни студии за компаративна геномика, карта на генетска поврзаност, транскриптомички студии.Беа откриени низа геномски карактеристики поврзани со особини, вклучително и геномски дупликации на ниво на геном и нивното влијание врз гените за биосинтеза на скроб;физичка организација на сложени проламински локуси, генска експресија карактеристики кои се во основата на раната особина и наводните хромозомски региони и локуси поврзани со припитомување во 'рж.
 Циркос дијаграм за геномските карактеристики на геномот на 'ржот на Вејнинг |  Еволутивни и хромозомски синтени анализи на геномот на 'ржта |
Ли, Г., Ванг, Л., Јанг, Ј.et al.Висококвалитетното собрание на геном ги истакнува геномните карактеристики на 'ржта и агрономски важните гени.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
