Секвенционирање на целиот геном на растенијата/животините
1.Предности на услугата
Големо искуство во секвенционирање на геномот за над 1000 видови.
Над 800 објавени случаи со акумулативен импакт фактор од над 4000.
Сеопфатна биоинформатичка анализа за повикување варијации и анализа на функции.
2. Спецификации за услуги
| Платформа | Библиотека | Препорачана длабочина на сек | |
| Илумина | ПЕ 150 | За SNP, повикување InDel ≥ 10x За SV, CNY повици ≥ 30x
| |
| Нанопор
| 8 kb | За SV, CNY повици ≥ 20x | |
| Пакбио | CCS | 15 kb | За повици SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Барања за примероци
| Платформа | Конц.(ng/μL)
| Износ (ng)
| Чистота
| Агарозен гел
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Исчистете ја главната лента без или ограниченадеградација забележана на гел. 2. Нема или ограничена контаминација со РНК или протеини
| ||||
| Илумина | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Нанопор
| ≥30 | Зависи од приносот на податоците 10 μg/клетка | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Пакбио | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Анализа на биоинформации
5. Тек на работа на услуги
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Испорака на податоци
1) Статистика на мапирање на геном
Табела 1 Статистика на резултат од мапирањето
Слика 1 Дистрибуција на големината на влошката и покриеноста на читањата.
2) Откривање варијации
Слика 2 Статистика и прибелешка на SNP/INDEL/SV меѓу примероците
Слика 3
3) Функционална прибелешка на варијации
| 2019 година | Природни комуникации | Ресеквенцирањето на целиот геном го открива потеклото на Brassica napus и генетските локуси вклучени во неговото подобрување |
| 2020 година | PNAS | Еволутивното потекло и историјата на припитомување на златната рипка (Carassius auratus) |
| 2021 година | Весник за биотехнологија на растенијата | Референтни геноми на двата култивирани видови јута |
| 2021 година | Весник за биотехнологија на растенијата | Геномски потписи на алополиплоидот од растително и маслодајно семе Brassicajuncea и генетски локуси кои ја контролираат акумулацијата на глукозинолати |
| 2019 година | Молекуларно растение | Ресеквенцирањето на целиот геном на светска колекција на семе од репка открива генетска основа на нивната екотипска дивергенција |
| 2022 година | Истражување за хортикултура | Анализата на асоцијација на ниво на геном обезбедува молекуларни сознанија за природната варијација на големината на семето од лубеница |
| 2021 година | Весник за експериментална ботаника | Студијата за асоцијација ширум геномот идентификува варијанти на GhSAD1 што дава толеранција на студ во памукот |
| 2021 година | Весник за експериментална ботаника | Студијата за асоцијација ширум геномот и споредбата на транскриптом откриваат нови QTL и кандидатски гени кои ја контролираат големината на ливчињата во семе од репка |
