-
Секвенционирање на РНК со едно јадро
Напредокот во зафаќањето на една клетка и техниката на изградба на индивидуална библиотека, комбинирана со секвенционирање со висок пропусен опсег овозможува проучување на генската експресија на основа клетка до клетка.Овозможува подлабока и комплетна системска анализа на сложени клеточни популации, во која во голема мера се избегнува маскирање на нивната хетерогеност со земање на просек од сите клетки.
Сепак, некои клетки не се погодни да се направат во едноклеточна суспензија, па затоа се потребни други методи за подготовка на примероци - екстракција на јадро од ткивата, односно јадрото директно се извлекува од ткивата или клетката и се подготвува во еднојадрена суспензија за едно- клеточно секвенционирање.
BMK обезбедува услуга за секвенционирање на едноклеточна РНК базирана на 10× Genomics ChromiumTM.Оваа услуга е широко користена во студии за студии поврзани со болести, како што се диференцијација на имуните клетки, хетерогеност на туморот, развој на ткиво итн.
Просторен транскриптомски чип: 10× Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq платформа
-
Секвенционирање на целиот геном на растенијата/животините
Повторното секвенционирање на целиот геном, исто така познато како WGS, овозможува откривање на вообичаени и ретки мутации на целиот геном, вклучително и единечен нуклеотиден полиморфизам (SNP), вметнување бришење (InDel), варијација на структурата (SV) и варијација на бројот на копирање (CNV). ).SV сочинуваат поголем дел од варијациската база од SNP и имаат поголемо влијание врз геномот, што има значаен ефект врз живите организми.Долго читаното ресеквенционирање овозможува попрецизно идентификување на големи фрагменти и комплицирани варијации бидејќи долгите отчитувања го олеснуваат вкрстувањето на хромозомите преку комплицираните региони како што се тандемските повторувања, регионите богати со GC/AT и хиперпроменливите региони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Просторен транскриптом
Просторната транскриптомика стои на чело на научните иновации, давајќи им можност на истражувачите да истражуваат во сложените модели на генска експресија во ткивата, притоа зачувувајќи го нивниот просторен контекст.Среде различни платформи, BMKGene го разви BMKManu S1000 просторниот транскриптом чип, кој може да се пофали соподобрена резолуцијаод 5µM, достигнувајќи го субклеточниот опсег и овозможувајќипоставки за резолуција на повеќе нивоа.Чипот S1000, со приближно 2 милиони точки, користи микробунари обложени со монистра наполнети со просторно баркодирани сонди за фаќање.CDNA библиотека, збогатена со просторни бар-кодови, е подготвена од чипот S1000 и последователно секвенционирана на платформата Illumina NovaSeq.Комбинацијата на просторно баркодирани примероци и UMI обезбедува точност и специфичност на генерираните податоци.Уникатниот атрибут на чипот BMKManu S1000 лежи во неговата разновидност, нудејќи поставки за резолуција на повеќе нивоа кои можат фино да се подесат на различни ткива и нивоа на детали.Оваа приспособливост го позиционира чипот како извонреден избор за различни просторни транскриптомички студии, обезбедувајќи прецизно просторно групирање со минимален шум.
Користејќи го чипот BMKManu S1000 и другите технологии за просторна транскриптомика, истражувачите можат да стекнат подобро разбирање за просторната организација на клетките и сложените молекуларни интеракции што се случуваат во ткивата, обезбедувајќи непроценлив увид во механизмите кои лежат во основата на биолошките процеси во широк опсег на полиња, вклучително и онкологија, невронаука, развојна биологија, имунологија и ботанички студии.
Платформа: BMKManu S1000 чип и Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium просторен транскриптом
Просторната транскриптомика е најсовремена технологија која им овозможува на истражувачите да ги истражат моделите на генска експресија во ткивата додека го зачувуваат нивниот просторен контекст.Една моќна платформа во овој домен е 10x Genomics Visium заедно со секвенционирање на Illumina.Принципот на 10X Visium лежи на специјализиран чип со одредена област за фаќање каде што се поставуваат делови од ткиво.Оваа област за фаќање содржи баркодирани точки, секоја одговара на единствена просторна локација во ткивото.Заробените РНК молекули од ткивото потоа се означени со единствени молекуларни идентификатори (УМИ) за време на процесот на обратна транскрипција.Овие баркодирани точки и UMI овозможуваат прецизно просторно мапирање и квантификација на генската експресија со резолуција на една клетка.Комбинацијата на просторно баркодирани примероци и UMI обезбедува точност и специфичност на генерираните податоци.Со користење на оваа технологија за просторна транскриптомика, истражувачите можат да стекнат подлабоко разбирање за просторната организација на клетките и сложените молекуларни интеракции што се случуваат во ткивата, нудејќи непроценлив увид во механизмите кои лежат во основата на биолошките процеси во повеќе области, вклучувајќи онкологија, невронаука, развојна биологија, имунологија. , и ботанички студии.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора
Додека секвенционирањето на mRNA базирано на NGS служи како разноврсна алатка за квантификација на генската експресија, неговото потпирање на кратки читања ја ограничува неговата ефикасност во сложените транскриптомски анализи.Секвенционирањето на нанопори, од друга страна, користи долгопрочитана технологија, овозможувајќи секвенционирање на транскрипти на mRNA со целосна должина.Овој пристап го олеснува сеопфатното истражување на алтернативно спојување, фузија на гени, полиаденилација и квантификација на изоформите на mRNA.
Секвенционирањето на нанопорите се потпира на нанопорни едномолекули електрични сигнали во реално време.Водена од моторните протеини, двоверижна ДНК се врзува за нанопорните протеини вградени во биофилм, одмотувајќи се додека минува низ нанопорниот канал под напонска разлика.Карактеристичните електрични сигнали генерирани од различни бази на нишката на ДНК се детектирани и класифицирани во реално време, што го олеснува прецизното и континуирано секвенционирање на нуклеотиди.Овој иновативен пристап ги надминува ограничувањата за кратко читање и обезбедува динамична платформа за сложена геномска анализа, вклучува сложени транскриптомски студии.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина - PacBio
Додека секвенционирањето на mRNA базирано на NGS е разноврсна алатка за квантифицирање на генската експресија, неговото потпирање на кратки читања ја ограничува неговата употреба во сложени транскриптомски анализи.Секвенционирањето на PacBio (Iso-Seq), од друга страна, користи долгопрочитана технологија, овозможувајќи секвенционирање на транскрипти на mRNA со целосна должина.Овој пристап го олеснува сеопфатното истражување на алтернативно спојување, фузија на гени и полиаденилација иако не е примарен избор за квантификација на генската експресија, поради големата количина на податоци што се потребни.
Технологијата за секвенционирање на PacBio се потпира на секвенционирање со една молекула, во реално време (SMRT), обезбедувајќи посебна предност во снимањето на транскрипти на mRNA со целосна должина.Овој иновативен пристап вклучува употреба на бранови водичи со нула режим (ZMWs), микрофабрикувани бунари кои овозможуваат во реално време набљудување на активноста на ДНК полимеразата за време на секвенционирањето.Во рамките на овие ZMWs, ДНК полимеразата на PacBio синтетизира комплементарна нишка на ДНК, генерирајќи долги читања што ја опфаќаат целата мРНК транскрипти.Работата на PacBio во режимот за секвенционирање на кружни консензус (CCS) ја подобрува точноста со постојано секвенционирање на истата молекула.Генерираните читања на HiFi имаат прецизност споредлива со NGS, што дополнително придонесува за сеопфатна и сигурна анализа на сложените транскриптомски карактеристики.Платформа: PacBio Sequel II
-
Секвенционирање на еукариотска мРНК-Илумина
Секвенционирањето на mRNA го поттикнува сеопфатното профилирање на сите транскрипти на mRNA во клетките под специфични услови.Оваа врвна технологија служи како моќна алатка, откривајќи сложени профили на генска експресија, генски структури и молекуларни механизми поврзани со различни биолошки процеси.Широко прифатено во фундаменталните истражувања, клиничката дијагностика и развојот на лекови, секвенционирањето на mRNA нуди увид во сложеноста на клеточната динамика и генетската регулација.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Не-референтно секвенционирање на мРНК-Илумина
Секвенционирањето на mRNA го поттикнува сеопфатното профилирање на сите транскрипти на mRNA во клетките под специфични услови.Оваа врвна технологија служи како моќна алатка, откривајќи сложени профили на генска експресија, генски структури и молекуларни механизми поврзани со различни биолошки процеси.Широко прифатено во фундаменталните истражувања, клиничката дијагностика и развојот на лекови, секвенционирањето на mRNA нуди увид во сложеноста на клеточната динамика и генетската регулација.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Долго секвенционирање без кодирање-Илумина
Долгите некодирачки РНК (lncRNAs) се РНК подолги од 200 нуклеотиди кои поседуваат минимален потенцијал за кодирање и се клучни елементи во некодирачката РНК.Пронајдени во јадрото и цитоплазмата, овие РНК играат клучна улога во епигенетската, транскрипциската и пост-транскрипциската регулација, нагласувајќи го нивното значење во обликувањето на клеточните и молекуларните процеси.Секвенционирањето на LncRNA е моќна алатка во клеточната диференцијација, онтогенезата и човечките болести.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на мала РНК-Илумина
Малите РНК (sRNA) молекули, обично под 200 нуклеотиди во должина, вклучуваат микроРНК (миРНК), мали интерферентни РНК (сиРНК) и РНК со интеракција со пиви (пиРНК).Меѓу нив, miRNAs, долги околу 20-24 нуклеотиди, се особено значајни за нивните клучни регулаторни улоги во различни клеточни процеси.Со модели на изразување специфични за ткиво и специфични за фаза, miRNAs покажуваат висока конзервација кај различни видови.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
circRNA секвенционирање-Illumina
Кружно секвенционирање на РНК (circRNA-seq) е да се профилираат и анализираат кружните РНК, класа на молекули на РНК кои формираат затворени јамки поради не-канонски настани на спојување, обезбедувајќи им на овие РНК зголемена стабилност.Додека некои цирКРНК се покажаа дека дејствуваат како сунѓери на микроРНК, засекувајќи ги микроРНК и ги спречуваат да ги регулираат целните мРНК, други цирЦРНК може да комуницираат со протеините, да ја модулираат генската експресија или да имаат улоги во клеточните процеси.Анализата на изразување на circRNA обезбедува увид во регулаторните улоги на овие молекули и нивното значење во различни клеточни процеси, развојни фази и состојби на болеста, придонесувајќи за подлабоко разбирање на сложеноста на регулацијата на РНК во контекст на генската експресија.
-
Цело секвенционирање на транскриптом – Илумина
Целосното секвенционирање на транскриптом нуди сеопфатен пристап за профилирање на различни РНК молекули, опфаќајќи ги и кодираните (mRNA) и некодирачките РНК (lncRNA, circRNA и miRNA).Оваа техника го доловува целосниот транскриптом на одредени клетки во даден момент, овозможувајќи сеопфатно разбирање на клеточните процеси.Исто така познат како „вкупно секвенционирање на РНК“, има за цел да открие сложени регулаторни мрежи на ниво на транскриптом, овозможувајќи длабинска анализа како што се конкурентна ендогена РНК (цеРНК) и заедничка РНК анализа.Ова го означува почетниот чекор кон функционална карактеризација, особено во разоткривањето на регулаторните мрежи кои вклучуваат цеРНК интеракции базирани на circRNA-miRNA-mRNA.
