10x ജീനോമിക്സ് വിസിയം സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം
സാങ്കേതിക പദ്ധതി
ഫീച്ചറുകൾ
● മിഴിവ്: 100 µM
● സ്പോട്ട് വ്യാസം: 55 µM
● സ്പോട്ടുകളുടെ എണ്ണം: 4992
● ക്യാപ്ചർ ഏരിയ: 6.5 x 6.5 മിമി
● ഓരോ ബാർകോഡ് ചെയ്ത സ്ഥലവും 4 വിഭാഗങ്ങൾ അടങ്ങിയ പ്രൈമറുകൾ കൊണ്ട് ലോഡ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു:
- mRNA പ്രൈമിംഗിനും cDNA സിന്തസിസിനുമുള്ള പോളി(dT) ടെയിൽ
- ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ ബയസ് ശരിയാക്കാൻ യുണീക്ക് മോളിക്യുലാർ ഐഡൻ്റിഫയർ (UMI).
- സ്പേഷ്യൽ ബാർകോഡ്
- ഭാഗിക റീഡ് 1 സീക്വൻസിംഗ് പ്രൈമറിൻ്റെ ബൈൻഡിംഗ് സീക്വൻസ്
● വിഭാഗങ്ങളുടെ H&E സ്റ്റെയിനിംഗ്
പ്രയോജനങ്ങൾ
●ഒറ്റത്തവണ സേവനം: ക്രയോ-സെക്ഷനിംഗ്, സ്റ്റെയിനിംഗ്, ടിഷ്യു ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ, സ്പേഷ്യൽ ബാർകോഡിംഗ്, ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ, സീക്വൻസിംഗ്, ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് എന്നിവയുൾപ്പെടെ എല്ലാ അനുഭവവും വൈദഗ്ധ്യം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഘട്ടങ്ങളും സമന്വയിപ്പിക്കുന്നു.
● ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള സാങ്കേതിക ടീം: മനുഷ്യൻ, എലി, സസ്തനി, മത്സ്യം, സസ്യങ്ങൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ 250-ലധികം ടിഷ്യു തരങ്ങളിലും 100+ സ്പീഷീസുകളിലും പരിചയമുണ്ട്.
●മുഴുവൻ പ്രോജക്റ്റിലും തത്സമയ അപ്ഡേറ്റ്: പരീക്ഷണ പുരോഗതിയുടെ പൂർണ്ണ നിയന്ത്രണത്തോടെ.
●സമഗ്രമായ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്:പാക്കേജിൽ 29 വിശകലനങ്ങളും 100+ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള കണക്കുകളും ഉൾപ്പെടുന്നു.
●ഇഷ്ടാനുസൃത ഡാറ്റാ വിശകലനവും ദൃശ്യവൽക്കരണവും: വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ അഭ്യർത്ഥനകൾക്ക് ലഭ്യമാണ്.
●സിംഗിൾ-സെൽ mRNA സീക്വൻസിംഗിനൊപ്പം ഓപ്ഷണൽ ജോയിൻ്റ് അനാലിസിസ്
സ്പെസിഫിക്കേഷനുകൾ
| സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ | ലൈബ്രറി | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ഡാറ്റ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| OCT- ഉൾച്ചേർത്ത ക്രയോ സാമ്പിളുകൾ, FFPE സാമ്പിളുകൾ (ഒപ്റ്റിമൽ വ്യാസം: ഏകദേശം 6x6x6 mm3) ഒരു സാമ്പിളിന് 3 ബ്ലോക്കുകൾ | 10X Visium cDNA ലൈബ്രറി | ഇല്ലുമിന PE150 | ഓരോ സ്ഥലത്തും 50K PE റീഡുകൾ (60 ജിബി) | RIN>7 |
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശത്തെയും സേവന വർക്ക്ഫ്ലോയെയും കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്, എയുമായി സംസാരിക്കാൻ മടിക്കേണ്ടതില്ലBMKGENE വിദഗ്ധൻ
സേവന വർക്ക്ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ ഘട്ടത്തിൽ, ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള ആർഎൻഎ ലഭിക്കുമെന്ന് ഉറപ്പാക്കാൻ പ്രാഥമിക ബൾക്ക് ആർഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്ഷൻ ട്രയൽ നടത്തുന്നു. ടിഷ്യു ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ഘട്ടത്തിൽ, ഭാഗങ്ങൾ സ്റ്റെയിൻ ചെയ്യുകയും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ ടിഷ്യുവിൽ നിന്ന് mRNA റിലീസിനുള്ള പെർമെബിലൈസേഷൻ അവസ്ഥകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നു. ലൈബ്രറി നിർമ്മാണ സമയത്ത് ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത പ്രോട്ടോക്കോൾ പ്രയോഗിക്കുന്നു, തുടർന്ന് സീക്വൻസിംഗും ഡാറ്റ വിശകലനവും.
സമ്പൂർണ്ണ സേവന വർക്ക്ഫ്ലോയിൽ തത്സമയ അപ്ഡേറ്റുകളും ക്ലയൻ്റ് സ്ഥിരീകരണങ്ങളും ഉൾപ്പെടുന്നു, ഇത് സുഗമമായ പ്രോജക്റ്റ് നിർവ്വഹണം ഉറപ്പാക്കുന്നു.
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം:
o ഡാറ്റ ഔട്ട്പുട്ടും ഗുണനിലവാരമുള്ള സ്കോർ വിതരണവും
ഓരോ സ്ഥലത്തിനും ജീൻ കണ്ടെത്തൽ
ഒ ടിഷ്യു കവറേജ്
ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം:
ഒ ജീൻ ഐശ്വര്യം
o സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, കുറഞ്ഞ അളവിലുള്ള വിശകലനം ഉൾപ്പെടെ
ക്ലസ്റ്ററുകൾ തമ്മിലുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം: മാർക്കർ ജീനുകളുടെ തിരിച്ചറിയൽ
o മാർക്കർ ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
o രണ്ട് സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുമുള്ള പാടുകളുടെ പുനഃസംയോജനം (ഉദാ. രോഗബാധിതവും നിയന്ത്രണവും) വീണ്ടും ക്ലസ്റ്ററും
ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനും മാർക്കർ ജീനുകളുടെ തിരിച്ചറിയൽ
o മാർക്കർ ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
ഗ്രൂപ്പുകൾക്കിടയിൽ ഒരേ ക്ലസ്റ്ററിൻ്റെ ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ
ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം
സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
മാർക്കർ ജീനുകൾ തിരിച്ചറിയലും സ്പേഷ്യൽ വിതരണവും
ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകളിൽ നിന്നുമുള്ള ഡാറ്റ സംയോജനവും റീ-ക്ലസ്റ്ററും
പുതിയ ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ മാർക്കർ ജീനുകൾ
ഈ ഫീച്ചർ ചെയ്ത പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളിൽ 10X Visium വഴി BMKGene-ൻ്റെ സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ് സേവനം സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക:
ചെൻ, ഡി. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'mthl1, സസ്തനികളുടെ അഡീഷൻ GPCR-കളുടെ ഡ്രോസോഫില ഹോമോലോഗ്, ഈച്ചകളിൽ കുത്തിവച്ച ഓങ്കോജെനിക് കോശങ്ങളോടുള്ള ആൻ്റിട്യൂമർ പ്രതികരണങ്ങളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു',അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളിലെ നാഷണൽ അക്കാദമി ഓഫ് സയൻസസിൻ്റെ നടപടിക്രമങ്ങൾ, 120(30), പേ. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
ചെൻ, Y. et al. (2023) 'സ്പറ്റിയോ ടെമ്പറൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക് ഡാറ്റയുടെ ഉയർന്ന മിഴിവുള്ള നിർവചനം സ്റ്റീൽ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു',ബയോഇൻഫർമാറ്റിക്സിലെ സംക്ഷിപ്ത വിവരണങ്ങൾ, 24(2), പേജ്. 1-10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
ലിയു, സി. തുടങ്ങിയവർ. (2022) 'ഓർക്കിഡ് പൂക്കളുടെ വികസനത്തിൽ ഓർഗാനോജെനിസിസിൻ്റെ ഒരു സ്പേഷ്യോ ടെമ്പറൽ അറ്റ്ലസ്',ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ ഗവേഷണം, 50(17), പേജ്. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
വാങ്, ജെ. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ഇൻ്റഗ്രേറ്റിംഗ് സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സും സിംഗിൾ ന്യൂക്ലിയസ് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗും ഗർഭാശയ ലിയോമിയോമയ്ക്കുള്ള സാധ്യതയുള്ള ചികിത്സാ തന്ത്രങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു',ഇൻ്റർനാഷണൽ ജേണൽ ഓഫ് ബയോളജിക്കൽ സയൻസസ്, 19(8), പേജ്. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
