-
PacBio-പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് (നോൺ-റഫറൻസ്)
ആംപ്ലിക്കോൺ (16S/18S/ITS) പ്ലാറ്റ്ഫോം മൈക്രോബയൽ ഡൈവേഴ്‌സിറ്റി പ്രോജക്റ്റ് വിശകലനത്തിൽ വർഷങ്ങളോളം പരിചയമുള്ളതാണ്, അതിൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് അടിസ്ഥാന വിശകലനവും വ്യക്തിഗത വിശകലനവും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു: അടിസ്ഥാന വിശകലനം നിലവിലെ മൈക്രോബയൽ ഗവേഷണത്തിന്റെ മുഖ്യധാരാ വിശകലന ഉള്ളടക്കം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, വിശകലന ഉള്ളടക്കം സമ്പന്നവും സമഗ്രവുമാണ്, കൂടാതെ വിശകലന ഫലങ്ങൾ പ്രോജക്ട് റിപ്പോർട്ടുകളുടെ രൂപത്തിൽ അവതരിപ്പിക്കുന്നു;വ്യക്തിഗത വിശകലനത്തിന്റെ ഉള്ളടക്കം വൈവിധ്യപൂർണ്ണമാണ്.വ്യക്തിഗത ആവശ്യകതകൾ സാക്ഷാത്കരിക്കുന്നതിന്, അടിസ്ഥാന വിശകലന റിപ്പോർട്ടിനും ഗവേഷണ ഉദ്ദേശ്യത്തിനും അനുസൃതമായി സാമ്പിളുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാനും പാരാമീറ്ററുകൾ അയവുള്ള രീതിയിൽ സജ്ജീകരിക്കാനും കഴിയും.വിൻഡോസ് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം, ലളിതവും വേഗതയും.
-
PacBio-പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് (നോൺ-റഫറൻസ്)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing ഡാറ്റ ഇൻപുട്ടായി എടുക്കുമ്പോൾ, ഈ ആപ്പിന് പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകൾ (അസംബ്ലി ഇല്ലാതെ) തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.റഫറൻസ് ജീനോമിനെതിരെ മുഴുനീള സീക്വൻസുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, അറിയപ്പെടുന്ന ജീനുകൾ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ, കോഡിംഗ് മേഖലകൾ മുതലായവ ഉപയോഗിച്ച് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, mRNA ഘടനകളുടെ കൂടുതൽ കൃത്യമായ തിരിച്ചറിയൽ, അതായത് ഇതര വിഭജനം മുതലായവ നേടാനാകും.എൻ‌ജി‌എസ് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റയുമായുള്ള സംയുക്ത വിശകലനം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ലെവലിൽ എക്സ്പ്രഷനിൽ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനവും കൂടുതൽ കൃത്യമായ അളവെടുപ്പും പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, ഇത് ഡൗൺസ്ട്രീം ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷനും ഫങ്ഷണൽ വിശകലനത്തിനും ഏറെ പ്രയോജനം ചെയ്യുന്നു.
-
ടൂൾകിറ്റുകൾ
വൈദ്യശാസ്ത്രം, കാർഷികം, പാരിസ്ഥിതികം തുടങ്ങി വിവിധ മേഖലകളിലെ ഗവേഷകർ പരക്കെ വിശ്വസിക്കുന്ന ജനിതക പ്രോഗ്രാമുകൾക്കുള്ള ഏകജാലക പരിഹാരം നൽകുന്ന ഒരു പ്രമുഖ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമാണ് BMKCloud. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് അനാലിസിസ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകളും ടൂളുകളും ഉൾപ്പെടെയുള്ള സംയോജിതവും വിശ്വസനീയവും കാര്യക്ഷമവുമായ സേവനങ്ങൾ നൽകാൻ BMKCloud പ്രതിജ്ഞാബദ്ധമാണ്. , കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് ഉറവിടങ്ങൾ, പൊതു ഡാറ്റാബേസ്, ബയോഇൻഫോർറ്റിക് ഓൺലൈൻ കോഴ്സുകൾ മുതലായവ. BMKCloud ജീൻ വ്യാഖ്യാനം, പരിണാമ ജനിതക ഉപകരണങ്ങൾ, ncRNA, ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം, അസംബ്ലി, വിന്യാസം, ഡാറ്റ എക്സ്ട്രാക്ഷൻ, മ്യൂട്ടേഷനുകൾ, സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ, ഫിഗർ ജനറേറ്റർ, ക്രമം എന്നിവ ഉൾപ്പെടെയുള്ള വിവിധ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് ടൂളുകൾ പതിവായി ഉപയോഗിക്കുന്നു. വിശകലനം മുതലായവ
-
ചെറിയ RNA
miRNA, siRNA, piRNA എന്നിവയുൾപ്പെടെ ശരാശരി 18-30 nt ദൈർഘ്യമുള്ള ഹ്രസ്വമായ നോൺ-കോഡിംഗ് RNA ആണ് ചെറിയ RNAകൾ.mRNA ഡീഗ്രേഡേഷൻ, ട്രാൻസ്ലേഷൻ ഇൻഹിബിഷൻ, ഹെറ്ററോക്രോമാറ്റിൻ രൂപീകരണം തുടങ്ങിയ വിവിധ ജൈവ പ്രക്രിയകളിൽ ഈ ചെറിയ RNA-കൾ ഉൾപ്പെട്ടതായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. മൃഗങ്ങൾ/സസ്യ വികസനം, രോഗം, വൈറസ് മുതലായവയെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനങ്ങളിൽ SmallRNA സീക്വൻസിങ് വിശകലനം വ്യാപകമായി പ്രയോഗിച്ചിട്ടുണ്ട്. സീക്വൻസിങ് അനാലിസിസ് പ്ലാറ്റ്ഫോം സ്റ്റാൻഡേർഡ് അനാലിസിസും അഡ്വാൻസ്ഡ് ഡാറ്റ മൈനിംഗും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു.RNA-seq ഡാറ്റയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ, സ്റ്റാൻഡേർഡ് വിശകലനത്തിന് miRNA ഐഡന്റിഫിക്കേഷനും പ്രവചനവും, miRNA ടാർഗെറ്റ് ജീൻ പ്രവചനവും, വ്യാഖ്യാനവും എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനവും നേടാൻ കഴിയും.വിപുലമായ വിശകലനം ഇഷ്‌ടാനുസൃതമാക്കിയ miRNA തിരയലും വേർതിരിച്ചെടുക്കലും, വെൻ ഡയഗ്രം ജനറേഷൻ, miRNA, ടാർഗെറ്റ് ജീൻ നെറ്റ്‌വർക്ക് ബിൽഡിംഗ് എന്നിവ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
-
NGS-WGS (ഇല്ലുമിന/ബിജിഐ)
NGS-WGS എന്നത് ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസിലെ സമ്പന്നമായ അനുഭവത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത ഒരു മുഴുവൻ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിംഗ് വിശകലന പ്ലാറ്റ്‌ഫോമാണ്.Illumina പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ നിന്നും BGI സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ നിന്നും സൃഷ്‌ടിക്കുന്ന ഡിഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റയ്‌ക്ക് അനുയോജ്യമായ കുറച്ച് അടിസ്ഥാന പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിച്ച് ഒരു സംയോജിത വിശകലന വർക്ക്ഫ്ലോ വേഗത്തിൽ സമർപ്പിക്കാൻ ഈ എളുപ്പത്തിൽ ഉപയോഗിക്കാവുന്ന പ്ലാറ്റ്ഫോം അനുവദിക്കുന്നു.ഈ പ്ലാറ്റ്ഫോം ഉയർന്ന പെർഫോമൻസ് കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് സെർവറിൽ വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നു, ഇത് വളരെ പരിമിതമായ സമയത്തിനുള്ളിൽ വളരെ കാര്യക്ഷമമായ ഡാറ്റ വിശകലനം നടത്തുന്നു.മ്യൂട്ടേറ്റഡ് ജീൻ അന്വേഷണം, പിസിആർ പ്രൈമർ ഡിസൈൻ മുതലായവ ഉൾപ്പെടെയുള്ള സ്റ്റാൻഡേർഡ് വിശകലനത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വ്യക്തിഗതമാക്കിയ ഡാറ്റാ മൈനിംഗ് ലഭ്യമാണ്.
-
mRNA(റഫറൻസ്)
ജീനോമിക് ജനിതക വിവരങ്ങളും ബയോളജിക്കൽ ഫംഗ്‌ഷന്റെ പ്രോട്ടോമും തമ്മിലുള്ള ബന്ധമാണ് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം.ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷണൽ ലെവൽ റെഗുലേഷൻ എന്നത് ജീവികളുടെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ടതും വ്യാപകമായി പഠിച്ചതുമായ നിയന്ത്രണ രീതിയാണ്.ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡിന് കൃത്യമായ റെസലൂഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഏത് സമയത്തും ഏത് സാഹചര്യത്തിലും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസിംഗിന് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോമിനെ ക്രമപ്പെടുത്താൻ കഴിയും. ഇതിന് ജീൻ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്ഷന്റെ നിലവാരം ചലനാത്മകമായി പ്രതിഫലിപ്പിക്കാനും അപൂർവവും സാധാരണവുമായ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒരേസമയം തിരിച്ചറിയാനും കണക്കാക്കാനും കഴിയും. സാമ്പിൾ നിർദ്ദിഷ്ട ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ.
നിലവിൽ, അഗ്രോണമി, മെഡിസിൻ, മൃഗങ്ങളുടെയും സസ്യങ്ങളുടെയും വികസന നിയന്ത്രണം, പാരിസ്ഥിതിക പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ, രോഗപ്രതിരോധ ഇടപെടൽ, ജീൻ പ്രാദേശികവൽക്കരണം, സ്പീഷിസ് ജനിതക പരിണാമം, ട്യൂമർ, ജനിതക രോഗങ്ങൾ കണ്ടെത്തൽ എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള മറ്റ് ഗവേഷണ മേഖലകളിൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യ വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു.
-
മെറ്റാജെനോമിക്സ് (NGS)
വർഷങ്ങളുടെ അനുഭവത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക് ഡാറ്റ വിശകലനത്തിനായി ഈ വിശകലന പ്ലാറ്റ്ഫോം രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.ഡാറ്റാ പ്രോസസ്സിംഗ്, സ്പീഷീസ്-ലെവൽ പഠനങ്ങൾ, ജീൻ ഫംഗ്‌ഷൻ-ലെവൽ പഠനങ്ങൾ, മെറ്റാജെനോം ബിന്നിംഗ് മുതലായവ ഉൾപ്പെടെ പൊതുവായി ആവശ്യമായ വിവിധ മെറ്റാജെനോമിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന സംയോജിത വർക്ക്ഫ്ലോ ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. കൂടാതെ, ജീൻ, സ്പീഷീസ് ക്വറി ഉൾപ്പെടെയുള്ള സ്റ്റാൻഡേർഡ് അനാലിസിസ് വർക്ക്ഫ്ലോയിൽ ഇഷ്‌ടാനുസൃതമാക്കിയ ഡാറ്റ മൈനിംഗ് ടൂളുകൾ ലഭ്യമാണ്. , പാരാമീറ്റർ ക്രമീകരണം, വ്യക്തിഗതമാക്കിയ ചിത്രം സൃഷ്ടിക്കൽ തുടങ്ങിയവ.
-
LncRNA
ലോംഗ് നോൺ-കോഡിംഗ് ആർഎൻഎകൾ (എൽഎൻസിആർഎൻഎ) 200 എൻടിയിൽ കൂടുതൽ നീളമുള്ള ഒരു തരം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളാണ്, അവയ്ക്ക് പ്രോട്ടീനുകളെ കോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.മിക്ക lncRNA-കളും പ്രവർത്തനക്ഷമമാകാൻ സാധ്യതയുണ്ടെന്ന് സഞ്ചിത തെളിവുകൾ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് ടെക്നോളജികളും ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് അനലൈസിംഗ് ടൂളുകളും lncRNA സീക്വൻസുകളും പൊസിഷനിംഗ് വിവരങ്ങളും കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമായി വെളിപ്പെടുത്താനും നിർണായകമായ റെഗുലേറ്ററി ഫംഗ്ഷനുകളുള്ള lncRNA-കൾ കണ്ടെത്താനും ഞങ്ങളെ പ്രാപ്തരാക്കുന്നു.വേഗതയേറിയതും വിശ്വസനീയവും വഴക്കമുള്ളതുമായ lncRNA വിശകലനം നേടുന്നതിന് ഞങ്ങളുടെ ഉപഭോക്താക്കൾക്ക് lncRNA സീക്വൻസിംഗ് വിശകലന പ്ലാറ്റ്ഫോം നൽകുന്നതിൽ BMKCloud അഭിമാനിക്കുന്നു.
-
GWAS
ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ സ്റ്റഡി (GWAS) നിർദ്ദിഷ്ട സ്വഭാവങ്ങളുമായി (ഫിനോടൈപ്പ്) ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളെ (ജനിതകരീതി) തിരിച്ചറിയാൻ ലക്ഷ്യമിടുന്നു.GWA പഠനങ്ങൾ ജനിതക മാർക്കറുകൾ വലിയൊരു വിഭാഗം വ്യക്തികളുടെ മുഴുവൻ ജീനോമും പരിശോധിക്കുന്നു, കൂടാതെ ജനസംഖ്യാ തലത്തിൽ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് വിശകലനം വഴി ജനിതകമാതൃക-ഫിനോടൈപ്പ് അസോസിയേഷനുകൾ പ്രവചിക്കുന്നു.ഹോൾ-ജീനോം റെസീക്വൻസിംഗിന് എല്ലാ ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളും കണ്ടെത്താൻ കഴിയും.ഫിനോടൈപ്പിക് ഡാറ്റയുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ആധുനിക ജന്തു/സസ്യ പ്രജനനത്തെ ശക്തമായി ബാക്കപ്പ് ചെയ്യുന്ന, ഫിനോടൈപ്പുമായി ബന്ധപ്പെട്ട SNP-കൾ, QTL-കൾ, കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനുകൾ എന്നിവ തിരിച്ചറിയാൻ GWAS പ്രോസസ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയും.SLAF എന്നത് സ്വയം വികസിപ്പിച്ച ലളിതവൽക്കരിച്ച ജീനോം സീക്വൻസിംഗ് തന്ത്രമാണ്, ഇത് ജീനോം-വൈഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഡ് മാർക്കറുകൾ, SNP കണ്ടെത്തുന്നു.ഈ എസ്‌എൻ‌പികൾ, മോളിക്യുലാർ ജനിതക മാർക്കറുകൾ എന്ന നിലയിൽ, ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത സ്വഭാവസവിശേഷതകളുള്ള അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങൾക്കായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയും.ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട സങ്കീർണ്ണമായ സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ചെലവ് കുറഞ്ഞ തന്ത്രമാണിത്.
-
നാനോപോർ മുഴുനീള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ്
ജീൻ എക്സ്പ്രഷനും പ്രോട്ടീൻ വൈവിധ്യവും നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രധാന ജനിതക സംവിധാനങ്ങളാണ് ജീവികളിലെ സങ്കീർണ്ണവും വേരിയബിൾ ബദൽ ഐസോഫോമുകളും.ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ഘടനകളുടെ കൃത്യമായ തിരിച്ചറിയൽ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ റെഗുലേഷൻ പാറ്റേണുകളുടെ ആഴത്തിലുള്ള പഠനത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനമാണ്.നാനോപോർ സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്ഫോം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക് പഠനം ഐസോഫോം തലത്തിലേക്ക് വിജയകരമായി കൊണ്ടുവന്നു.നാനോപോർ പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ സൃഷ്‌ടിച്ച RNA-Seq ഡാറ്റയെ റഫറൻസ് ജീനോമിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനാണ് ഈ വിശകലന പ്ലാറ്റ്ഫോം രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നത്, ഇത് ജീൻ ലെവലിലും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് തലത്തിലും ഗുണപരവും അളവ്പരവുമായ വിശകലനങ്ങൾ കൈവരിക്കുന്നു.
