-
ക്രോമാറ്റിൻ ഇമ്മ്യൂണോപ്രെസിപിറ്റേഷൻ സീക്വൻസിംഗ് (ChIP-seq)
ഹിസ്റ്റോൺ പരിഷ്ക്കരണം, ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകങ്ങൾ, മറ്റ് ഡിഎൻഎ-അനുബന്ധ പ്രോട്ടീനുകൾ എന്നിവയ്ക്കായി ഡിഎൻഎ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് പ്രൊഫൈലിംഗ് ചിപ്-സെക് നൽകുന്നു.ഇത് ക്രോമാറ്റിൻ ഇമ്മ്യൂണോ-പ്രിസിപിറ്റേഷന്റെ (ChIP) പ്രത്യേക പ്രോട്ടീൻ-ഡിഎൻഎ കോംപ്ലക്സുകൾ വീണ്ടെടുക്കുന്നതിന്, വീണ്ടെടുക്കപ്പെട്ട ഡിഎൻഎയുടെ ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗിനായി അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിംഗിന്റെ (NGS) ശക്തിയുമായി സംയോജിപ്പിക്കുന്നു.കൂടാതെ, പ്രോട്ടീൻ-ഡിഎൻഎ കോംപ്ലക്സുകൾ ജീവനുള്ള കോശങ്ങളിൽ നിന്ന് വീണ്ടെടുക്കുന്നതിനാൽ, ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകൾ വ്യത്യസ്ത കോശ തരങ്ങളിലും ടിഷ്യൂകളിലും അല്ലെങ്കിൽ വ്യത്യസ്ത സാഹചര്യങ്ങളിലും താരതമ്യം ചെയ്യാം.ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌ഷണൽ റെഗുലേഷൻ മുതൽ വികസന പാതകൾ, രോഗ മെക്കാനിസങ്ങൾ, അതിനപ്പുറവും വരെ ആപ്ലിക്കേഷനുകളുടെ പരിധിയുണ്ട്.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq 6000
-
മുഴുവൻ ജീനോം ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിങ്
സൈറ്റോസിനിൽ (5-mC) അഞ്ചാം സ്ഥാനത്തുള്ള ഡിഎൻഎ മെഥൈലേഷൻ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനിലും സെല്ലുലാർ പ്രവർത്തനത്തിലും അടിസ്ഥാനപരമായ സ്വാധീനം ചെലുത്തുന്നു.അസാധാരണമായ മിഥിലേഷൻ പാറ്റേണുകൾ ക്യാൻസർ പോലുള്ള നിരവധി അവസ്ഥകളുമായും രോഗങ്ങളുമായും ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.സിംഗിൾ ബേസ് റെസല്യൂഷനിൽ ജീനോം-വൈഡ് മീഥൈലേഷൻ പഠിക്കുന്നതിനുള്ള സ്വർണ്ണ നിലവാരമായി WGBS മാറി.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq6000
-
ഹൈ ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് (ATAC-seq) ഉള്ള ട്രാൻസ്‌പോസേസ്-ആക്‌സസ് ചെയ്യാവുന്ന ക്രോമാറ്റിനിനായുള്ള പരിശോധന
ജീനോം-വൈഡ് ക്രോമാറ്റിൻ പ്രവേശനക്ഷമത വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് രീതിയാണ് ATAC-seq, ഇത് ജീൻ എക്സ്പ്രഷന്റെ ആഗോള എപിജെനെറ്റിക് നിയന്ത്രണത്തിന് പ്രധാനമാണ്.ഹൈപ്പർ ആക്റ്റീവ് Tn5 ട്രാൻസ്‌പോസേസ് വഴി ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മേഖലകളിലേക്ക് സീക്വൻസിംഗ് അഡാപ്റ്ററുകൾ ചേർക്കുന്നു.പിസിആർ ആംപ്ലിഫിക്കേഷനുശേഷം, ഒരു സീക്വൻസിംഗ് ലൈബ്രറി നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു.എല്ലാ ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മേഖലകളും ഒരു പ്രത്യേക സ്ഥല-സമയ വ്യവസ്ഥയ്ക്ക് കീഴിൽ ലഭിക്കും, ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകത്തിന്റെ ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു നിശ്ചിത ഹിസ്റ്റോൺ പരിഷ്കരിച്ച പ്രദേശം മാത്രമല്ല.
-
റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസന്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (RRBS)
ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണം എല്ലായ്പ്പോഴും രോഗ ഗവേഷണത്തിൽ ഒരു ചർച്ചാവിഷയമാണ്, കൂടാതെ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനുമായും ഫിനോ-ടൈപ്പിക് സ്വഭാവങ്ങളുമായും അടുത്ത ബന്ധമുണ്ട്.ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണത്തിനുള്ള കൃത്യവും കാര്യക്ഷമവും സാമ്പത്തികവുമായ ഒരു രീതിയാണ് RRBS.എൻസൈമാറ്റിക് ക്ലീവേജ് (എംഎസ്പി I) വഴി പ്രൊമോട്ടർ, സിപിജി ദ്വീപ് പ്രദേശങ്ങൾ എന്നിവ സമ്പുഷ്ടമാക്കുന്നത്, ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ ഡിഎൻഎ മെത്തിലേഷൻ കണ്ടെത്തൽ നൽകുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq 6000
