BMKCloud Log in
条形ബാനർ-03

ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം

എസ്‌എൻ‌പികൾ, ഇൻ‌ഡെലുകൾ, എസ്‌വികൾ, സി‌എൻ‌വികൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി നൽകിയിരിക്കുന്ന മെറ്റീരിയലുകളുടെ പരിണാമ വിവരങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനം നൽകുന്നതിന് രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന ഒരു പായ്ക്ക്ഡ് സീക്വൻസിങ് സേവനമാണ് പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം.ജനസംഖ്യാ ഘടന, ജനിതക വൈവിധ്യം, ഫൈലോജെനി ബന്ധങ്ങൾ മുതലായവ പോലുള്ള ജനസംഖ്യയുടെ പരിണാമപരമായ മാറ്റങ്ങളും ജനിതക സവിശേഷതകളും വിവരിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ എല്ലാ അടിസ്ഥാന വിശകലനങ്ങളും ഇത് നൽകുന്നു. ഫലപ്രദമായ ജനസംഖ്യാ വലുപ്പം, വ്യതിചലന സമയം എന്നിവ കണക്കാക്കാൻ ഇത് പ്രാപ്തമാക്കുന്ന ജീൻ ഫ്ലോയെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനങ്ങളും ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.


സേവന വിശദാംശങ്ങൾ

ഡെമോ ഫലങ്ങൾ

കേസ് പഠനം

സേവന നേട്ടങ്ങൾ

1 പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം

തകാഗി et al.,പ്ലാന്റ് ജേണൽ, 2013

● ന്യൂക്ലിയോടൈഡിന്റെയും അമിനോ ആസിഡുകളുടെയും തലത്തിലുള്ള വ്യതിയാനങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി സ്പീഷിസ് ഡൈവർജൻസ് സമയവും വേഗതയും കണക്കാക്കുന്നു
● സംയോജിത പരിണാമത്തിന്റെയും സമാന്തര പരിണാമത്തിന്റെയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്വാധീനമുള്ള സ്പീഷിസുകൾ തമ്മിലുള്ള കൂടുതൽ വിശ്വസനീയമായ ഫൈലോജെനെറ്റിക് ബന്ധത്തിന്റെ വെളിപ്പെടുത്തൽ
● സ്വഭാവവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് ജനിതക മാറ്റങ്ങളും ഫിനോടൈപ്പുകളും തമ്മിലുള്ള ലിങ്കുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു
● ജീവിവർഗങ്ങളുടെ പരിണാമ സാധ്യതയെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്ന ജനിതക വൈവിധ്യം കണക്കാക്കുന്നു
● വേഗത്തിലുള്ള ടേൺറൗണ്ട് സമയം
● വിപുലമായ അനുഭവം: BMK 12 വർഷത്തിലേറെയായി ജനസംഖ്യയിലും പരിണാമപരമായ സംബന്ധിയായ പ്രോജക്റ്റുകളിലും നൂറുകണക്കിന് ജീവിവർഗങ്ങളെ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. കൂടാതെ നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ്, മോളിക്യുലർ പ്ലാന്റ്‌സ്, പ്ലാന്റ് ബയോടെക്‌നോളജി ജേർണൽ മുതലായവയിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച 80-ലധികം ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള പ്രോജക്ടുകളിൽ സംഭാവന ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.

സേവന സവിശേഷതകൾ

മെറ്റീരിയലുകൾ:

സാധാരണയായി, കുറഞ്ഞത് മൂന്ന് ഉപ-ജനസംഖ്യകളെങ്കിലും (ഉദാ: ഉപജാതി അല്ലെങ്കിൽ സ്ട്രെയിൻ) ശുപാർശ ചെയ്യപ്പെടുന്നു.ഓരോ ഉപ-ജനസംഖ്യയിലും 10-ൽ കുറയാത്ത വ്യക്തികൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം (സസ്യങ്ങൾ >15, അപൂർവ ഇനങ്ങളിൽ കുറയ്ക്കാം).

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:

* ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള റഫറൻസ് ജീനോം ഉള്ള സ്പീഷീസുകൾക്കായി WGS ഉപയോഗിക്കാവുന്നതാണ്, അതേസമയം SLAF-Seq ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ഉള്ളതോ അല്ലാത്തതോ ആയ സ്പീഷീസുകൾക്ക് അല്ലെങ്കിൽ മോശം ഗുണനിലവാരമുള്ള റഫറൻസ് ജീനോമിന് ബാധകമാണ്.

ജീനോം വലുപ്പത്തിന് ബാധകമാണ്

WGS

SLAF-ടാഗുകൾ (×10,000)

≤ 500 Mb

10×/വ്യക്തി

WGS കൂടുതൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു

500 Mb - 1 Gb

10

1 ജിബി - 2 ജിബി

20

≥2 ജിബി

30

ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ

● പരിണാമ വിശകലനം

● സെലക്ടീവ് സ്വീപ്പ്

● ജീൻ ഫ്ലോ

● ജനസംഖ്യാ ചരിത്രം

● വ്യതിചലന സമയം

പരിണാമം 2

സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും

സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:

 

സ്പീഷീസ്

 ടിഷ്യു

WGS-NGS

എസ്.എൽ.എ.എഫ്

മൃഗം

 

  

വിസെറൽ ടിഷ്യു

 

0.5 ~ 1 ഗ്രാം

 

 

0.5 ഗ്രാം

 

 

 പേശി ടിഷ്യു

സസ്തനി രക്തം

 

1.5 മി.ലി

 

 

1.5 മി.ലി

 

കോഴി/മത്സ്യ രക്തം

പ്ലാന്റ്

  

  പുതിയ ഇല    

1~2 ഗ്രാം

   

0.5 ~ 1 ഗ്രാം

 ഇതൾ/തണ്ട്
  റൂട്ട്/വിത്ത്
 

കോശങ്ങൾ

  സംസ്കരിച്ച സെൽ    

 

gDNA

ഏകാഗ്രത
(ng/ul)

തുക

(ug)

OD260/OD280

എസ്.എൽ.എ.എഫ്

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

-

സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ

സാമ്പിൾ ക്യുസി

പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന

സാമ്പിൾ ഡെലിവറി

സാമ്പിൾ ഡെലിവറി

ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ

ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം

സീക്വൻസിങ്

സീക്വൻസിങ്

ഡാറ്റ വിശകലനം

ഡാറ്റ വിശകലനം

വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ

വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ


  • മുമ്പത്തെ:
  • അടുത്തത്:

  • *ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഡെമോ ഫലങ്ങൾ എല്ലാം BMKGENE ഉപയോഗിച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ജീനോമുകളിൽ നിന്നുള്ളതാണ്

    1.പരിണാമ വിശകലനത്തിൽ ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഫൈലോജനറ്റിക് ട്രീ, ജനസംഖ്യാ ഘടന, പിസിഎ എന്നിവയുടെ നിർമ്മാണം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

    ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ പൊതു പൂർവ്വികരുമായി ജീവിവർഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള വർഗ്ഗീകരണപരവും പരിണാമപരവുമായ ബന്ധങ്ങളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
    ഉപ-ജനസംഖ്യകൾ തമ്മിലുള്ള അടുപ്പം ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ പിസിഎ ലക്ഷ്യമിടുന്നു.
    അല്ലീൽ ആവൃത്തികളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ ജനിതകപരമായി വ്യത്യസ്തമായ ഉപ-ജനസംഖ്യയുടെ സാന്നിധ്യം ജനസംഖ്യാ ഘടന കാണിക്കുന്നു.

    3-1 ഫൈലോജനറ്റിക്-ട്രീ 3-2PCA 3-3ജനസംഖ്യ-ഘടന

    ചെൻ, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,PNAS, 2020

    2.സെലക്ടീവ് സ്വീപ്പ്

    സെലക്ടീവ് സ്വീപ്പ് എന്നത് ഒരു പ്രയോജനപ്രദമായ സൈറ്റ് തിരഞ്ഞെടുക്കുകയും ലിങ്ക് ചെയ്‌ത ന്യൂട്രൽ സൈറ്റുകളുടെ ആവൃത്തി വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും അൺലിങ്ക് ചെയ്യാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എണ്ണം കുറയുകയും ചെയ്യുന്ന ഒരു പ്രക്രിയയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, ഇത് റീജിയണൽ കുറയുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.

    ഒരു സ്ലൈഡിംഗ് വിൻഡോയിൽ (100 Kb) ഒരു നിശ്ചിത ഘട്ടത്തിൽ (10 Kb) എല്ലാ SNP-കളുടെയും പോപ്പുലേഷൻ ജനിതക സൂചിക(π,Fst, Tajima's D) കണക്കാക്കിയാണ് തിരഞ്ഞെടുത്ത സ്വീപ്പ് മേഖലകളിലെ ജീനോം-വൈഡ് ഡിറ്റക്ഷൻ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നത്.

    ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് വൈവിധ്യം(π)
    4ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്-വൈവിദ്ധ്യം(π)

    താജിമയുടെ ഡി
    5 താജിമയുടെ-ഡി

    ഫിക്സേഷൻ സൂചിക(Fst)

    6ഫിക്സേഷൻ-ഇൻഡക്സ്(Fst)

    വു, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

    3.ജീൻ ഫ്ലോ

    7 ജീൻ-ഫ്ലോ

    വു, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

    4.ജനസംഖ്യാ ചരിത്രം

    8ജനസംഖ്യാ-ചരിത്രം

    ഷാങ്, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,പ്രകൃതി പരിസ്ഥിതിയും പരിണാമവും, 2021

    5.വ്യതിചലന സമയം

    9വ്യതിചലന സമയം

    ഷാങ്, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,പ്രകൃതി പരിസ്ഥിതിയും പരിണാമവും, 2021

    ബിഎംകെ കേസ്

    ഒരു ജീനോമിക് വേരിയേഷൻ മാപ്പ് സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജ് (ബ്രാസിക്ക റാപ്പ എസ്എസ്പി. പെക്കിനെൻസിസ്) തിരഞ്ഞെടുപ്പിന്റെ ജനിതക അടിസ്ഥാനത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു.

    പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

    ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:

    അനുക്രമം: ക്രമപ്പെടുത്തൽ ആഴം: 10×

    പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

    ഈ പഠനത്തിൽ, 194 ചൈനീസ് കാബേജുകൾ ശരാശരി 10× ആഴത്തിൽ പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നതിനായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു, ഇത് 1,208,499 SNP-കളും 416,070 InDels-ഉം നൽകി.ഈ 194 വരികളിലെ ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനം കാണിക്കുന്നത് ഈ ലൈനുകളെ സ്പ്രിംഗ്, വേനൽ, ശരത്കാലം എന്നിങ്ങനെ മൂന്ന് ഇക്കോടൈപ്പുകളായി തിരിക്കാം എന്നാണ്.കൂടാതെ, ജനസംഖ്യാ ഘടനയും പിസിഎ വിശകലനവും സൂചിപ്പിക്കുന്നത് സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജ് ഉത്ഭവിച്ചത് ചൈനയിലെ ഷാൻഡോങ്ങിലെ ശരത്കാല കാബേജിൽ നിന്നാണ്.ഇവ പിന്നീട് കൊറിയയിലേക്കും ജപ്പാനിലേക്കും പരിചയപ്പെടുത്തി, പ്രാദേശിക ലൈനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് കടന്നുപോകുകയും അവയിൽ ചില ലേറ്റ്-ബോൾട്ടിംഗ് ഇനങ്ങൾ ചൈനയിലേക്ക് തിരികെ അവതരിപ്പിക്കുകയും ഒടുവിൽ സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജായി മാറുകയും ചെയ്തു.

    സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജുകളിലും ശരത്കാല കാബേജുകളിലും ജീനോം-വൈഡ് സ്കാനിംഗിൽ 23 ജീനോമിക് ലോക്കുകൾ കണ്ടെത്തി, അവ ശക്തമായ തിരഞ്ഞെടുപ്പിലൂടെ കടന്നുപോയി, അവയിൽ രണ്ടെണ്ണം ക്യുടിഎൽ-മാപ്പിംഗിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ബോൾട്ടിംഗ്-ടൈം കൺട്രോളിംഗ് മേഖലയുമായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്തു.ഈ രണ്ട് പ്രദേശങ്ങളിലും പുഷ്പിക്കുന്നതിനെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന പ്രധാന ജീനുകളായ BrVIN3.1, BrFLC1 എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നതായി കണ്ടെത്തി.ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം പഠനത്തിലൂടെയും ട്രാൻസ്ജെനിക് പരീക്ഷണങ്ങളിലൂടെയും ഈ രണ്ട് ജീനുകളും ബോൾട്ടിംഗ് സമയത്തിൽ ഉൾപ്പെട്ടിട്ടുണ്ടെന്ന് കൂടുതൽ സ്ഥിരീകരിച്ചു.

    പിബി-ഫുൾ-ലെങ്ത്-ആർഎൻഎ-സീക്വൻസിംഗ്-കേസ്-സ്റ്റഡി

    ചൈനീസ് കാബേജുകളിലെ ജനസംഖ്യാ ഘടന വിശകലനം

    പിബി-ഫുൾ-ലെങ്ത്-ആർഎൻഎ-ആൾട്ടർനേറ്റീവ്-സ്പ്ലൈസിംഗ്

    ചൈനീസ് കാബേജ് തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെക്കുറിച്ചുള്ള ജനിതക വിവരങ്ങൾ

     
    റഫറൻസ്

    ടോങ്ബിംഗ്, തുടങ്ങിയവർ."ഒരു ജീനോമിക് വേരിയേഷൻ മാപ്പ് സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജ് (ബ്രാസിക്ക റാപ്പ ssp.pekinensis) തിരഞ്ഞെടുക്കലിന്റെ ജനിതക അടിത്തറയെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു."തന്മാത്രാ സസ്യങ്ങൾ,11(2018):1360-1376.

    ഒരു ഉദ്ധരണി എടുക്കൂ

    നിങ്ങളുടെ സന്ദേശം ഇവിടെ എഴുതി ഞങ്ങൾക്ക് അയക്കുക

    നിങ്ങളുടെ സന്ദേശം ഞങ്ങൾക്ക് അയക്കുക: