ഡി നോവോ ഫംഗൽ ജീനോം അസംബ്ലി
BMKGENE ഫംഗസ് ജീനോമുകൾക്കുള്ള ബഹുമുഖ പരിഹാരങ്ങൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു, വൈവിധ്യമാർന്ന ഗവേഷണ ആവശ്യങ്ങളും ആവശ്യമുള്ള ജീനോം പൂർണ്ണതയും നൽകുന്നു. ഷോർട്ട്-റീഡ് ഇല്ലുമിന സീക്വൻസിങ് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഒരു ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോം സൃഷ്ടിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു. നാനോപോറോ പാക്ബിയോയോ ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഹ്രസ്വ-വായനകളും ദീർഘനേരം വായിക്കുന്ന സീക്വൻസിംഗും ദൈർഘ്യമേറിയ കോണ്ടിഗുകളുള്ള കൂടുതൽ ശുദ്ധീകരിച്ച ഫംഗൽ ജീനോമിനായി സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. മാത്രമല്ല, ഹൈ-സി സീക്വൻസിംഗിനെ സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് കഴിവുകൾ കൂടുതൽ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു, ഇത് ഒരു സമ്പൂർണ്ണ ക്രോമസോം-ലെവൽ ജീനോം നേടുന്നതിന് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
ജീനോം സമ്പൂർണ്ണതയുടെ ആവശ്യമുള്ള അളവ് അനുസരിച്ച് തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ സാധ്യമായ മൂന്ന് ഓപ്ഷനുകൾക്കൊപ്പം:
● ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോം ഓപ്ഷൻ: Illumina NovaSeq PE150 ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഹ്രസ്വ-വായന ക്രമം.
● ഫംഗൽ ഫൈൻ ജീനോം ഓപ്ഷൻ:
ജീനോം സർവേ: ഇല്ലുമിന നോവസെക് പിഇ150.
ജീനോം അസംബ്ലി: PacBio Revio (HiFi വായിക്കുന്നു) അല്ലെങ്കിൽ Nanopore PromethION 48.
● ക്രോമസോം ലെവൽ ഫംഗൽ ജീനോം:
ജീനോം സർവേ: ഇല്ലുമിന നോവസെക് പിഇ150.
ജീനോം അസംബ്ലി: PacBio Revio (HiFi വായിക്കുന്നു) അല്ലെങ്കിൽ Nanopore PromethION 48.
ഹൈ-സി അസംബ്ലിയുള്ള കോൺടിഗ് ആങ്കറിംഗ്.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●ഒന്നിലധികം സീക്വൻസിങ് തന്ത്രങ്ങൾ ലഭ്യമാണ്: വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങൾക്കും ജീനോം സമ്പൂർണ്ണതയുടെ ആവശ്യകതകൾക്കും
●സമ്പൂർണ്ണ ബയോഇൻഫർമാറ്റിക്സ് വർക്ക്ഫ്ലോ:ഇതിൽ ജീനോം അസംബ്ലിയും ഒന്നിലധികം ജീനോമിക് മൂലകങ്ങളുടെ പ്രവചനവും ഫങ്ഷണൽ ജീൻ വ്യാഖ്യാനവും കോൺടിഗ് ആങ്കറിംഗും ഉൾപ്പെടുന്നു.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യം: 12,000-ലധികം മൈക്രോബയൽ ജീനോമുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കപ്പെട്ടതിനാൽ, ഞങ്ങൾ ഒരു ദശാബ്ദത്തിലേറെ അനുഭവവും ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള വിശകലന സംഘവും സമഗ്രമായ ഉള്ളടക്കവും മികച്ച വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണയും നൽകുന്നു.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| സേവനം | സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| കരട് ജീനോം | ഇല്ലുമിന PE150 100x | Q30≥85% |
| ഫൈൻ ജീനോം | ജീനോം സർവേ: ഇല്ലുമിന PE150 50 x അസംബ്ലി: PacBio HiFi 30x അല്ലെങ്കിൽ Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT യൂണിസെല്ലുലാർ) contig N50 ≥500kb (മറ്റുള്ളവ) |
| ക്രോമസോം ലെവൽ ജീനോം | ജീനോം സർവേ: ഇല്ലുമിന PE150 50 x അസംബ്ലി: PacBio HiFi 30x അല്ലെങ്കിൽ Nanopore 100x ഹൈ-സി അസംബ്ലി 100x | കോണ്ടിഗ് ആങ്കറിംഗ് അനുപാതം>90%
|
സേവന ആവശ്യകതകൾ
| ഏകാഗ്രത (ng/µL) | ആകെ തുക (µg) | വോളിയം (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| നാനോപോർ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ഇലുമിന | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ഏകകോശ കുമിൾ: ≥3.5x1010 കോശങ്ങൾ
മാക്രോ ഫംഗസ്: ≥10 ഗ്രാം
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
ജീനോം സർവേ:
- ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ക്രമപ്പെടുത്തുന്നു
- ജീനോം എസ്റ്റിമേഷൻ: വലിപ്പം, ഹെറ്ററോസൈഗോസിറ്റി, ആവർത്തന ഘടകങ്ങൾ
ഫൈൻ ജീനോം അസംബ്ലി:
- സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റ ക്വാളിറ്റി കൺട്രോൾ
- ഡി നോവോഅസംബ്ലി
- ജീനോം ഘടക വിശകലനം: സിഡിഎസിൻ്റെയും ഒന്നിലധികം ജനിതക ഘടകങ്ങളുടെയും പ്രവചനം
- ഒന്നിലധികം പൊതു ഡാറ്റാബേസുകളും (GO, KEGG, മുതലായവ) വിപുലമായ ഡാറ്റാബേസുകളും (CARD, VFDB, മുതലായവ) ഉള്ള പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം.
ഹൈ-സി അസംബ്ലി:
- ഹൈ-സി ലൈബ്രറി വിലയിരുത്തൽ.
- കോണ്ടിഗ്സ് ആങ്കറിംഗ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, ഓർഡറിംഗ്, ഓറിയൻ്റിംഗ്
- HI-C അസംബ്ലിയുടെ വിലയിരുത്തൽ: റഫറൻസ് ജീനോം, ഹീറ്റ് മാപ്പ് എന്നിവയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി
ജീനോം സർവേ: കെ-മെർ വിതരണം
ജീനോം അസംബ്ലി: ജീൻ ഹോമോലോഗസ് വ്യാഖ്യാനം (NR ഡാറ്റാബേസ്)
ജീനോം അസംബ്ലി: ഫങ്ഷണൽ ജീൻ വ്യാഖ്യാനം (GO)
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ ഫംഗൽ ജീനോം അസംബ്ലി സേവനങ്ങൾ വഴി സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
ഹാവോ, ജെ. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ഇനോനോട്ടസ് ഒബ്ലിക്വസ് എന്ന ഔഷധ കൂണിൻ്റെ സംയോജിത ഓമിക് പ്രൊഫൈലിംഗ് മുങ്ങിക്കിടക്കുന്ന അവസ്ഥയിൽ',ബിഎംസി ജീനോമിക്സ്, 24(1), പേജ്. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
ലു, എൽ. et al. (2023) 'ജീനോം സീക്വൻസിങ്, ഗോതമ്പ് മൂർച്ചയുള്ള ഐസ്പോട്ട് രോഗകാരിയായ Rhizoctonia cerealis-ൻ്റെ പരിണാമവും രോഗകാരി മെക്കാനിസങ്ങളും വെളിപ്പെടുത്തുന്നു',ദി ക്രോപ്പ് ജേർണൽ, 11(2), പേജ്. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'വൈവിദ്ധ്യമാർന്ന ടർഫ് ഗ്രാസ്സിൽ ഡോളർ സ്പോട്ട് ഉണ്ടാക്കുന്ന നാല് ക്ലാരിരീഡിയ സ്പീഷീസുകൾക്കുള്ള ജീനോം റിസോഴ്സ്',പ്ലാൻ്റ് രോഗം, 107(3), പേജ്. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ഷാങ്, SS et al. (2023) 'ഭക്ഷിക്കാവുന്ന മഷ്റൂം ഗ്രിഫോള ഫ്രോണ്ടോസയിലെ ടെട്രാപോളാർ ഇണചേരൽ സംവിധാനത്തിൻ്റെ ജനിതകവും തന്മാത്രാ തെളിവും',ജേണൽ ഓഫ് ഫംഗസ്, 9(10), പേ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
