ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ അനാലിസിസ്
വർക്ക്ഫ്ലോ
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ രേഖകളും: GWAS-ൽ സഞ്ചിത അനുഭവം ഉള്ളതിനാൽ, BMKGene ജനസംഖ്യാ GWAS ഗവേഷണത്തിൽ നൂറുകണക്കിന് സ്പീഷീസ് പ്രോജക്ടുകൾ പൂർത്തിയാക്കി, 100-ലധികം ലേഖനങ്ങൾ പ്രസിദ്ധീകരിക്കാൻ ഗവേഷകരെ സഹായിച്ചു, കൂടാതെ ക്യുമുലേറ്റീവ് ഇംപാക്ട് ഫാക്ടർ 500-ൽ എത്തി.
● സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനം: വർക്ക്ഫ്ലോയിൽ SNP-ട്രെയിറ്റ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു, ഒരു കൂട്ടം കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനുകളും അവയുടെ അനുബന്ധ പ്രവർത്തന വ്യാഖ്യാനവും നൽകുന്നു.
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ടീമും ഹ്രസ്വ വിശകലന സൈക്കിളും: വിപുലമായ ജീനോമിക്സ് വിശകലനത്തിൽ മികച്ച അനുഭവപരിചയമുള്ള BMKGene ൻ്റെ ടീം വേഗത്തിലുള്ള വഴിത്തിരിവുള്ള സമയത്തോടൊപ്പം സമഗ്രമായ വിശകലനങ്ങൾ നൽകുന്നു.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകളും ആവശ്യകതകളും
| സീക്വൻസിങ്ങിൻ്റെ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ജനസംഖ്യാ സ്കെയിൽ | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആവശ്യകതകൾ |
| മുഴുവൻ ജീനോം സീക്വൻസിങ് | 200 സാമ്പിളുകൾ | 10x | ഏകാഗ്രത: ≥ 1 ng/ µL ആകെ തുക≥ 30g പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല |
| സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെൻ്റ് (SLAF) | ടാഗ് ഡെപ്ത്: 10x ടാഗുകളുടെ എണ്ണം: < 400 Mb: WGS ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു < 1Gb: 100K ടാഗുകൾ 1 ജിബി > 2Gb: 300K ടാഗുകൾ പരമാവധി 500k ടാഗുകൾ | ഏകാഗ്രത ≥ 5 ng/µL ആകെ തുക ≥ 80 ng നാനോഡ്രോപ്പ് OD260/280=1.6-2.5 അഗറോസ് ജെൽ: ഇല്ല അല്ലെങ്കിൽ പരിമിതമായ അപചയം അല്ലെങ്കിൽ മലിനീകരണം
|
മെറ്റീരിയൽ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ
വ്യത്യസ്ത ഇനങ്ങൾ, ഉപജാതികൾ, ലാൻഡ്റേസുകൾ/ജീൻബാങ്കുകൾ/മിശ്ര കുടുംബങ്ങൾ/വന്യ വിഭവങ്ങൾ
വ്യത്യസ്ത ഇനങ്ങൾ, ഉപജാതികൾ, ലാൻഡ്റേസുകൾ
ഹാഫ്-സിബ് ഫാമിലി/ഫുൾ-സിബ് ഫാമിലി/വന്യ വിഭവങ്ങൾ
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ആർഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
- ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM മോഡൽ
- കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം
എസ്എൻപി-ട്രേറ്റ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം - മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട്
എസ്എൻപി-ട്രേറ്റ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം - QQ പ്ലോട്ട്
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ de GWAS സേവനങ്ങൾ സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക:
Lv, L. et al. (2023) 'ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനത്തിലൂടെ റേസർ ക്ലാം സിനോനോവകുല കോൺസ്ട്രിക്റ്റയിലെ അമോണിയ ടോളറൻസിൻ്റെ ജനിതക അടിത്തറയിലേക്കുള്ള ഉൾക്കാഴ്ച',അക്വാകൾച്ചർ, 569, പേ. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
ലി, എക്സ്. തുടങ്ങിയവർ. (2022) '398 ഫോക്സ്ടെയിൽ മില്ലറ്റ് പ്രവേശനങ്ങളുടെ മൾട്ടി-ഓമിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ വളർത്തൽ, മെറ്റാബോലൈറ്റ് സവിശേഷതകൾ, ആൻറി-ഇൻഫ്ലമേറ്ററി ഇഫക്റ്റുകൾ എന്നിവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനോമിക് പ്രദേശങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു',തന്മാത്രാ പ്ലാൻ്റ്, 15(8), പേജ്. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
ലി, ജെ. തുടങ്ങിയവർ. (2022) 'വരൾച്ച പരിസ്ഥിതിയിലെ ഹൾലെസ് ബാർലി ഫിനോടൈപ്പുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ മാപ്പിംഗ്',സസ്യ ശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ, 13, പേ. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, ഒരു സൾഫോട്രാൻസ്ഫെറേസ് എൻകോഡ് ചെയ്യുന്നു, സോയാബീൻ മൊസൈക് വൈറസ് സ്ട്രെയിനുകൾ G2, G3 എന്നിവയ്ക്ക് പ്രതിരോധം നൽകുന്നു',പ്ലാൻ്റ്, സെൽ & പരിസ്ഥിതി, 44(8), പേജ്. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
