ഹൈ-സി അധിഷ്ഠിത ജീനോം അസംബ്ലി
പ്രോക്സിമിറ്റി-അധിഷ്ഠിത ഇടപെടലുകളും ഉയർന്ന-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗും സംയോജിപ്പിച്ച് ക്രോമസോം കോൺഫിഗറേഷൻ പിടിച്ചെടുക്കാൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത ഒരു രീതിയാണ് ഹൈ-സി. ഈ ഇടപെടലുകളുടെ തീവ്രത ക്രോമസോമുകളിലെ ഭൗതിക ദൂരവുമായി നെഗറ്റീവ് ആയി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. അതിനാൽ, ഒരു ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോമിൽ അസംബിൾ ചെയ്ത സീക്വൻസുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, ക്രമപ്പെടുത്തൽ, ഓറിയന്റിംഗ് എന്നിവയെ നയിക്കുന്നതിനും അവയെ ഒരു നിശ്ചിത എണ്ണം ക്രോമസോമുകളിൽ നങ്കൂരമിടുന്നതിനും ഹൈ-സി ഡാറ്റ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ജനസംഖ്യാ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജനിതക ഭൂപടത്തിന്റെ അഭാവത്തിൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ ഒരു ക്രോമസോം-ലെവൽ ജീനോം അസംബ്ലിയെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നു. ഓരോ ജീനോമിനും ഒരു ഹൈ-സി ആവശ്യമാണ്.
സേവന സവിശേഷതകൾ
● PE150 ഉപയോഗിച്ച് ഇല്ലുമിന നോവസെക്കിൽ സീക്വൻസിങ്.
● ഫോർമാൽഡിഹൈഡുമായി ക്രോസ്-ലിങ്ക് ചെയ്യാനും ഡിഎൻഎ-പ്രോട്ടീൻ ഇടപെടലുകൾ സംരക്ഷിക്കാനും, വേർതിരിച്ചെടുത്ത ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾക്ക് പകരം ടിഷ്യു സാമ്പിളുകൾ സേവനത്തിന് ആവശ്യമാണ്.
● ഹൈ-സി പരീക്ഷണത്തിൽ, ബയോട്ടിൻ ഉപയോഗിച്ച് സ്റ്റിക്കി അറ്റങ്ങൾ നിയന്ത്രിക്കുകയും അറ്റം നന്നാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, തുടർന്ന് പ്രതിപ്രവർത്തനങ്ങൾ സംരക്ഷിക്കുമ്പോൾ തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന മൂർച്ചയുള്ള അറ്റങ്ങൾ വൃത്താകൃതിയിലാക്കുന്നു. തുടർന്ന് സ്ട്രെപ്റ്റാവിഡിൻ ബീഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡിഎൻഎ വലിച്ചെടുക്കുകയും തുടർന്നുള്ള ലൈബ്രറി തയ്യാറെടുപ്പിനായി ശുദ്ധീകരിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
ഹൈ-സിയുടെ അവലോകനം
(ലൈബർമാൻ-ഐഡൻ ഇ. തുടങ്ങിയവർ,ശാസ്ത്രം, 2009)
●ജനിതക ജനസംഖ്യാ ഡാറ്റയുടെ ആവശ്യകത ഇല്ലാതാക്കുന്നു:കോണ്ടിഗ് ആങ്കറിംഗിന് ആവശ്യമായ അവശ്യ വിവരങ്ങൾ ഹൈ-സി മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു.
●ഉയർന്ന മാർക്കർ സാന്ദ്രത:ഇത് 90%-ൽ കൂടുതലുള്ള ഉയർന്ന കണ്ടിഗ് ആങ്കറിംഗ് അനുപാതത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ രേഖകളും:1000 വ്യത്യസ്ത സ്പീഷീസുകളിൽ നിന്നും വിവിധ പേറ്റന്റുകളിൽ നിന്നുമായി 2000-ത്തിലധികം ഹൈ-സി ജീനോം അസംബ്ലി കേസുകളിൽ BMKGene-ന് വിപുലമായ പരിചയമുണ്ട്. 200-ലധികം പ്രസിദ്ധീകരിച്ച കേസുകൾക്ക് 2000-ത്തിലധികം സഞ്ചിത ആഘാത ഘടകം ഉണ്ട്.
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ടീം:ഹൈ-സി പരീക്ഷണങ്ങൾക്കും ഡാറ്റ വിശകലനത്തിനുമുള്ള ഇൻ-ഹൗസ് പേറ്റന്റുകളും സോഫ്റ്റ്വെയർ പകർപ്പവകാശങ്ങളും ഉള്ളതിനാൽ, സ്വയം വികസിപ്പിച്ച വിഷ്വലൈസേഷൻ ഡാറ്റ സോഫ്റ്റ്വെയർ മാനുവൽ ബ്ലോക്ക് മൂവിംഗ്, റിവേഴ്സിംഗ്, റിവോക്കിംഗ്, റീഡ്യൂയിംഗ് എന്നിവ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:മൂന്ന് മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവോടെ, പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏതൊരു സംശയത്തിനും ഉത്തരം നൽകുന്നതിനായി ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
●സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനം: തിരിച്ചറിഞ്ഞ വ്യതിയാനങ്ങളുള്ള ജീനുകളെ പ്രവർത്തനപരമായി വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നതിനും അനുബന്ധ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം നടത്തുന്നതിനും ഞങ്ങൾ ഒന്നിലധികം ഡാറ്റാബേസുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഒന്നിലധികം ഗവേഷണ പദ്ധതികളെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| ലൈബ്രറി തയ്യാറെടുപ്പ് | ക്രമക്രമീകരണ തന്ത്രം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ ഔട്ട്പുട്ട് | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| ഹൈ-സി ലൈബ്രറി | ഇല്ലുമിന നോവസെക് PE150 | 100x (100x) | ക്യു30 ≥ 85% |
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| ടിഷ്യു | ആവശ്യമായ തുക |
| ആനിമൽ വിസേര | ≥ 2 ഗ്രാം |
| മൃഗ പേശി | |
| സസ്തനി രക്തം | ≥ 2 മില്ലി |
| കോഴി/മത്സ്യ രക്തം | |
| ചെടി- പുതിയ ഇല | ≥ 3 ഗ്രാം |
| സംസ്ക്കരിച്ച കോശങ്ങൾ | ≥ 1x107 |
| പ്രാണി | ≥ 2 ഗ്രാം |
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
ക്രമപ്പെടുത്തൽ
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
1) റോ ഡാറ്റ ക്യുസി
2) ഹൈ-സി ലൈബ്രറി ക്യുസി: സാധുവായ ഹൈ-സി ഇടപെടലുകളുടെ ഏകദേശ കണക്ക്
3) ഹൈ-സി അസംബ്ലി: ഗ്രൂപ്പുകളിൽ കോണ്ടിഗുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, തുടർന്ന് ഓരോ ഗ്രൂപ്പിലും കോണ്ടിഗ് ക്രമപ്പെടുത്തൽ, കോണ്ടിഗ് ഓറിയന്റേഷൻ നൽകൽ.
4) ഹൈ-സി വിലയിരുത്തൽ
Hi-C ലൈബ്രറി QC - Hi-C സാധുവായ ഇന്ററാക്ഷൻ ജോഡികളുടെ ഏകദേശ കണക്ക്
ഹൈ-സി അസംബ്ലി - സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
അസംബ്ലിക്ക് ശേഷമുള്ള വിലയിരുത്തൽ - ബിന്നുകൾക്കിടയിലുള്ള സിഗ്നൽ തീവ്രതയുടെ ഹീറ്റ്മാപ്പ്
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ഒരു ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene ന്റെ Hi-C അസംബ്ലി സേവനങ്ങൾ വഴി സാധ്യമായ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
ടിയാൻ, ടി. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'വരൾച്ചയെ പ്രതിരോധിക്കുന്ന ഒരു പ്രമുഖ ചോളം ജേംപ്ലാസത്തിന്റെ ജീനോം അസംബ്ലിയും ജനിതക വിഭജനവും', നേച്ചർ ജനിതകശാസ്ത്രം 2023 55:3, 55(3), പേജ്. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
വാങ്, ഇസഡ്എൽ തുടങ്ങിയവർ (2020) 'ഏഷ്യൻ ഹണിബീ ആപിസ് സെറാന ജീനോമിന്റെ ഒരു ക്രോമസോം-സ്കെയിൽ അസംബ്ലി', ഫ്രോണ്ടിയേഴ്സ് ഇൻ ജനിതകശാസ്ത്രം, 11, പേജ് 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
ഷാങ്, എഫ്. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'സോളനേസി കുടുംബത്തിലെ രണ്ട് ജീനോമുകൾ വിശകലനം ചെയ്തുകൊണ്ട് ട്രോപെയ്ൻ ആൽക്കലോയിഡ് ബയോസിന്തസിസിന്റെ പരിണാമം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു', നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് 2023 14:1, 14(1), പേജ് 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ഷാങ്, എക്സ്. തുടങ്ങിയവർ (2020) 'ആൽമരത്തിന്റെയും പോളിനേറ്റർ കടന്നലിന്റെയും ജീനോമുകൾ ഫിഗ്-വാസ്പ് സഹപരിണാമത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു', സെൽ, 183(4), പേജ്. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
