ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

ഹൈ-സി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജീനോം അസംബ്ലി

പ്രോക്‌സിമിറ്റി അധിഷ്‌ഠിത ഇടപെടലുകളും ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗും സംയോജിപ്പിച്ച് ക്രോമസോം കോൺഫിഗറേഷൻ ക്യാപ്‌ചർ ചെയ്യാൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌ത ഒരു രീതിയാണ് Hi-C.ഈ ഇടപെടലുകളുടെ തീവ്രത ക്രോമസോമുകളിലെ ശാരീരിക അകലവുമായി പ്രതികൂലമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.അതിനാൽ, ഹൈ-സി ഡാറ്റയ്ക്ക് ഒരു ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോമിൽ കൂട്ടിച്ചേർത്ത ശ്രേണികളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗും ക്രമപ്പെടുത്തലും ഓറിയന്റിംഗും ഒരു നിശ്ചിത എണ്ണം ക്രോമസോമുകളിൽ ആങ്കർ ചെയ്യാനും കഴിയും.ജനസംഖ്യാടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള ജനിതക ഭൂപടത്തിന്റെ അഭാവത്തിൽ ക്രോമസോം തലത്തിലുള്ള ജീനോം അസംബ്ലിയെ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നു.ഓരോ ജീനോമിനും ഒരു ഹൈ-സി ആവശ്യമാണ്.

പ്ലാറ്റ്ഫോം: ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം / DNBSEQ

ഞങ്ങളെ സമീപിക്കുക

സേവന വിശദാംശങ്ങൾ

ഡെമോ ഫലങ്ങൾ

കേസ് പഠനം

സേവന നേട്ടങ്ങൾ

ഹൈ-സിയുടെ അവലോകനം
(ലിബർമാൻ-ഐഡൻ ഇ എറ്റ്.,ശാസ്ത്രം, 2009)

● കോണ്ടിഗ് ആങ്കറിങ്ങിനായി ജനിതക ജനസംഖ്യ നിർമ്മിക്കേണ്ട ആവശ്യമില്ല;
● ഉയർന്ന മാർക്കർ സാന്ദ്രത 90%-ന് മുകളിൽ ഉയർന്ന കോൺടിഗ്സ് ആങ്കറിംഗ് അനുപാതത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു;
● നിലവിലുള്ള ജീനോം അസംബ്ലികളിൽ മൂല്യനിർണ്ണയവും തിരുത്തലുകളും പ്രാപ്തമാക്കുന്നു;
● ജീനോം അസംബ്ലിയിൽ ഉയർന്ന കൃത്യതയോടെ ചെറിയ ടേൺ എറൗണ്ട് സമയം;
● 500-ലധികം സ്പീഷീസുകൾക്കായി നിർമ്മിച്ച 1000-ലധികം ഹൈ-സി ലൈബ്രറികളിലെ സമൃദ്ധമായ അനുഭവം;
● 100-ലധികം വിജയകരമായ കേസുകൾ, 760-ലധികം പ്രസിദ്ധീകരിക്കപ്പെട്ട ഇംപാക്ട് ഫാക്ടർ;
● പോളിപ്ലോയിഡ് ജീനോമിനായുള്ള ഹൈ-സി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജീനോം അസംബ്ലി, മുൻ പ്രോജക്റ്റിൽ 100% ആങ്കറിംഗ് നിരക്ക് നേടിയിട്ടുണ്ട്;
● ഹൈ-സി പരീക്ഷണങ്ങൾക്കും ഡാറ്റ വിശകലനത്തിനുമുള്ള ഇൻ-ഹൗസ് പേറ്റന്റുകളും സോഫ്റ്റ്‌വെയർ പകർപ്പവകാശങ്ങളും;
● സ്വയം വികസിപ്പിച്ച വിഷ്വലൈസ്ഡ് ഡാറ്റ ട്യൂണിംഗ് സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ, മാനുവൽ ബ്ലോക്ക് മൂവിംഗ്, റിവേഴ്‌സ്, അസാധുവാക്കൽ, വീണ്ടും ചെയ്യൽ എന്നിവ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നു.

സേവന സവിശേഷതകൾ

ലൈബ്രറി തരം

പ്ലാറ്റ്ഫോം

ദൈർഘ്യം വായിക്കുക

തന്ത്രം ശുപാർശ ചെയ്യുക

ഹൈ-സി

ഇല്ലുമിന നോവസെക്

PE150

≥ 100X

ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ

● റോ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം

● ഹൈ-സി ലൈബ്രറി ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം

● ഹൈ-സി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജീനോം അസംബ്ലി

● അസംബ്ലിക്ക് ശേഷമുള്ള വിലയിരുത്തൽ

സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും

സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:

മൃഗം	ഫംഗസ്	സസ്യങ്ങൾ
ശീതീകരിച്ച ടിഷ്യു: ഒരു ലൈബ്രറിയിൽ 1-2 ഗ്രാം സെല്ലുകൾ: ഓരോ ലൈബ്രറിയിലും 1x 10^7 സെല്ലുകൾ	ശീതീകരിച്ച ടിഷ്യു: ഓരോ ലൈബ്രറിയിലും 1 ഗ്രാം	ശീതീകരിച്ച ടിഷ്യു: ഒരു ലൈബ്രറിയിൽ 1-2 ഗ്രാം
*Hi-C പരീക്ഷണത്തിനായി കുറഞ്ഞത് 2 അലിക്കോട്ടുകളെങ്കിലും (1 ഗ്രാം വീതം) അയയ്ക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശക്തമായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.

ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി

കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (ടിൻ ഫോയിൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല)
മിക്ക സാമ്പിളുകളിലും, എത്തനോളിൽ സൂക്ഷിക്കരുതെന്ന് ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: സാമ്പിളുകൾ വ്യക്തമായി ലേബൽ ചെയ്യുകയും സമർപ്പിച്ച സാമ്പിൾ വിവര ഫോമിന് സമാനമായിരിക്കുകയും വേണം.
കയറ്റുമതി: ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ആദ്യം ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.

സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ

പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന

സാമ്പിൾ ഡെലിവറി

ഡിഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ

ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം

ക്രമപ്പെടുത്തൽ

ഡാറ്റ വിശകലനം

വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ

മുമ്പത്തെ: പ്ലാന്റ്/ആനിമൽ ഡി നോവോ ജീനോം സീക്വൻസിങ്

അടുത്തത്: പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം

*ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഡെമോ ഫലങ്ങളെല്ലാം ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് ഉപയോഗിച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ജീനോമുകളിൽ നിന്നുള്ളതാണ്

1.Hi-C ഇന്ററാക്ഷൻ ഹീറ്റ് മാപ്പ്കാംപ്‌റ്റോതെക്ക അക്യുമിനേറ്റജനിതകഘടന.മാപ്പിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ, പരസ്പരബന്ധങ്ങളുടെ തീവ്രത രേഖീയ ദൂരവുമായി പ്രതികൂലമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു, ഇത് വളരെ കൃത്യതയുള്ള ക്രോമസോം-ലെവൽ അസംബ്ലിയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.(ആങ്കറിംഗ് അനുപാതം: 96.03%)

3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

കാങ് എം തുടങ്ങിയവർ.,പ്രകൃതി ആശയവിനിമയം, 2021

2.Hi-C ഇടയിലുള്ള വിപരീതങ്ങളുടെ മൂല്യനിർണ്ണയം സുഗമമാക്കിഗോസിപിയം ഹിർസ്യൂട്ടംL. TM-1 A06 ഒപ്പംജി. അർബോറിയംChr06

4Hi-C-heatmap-Facilitate-revealing-of-inversions-between-genomes

Yang Z et al.,നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ്, 2019

3.കസാവ ജീനോം SC205 ന്റെ അസംബ്ലി, ബയലിക് വ്യത്യാസം.ഹൈ-സി ഹീറ്റ്‌മാപ്പ് ഹോമോലോജസ് ക്രോമസോമുകളിൽ വ്യക്തമായ വിഭജനം കാണിക്കുന്നു.

5Hi-C-heatmap-show-homologous-chromosomes

Hu W et al.,തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2021

4. രണ്ട് ഫിക്കസ് സ്പീഷീസ് ജീനോം അസംബ്ലിയിൽ ഹൈ-സി ഹീറ്റ്മാപ്പ്:എഫ്.മൈക്രോകാർപ(ആങ്കറിംഗ് അനുപാതം: 99.3%) കൂടാതെF.hispida (ആങ്കറിംഗ് അനുപാതം: 99.7%)
6Hi-C-heatmap-show-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

Zhang X et al.,സെൽ, 2020

ബിഎംകെ കേസ്

ആൽമരത്തിന്റെയും പോളിനേറ്റർ വാസ്‌പിന്റെയും ജീനോമുകൾ അത്തിപ്പഴം കൂട്ടുപരിണാമത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു

പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: സെൽ, 2020

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:

F. മൈക്രോകാർപ ജീനോം: ഏകദേശം84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

എഫ്. ഹിസ്പിഡജീനോം: ഏകദേശം97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillataജീനോം: ഏകദേശം170 X PacBio RSII (65 Gb)

പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

1. PacBio സീക്വൻസിംഗ്, ഹൈ-സി, ലിങ്കേജ് മാപ്പ് എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് രണ്ട് ബനിയൻ ട്രീ ജീനോമുകളും ഒരു പോളിനേറ്റർ വാസ്‌പ് ജീനോമും നിർമ്മിച്ചു.
(1)F. മൈക്രോകാർപജീനോം: 908 Kb-ന്റെ contig N50, 95.6% BUSCO സ്കോർ ഉപയോഗിച്ച് 426 Mb (കണക്കാക്കിയ ജീനോം വലുപ്പത്തിന്റെ 97.7%) ഒരു അസംബ്ലി സ്ഥാപിച്ചു.മൊത്തത്തിൽ 423 Mb സീക്വൻസുകൾ 13 ക്രോമസോമുകളിലേക്ക് ഹൈ-സി നങ്കൂരമിട്ടു.ജീനോം വ്യാഖ്യാനത്തിൽ 29,416 പ്രോട്ടീൻ-കോഡിംഗ് ജീനുകൾ ലഭിച്ചു.
(2)എഫ്. ഹിസ്പിഡജീനോം: 360 Mb (കണക്കാക്കിയ ജീനോം വലുപ്പത്തിന്റെ 97.3%) അസംബ്ലി, 492 Kb-ന്റെ contig N50 ഉം BUSCO സ്‌കോർ 97.4% ഉം ആയിരുന്നു.ഹൈ-സി 14 ക്രോമസോമുകളിൽ മൊത്തം 359 Mb സീക്വൻസുകൾ ആങ്കർ ചെയ്‌തു, ഉയർന്ന സാന്ദ്രതയുള്ള ലിങ്കേജ് മാപ്പുമായി വളരെ സമാനമാണ്.
(3)Eupristina verticillataജീനോം: 387 Mb യുടെ ഒരു അസംബ്ലി (കണക്കാക്കിയ ജീനോം വലുപ്പം: 382 Mb) 3.1 Mb-ന്റെ contig N50 ഉം BUSCO സ്കോർ 97.7% ഉം ഉപയോഗിച്ച് സ്ഥാപിച്ചു.

2. താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് വിശകലനം രണ്ടും തമ്മിലുള്ള ഘടനാപരമായ വ്യതിയാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തിഫിക്കസ്അഡാപ്റ്റീവ് പരിണാമ പഠനങ്ങൾക്ക് അമൂല്യമായ ജനിതക വിഭവം നൽകിയ ജീനോമുകൾ.ഈ പഠനം, ആദ്യമായി, ജീനോമിക് തലത്തിൽ ഫിഗ്-വാസ്പ് കോ-എവല്യൂഷനെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകി.

പിബി-ഫുൾ-ലെങ്ത്-ആർഎൻഎ-സീക്വൻസിംഗ്-കേസ്-സ്റ്റഡി

രണ്ടിന്റെ ജനിതക സവിശേഷതകളെക്കുറിച്ചുള്ള സർക്കോസ് ഡയഗ്രംഫിക്കസ്ക്രോമസോമുകൾ, സെഗ്മെന്റൽ ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷനുകൾ (SDs), ട്രാൻസ്‌പോസണുകൾ (LTR, TEs, DNA TEs), ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ, സിന്റനി എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള ജീനോമുകൾ