-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് (NGS)
പാരിസ്ഥിതിക മെറ്റാജെനോം, ഹ്യൂമൻ മെറ്റാജെനോം മുതലായ ജീവികളുടെ ഒരു സമ്മിശ്ര സമൂഹത്തിന്റെ മൊത്തം ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ഒരു ശേഖരത്തെയാണ് മെറ്റാജെനോം സൂചിപ്പിക്കുന്നത്. ഇതിൽ കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും കൃഷി ചെയ്യാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്ത മിശ്രിത ജനിതക പദാർത്ഥങ്ങളെ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു തന്മാത്രാ ഉപകരണമാണ് മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്, ഇത് സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യവും സമൃദ്ധിയും, ജനസംഖ്യാ ഘടന, ഫൈലോജെനറ്റിക് ബന്ധം, പ്രവർത്തനപരമായ ജീനുകൾ, പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളുമായുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖല എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദമായ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന NovaSeq6000
-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്-നാനോപോർ
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്ത മിശ്രിത ജനിതക പദാർത്ഥങ്ങളെ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു തന്മാത്രാ ഉപകരണമാണ് മെറ്റാജെനോമിക്സ്, ഇത് സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യവും സമൃദ്ധിയും, ജനസംഖ്യാ ഘടന, ഫൈലോജെനെറ്റിക് ബന്ധം, പ്രവർത്തനപരമായ ജീനുകൾ, പരിസ്ഥിതി ഘടകങ്ങളുമായുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖല തുടങ്ങിയവയെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദമായ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു. മെറ്റാജെനോമിക് പഠനങ്ങളിലേക്ക്.വായനാ ദൈർഘ്യത്തിലെ അതിന്റെ മികച്ച പ്രകടനം പ്രധാനമായും മെറ്റാജെനോമിക് വിശകലനത്തെ ഡൗൺ സ്ട്രീം മെച്ചപ്പെടുത്തി, പ്രത്യേകിച്ച് മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലി.റീഡ്-ലെങ്ത് പ്രയോജനപ്പെടുത്തി, ഷോട്ട്-ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക്‌സുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ നാനോപോർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മെറ്റാജെനോമിക് പഠനത്തിന് കൂടുതൽ തുടർച്ചയായ അസംബ്ലി നേടാൻ കഴിയും.നാനോപോർ അധിഷ്ഠിത മെറ്റാജെനോമിക്സ് മൈക്രോബയോമുകളിൽ നിന്ന് പൂർണ്ണവും അടഞ്ഞതുമായ ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമുകൾ വിജയകരമായി സൃഷ്ടിച്ചതായി പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു (മോസ്, EL, et. al,പ്രകൃതി ബയോടെക്, 2020)
പ്ലാറ്റ്ഫോം:നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ P48
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്-പാക്ബയോ
വളരെ സംരക്ഷിതവും ഹൈപ്പർ-വേരിയബിൾ പ്രദേശങ്ങളും അടങ്ങുന്ന 16S, 18S rRNA കളിലെ ഉപയൂണിറ്റ് പ്രോകാരിയോട്ടിക്, യൂക്കറിയോട്ടിക് ജീവികളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ഒരു തികഞ്ഞ തന്മാത്രാ വിരലടയാളമാണ്.സീക്വൻസിംഗിന്റെ പ്രയോജനം പ്രയോജനപ്പെടുത്തി, ഈ ആംപ്ലിക്കോണുകൾ സംരക്ഷിത ഭാഗങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ടാർഗെറ്റുചെയ്യാനാകും, കൂടാതെ സൂക്ഷ്മജീവ വൈവിധ്യ വിശകലനം, ടാക്സോണമി, ഫൈലോജനി മുതലായവ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന പഠനങ്ങൾക്ക് സംഭാവന ചെയ്യുന്ന സൂക്ഷ്മജീവ തിരിച്ചറിയലിനായി ഹൈപ്പർ-വേരിയബിൾ മേഖലകളെ പൂർണ്ണമായി ചിത്രീകരിക്കാൻ കഴിയും. ) PacBio പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിന്റെ ക്രമം, പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ആംപ്ലിക്കോണുകൾ (ഏകദേശം 1.5 Kb) ഉൾക്കൊള്ളുന്ന, വളരെ കൃത്യമായ ദീർഘമായ വായനകൾ നേടുന്നതിന് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.ജനിതക മണ്ഡലത്തിന്റെ വിശാലമായ വീക്ഷണം ബാക്ടീരിയയിലോ ഫംഗസ് സമൂഹത്തിലോ സ്പീഷിസ് വ്യാഖ്യാനത്തിലെ മിഴിവ് വർദ്ധിപ്പിച്ചു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:PacBio സീക്വൽ II
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്-NGS
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്, വളരെ സംഭാഷണം ചെയ്യപ്പെടുന്നതും ഹൈപ്പർവേരിയബിൾ ഭാഗങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്നതുമായ ഹൗസ് കീപ്പിംഗ് ജനിതക മാർക്കറുകളുടെ PCR ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ പരിശോധിച്ച് സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹത്തിലെ ഫൈലോജെനി, ടാക്സോണമി, സ്പീഷീസ് സമൃദ്ധി എന്നിവ വെളിപ്പെടുത്താൻ ലക്ഷ്യമിടുന്നു.Woeses et al,(1977) ഈ പെർഫെക്റ്റ് മോളിക്യുലാർ ഫിംഗർപ്രിന്റ് അവതരിപ്പിച്ചത് ഒറ്റപ്പെടൽ-രഹിത മൈക്രോബയോം പ്രൊഫൈലിങ്ങിനെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നു.16 എസ് (ബാക്ടീരിയ), 18 എസ് (ഫംഗസ്), ഇന്റേണൽ ട്രാൻസ്‌ക്രൈബ് ചെയ്ത സ്‌പെയ്‌സർ (ഐടിഎസ്, ഫംഗസ്) എന്നിവയുടെ ക്രമം സമൃദ്ധമായ ഇനങ്ങളെയും അപൂർവവും തിരിച്ചറിയപ്പെടാത്തതുമായ ജീവിവർഗങ്ങളെ തിരിച്ചറിയാൻ അനുവദിക്കുന്നു.മനുഷ്യന്റെ വായ, കുടൽ, മലം മുതലായ വിവിധ പരിതസ്ഥിതികളിൽ ഡിഫറൻഷ്യൽ മൈക്രോബയൽ കോമ്പോസിഷൻ തിരിച്ചറിയുന്നതിൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ വ്യാപകമായി പ്രയോഗിക്കപ്പെടുന്നതും പ്രധാനവുമായ ഉപകരണമായി മാറിയിരിക്കുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന NovaSeq6000
-
ബാക്ടീരിയ, ഫംഗൽ ഹോൾ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിങ്
അറിയപ്പെടുന്ന ബാക്ടീരിയയുടെയും ഫംഗസിന്റെയും ജീനോമുകൾ പൂർത്തിയാക്കുന്നതിനും ഒന്നിലധികം ജീനോമുകളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനോ പുതിയ ജീവികളുടെ ജീനോമുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിനോ ഉള്ള ഒരു നിർണായക ഉപകരണമാണ് ബാക്ടീരിയ, ഫംഗസ് ഹോൾ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിംഗ്.സൂക്ഷ്മജീവികളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും മറ്റ് താരതമ്യ ജീനോം പഠനങ്ങൾ നടത്തുന്നതിനും കൃത്യമായ റഫറൻസ് ജീനോമുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് ബാക്ടീരിയയുടെയും ഫംഗസിന്റെയും മുഴുവൻ ജീനോമുകളും ക്രമപ്പെടുത്തുന്നത് വളരെ പ്രധാനമാണ്.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന നോവസെക് 6000
-
ഫംഗൽ ജീനോം
ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് നിർദ്ദിഷ്ട ഗവേഷണ ലക്ഷ്യത്തെ ആശ്രയിച്ച് ഫംഗസിന്റെ ജീനോം സർവേ, ഫൈൻ ജീനോം, പെൻ-കംപ്ലീറ്റ് ജീനോം എന്നിവ നൽകുന്നു.ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള ജീനോം അസംബ്ലി നേടുന്നതിന് അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിങ് + മൂന്നാം തലമുറ സീക്വൻസിങ് എന്നിവ സംയോജിപ്പിച്ച് ജീനോം സീക്വൻസിംഗും അസംബ്ലിയും പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും നേടാനാകും.ക്രോമസോം തലത്തിൽ ജീനോം അസംബ്ലി സുഗമമാക്കുന്നതിന് ഹൈ-സി സാങ്കേതികവിദ്യയും ഉപയോഗിക്കാം.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:PacBio സീക്വൽ II
നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ P48
ഇല്ലുമിന NovaSeq 6000
-
ബാക്ടീരിയ സമ്പൂർണ്ണ ജീനോം
ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ്, പൂജ്യം വിടവോടെ ബാക്ടീരിയയുടെ സമ്പൂർണ്ണ ജീനോം നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള സീക്വൻസിങ് സേവനം നൽകുന്നു.ബാക്ടീരിയയുടെ സമ്പൂർണ്ണ ജീനോം നിർമ്മാണത്തിന്റെ പ്രധാന വർക്ക്ഫ്ലോയിൽ മൂന്നാം തലമുറ സീക്വൻസിംഗ്, അസംബ്ലി, ഫംഗ്ഷണൽ വ്യാഖ്യാനം, നിർദ്ദിഷ്ട ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങൾ നിറവേറ്റുന്ന വിപുലമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.ബാക്ടീരിയ ജീനോമിന്റെ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ പ്രൊഫൈലിംഗ്, അവയുടെ ജൈവിക പ്രക്രിയകൾക്ക് അടിവരയിടുന്ന അടിസ്ഥാന സംവിധാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നതിന് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, ഉയർന്ന യൂക്കറിയോട്ടിക് സ്പീഷീസുകളിലെ ജീനോമിക് ഗവേഷണങ്ങൾക്ക് ഇത് വിലപ്പെട്ട റഫറൻസ് നൽകുകയും ചെയ്യും.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ P48 + ഇല്ലുമിന നോവസെക് 6000
PacBio സീക്വൽ II
