ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്

1.mRNA(denovo) അസംബ്ലിയുടെ തത്വം

ട്രിനിറ്റി പ്രകാരം, വായനകൾ കെ-മെർ എന്നറിയപ്പെടുന്ന ചെറിയ കഷണങ്ങളായി വിഭജിക്കപ്പെടുന്നു.ഈ K-mers പിന്നീട് contigs-ലേക്ക് വിപുലീകരിക്കാൻ വിത്തുകളായി ഉപയോഗിക്കുന്നു, തുടർന്ന് contig ഓവർലാപ്പിംഗുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഘടകങ്ങൾ.അവസാനമായി, ഘടകങ്ങളിലെ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ തിരിച്ചറിയാൻ De Bruijn ഇവിടെ പ്രയോഗിച്ചു.

mRNA (De novo) ട്രിനിറ്റിയുടെ അവലോകനം

2.mRNA (De novo) ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ലെവലിന്റെ വിതരണം

RNA-Seq-ന് ജീൻ എക്സ്പ്രഷന്റെ വളരെ സെൻസിറ്റീവ് എസ്റ്റിമേഷൻ നേടാൻ കഴിയും.സാധാരണയായി, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് എക്സ്പ്രഷൻ FPKM ന്റെ കണ്ടെത്താനാകുന്ന ശ്രേണി 10^-2 മുതൽ 10^6 വരെയാണ്.

mRNA (De novo) ഓരോ സാമ്പിളിലും FPKM സാന്ദ്രതയുടെ വിതരണം

3.mRNA (De novo) DEG-കളുടെ GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം

GO (ജീൻ ഒന്റോളജി) ഡാറ്റാബേസ് എന്നത് ജീൻ, ജീൻ ഉൽപ്പന്നങ്ങളുടെ പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ഒരു സാധാരണ പദാവലി അടങ്ങുന്ന ഒരു ഘടനാപരമായ ബയോളജിക്കൽ വ്യാഖ്യാന സംവിധാനമാണ്.ഇതിൽ ഒന്നിലധികം ലെവലുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, അവിടെ ലെവൽ താഴ്ന്നതാണെങ്കിൽ, ഫംഗ്ഷനുകൾ കൂടുതൽ വ്യക്തമാണ്.

mRNA (De novo) GO വർഗ്ഗീകരണം DEG-കളുടെ രണ്ടാം തലത്തിൽ

ബിഎംകെ കേസ്

ഉള്ളിയിലെ ബൾബ് വീക്കവും വികാസവും സമയത്ത് സുക്രോസ് മെറ്റബോളിസത്തിന്റെ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം വിശകലനം (അലിയം സെപാ എൽ.)

പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: സസ്യശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ,2016

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം

ഇല്ലുമിന HiSeq2500

സാമ്പിൾ ശേഖരണം

യൂട്ടാ യെല്ലോ സ്വീറ്റ് സ്‌പെയിൻ ഇനമായ "Y1351" ആണ് ഈ പഠനത്തിൽ ഉപയോഗിച്ചത്.ശേഖരിച്ച സാമ്പിളുകളുടെ എണ്ണം
ബൾബിന്റെ വീക്കത്തിനു ശേഷമുള്ള 15-ാം ദിവസം (DAS) (2-സെ.മീ വ്യാസവും 3-4 ഗ്രാം ഭാരവും), 30-ാമത്തെ DAS (5-സെ.മീ വ്യാസവും 100-110 ഗ്രാം ഭാരവും), 40-ാമത്തെ DAS-ൽ ~3 (7-സെ.മീ. വ്യാസവും 260-300 ഗ്രാം).

പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

1. വെൻ ഡയഗ്രാമിൽ, മൂന്ന് ജോഡി വികസന ഘട്ടങ്ങളിലായി ആകെ 146 DEG-കൾ കണ്ടെത്തി.
2.“കാർബോഹൈഡ്രേറ്റ് ഗതാഗതവും മെറ്റബോളിസവും” പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നത് 585 യൂണിജീനുകൾ മാത്രമാണ് (അതായത്, വ്യാഖ്യാനിച്ച COG യുടെ 7%).
3.ഗോ ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് വിജയകരമായി വ്യാഖ്യാനിച്ച യുണിജെനുകളെ ബൾബ് വികസനത്തിന്റെ മൂന്ന് വ്യത്യസ്ത ഘട്ടങ്ങൾക്കായി മൂന്ന് പ്രധാന വിഭാഗങ്ങളായി തരംതിരിച്ചിട്ടുണ്ട്."ബയോളജിക്കൽ പ്രോസസ്" പ്രധാന വിഭാഗത്തിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നത് "മെറ്റബോളിക് പ്രക്രിയ", തുടർന്ന് "സെല്ലുലാർ പ്രോസസ്" എന്നിവയാണ്."തന്മാത്രാ പ്രവർത്തനത്തിന്റെ" പ്രധാന വിഭാഗത്തിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന രണ്ട് വിഭാഗങ്ങൾ "ബൈൻഡിംഗ്", "കാറ്റലിറ്റിക് ആക്റ്റിവിറ്റി" എന്നിവയാണ്.

ഓർത്തോലോഗസ് ഗ്രൂപ്പുകളുടെ (COG) വർഗ്ഗീകരണത്തിന്റെ ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം	മൂന്ന് വികസന ഘട്ടങ്ങളിൽ ബൾബുകളിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ യൂണിജീനുകൾക്കായുള്ള ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഓഫ് ജീൻ ഓന്റോളജി (GO) വർഗ്ഗീകരണം
ഉള്ളി ബൾബ് വികസനത്തിന്റെ ഏതെങ്കിലും രണ്ട് ഘട്ടങ്ങളിൽ വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകൾ കാണിക്കുന്ന വെൻ ഡയഗ്രം