പ്ലാൻ്റ്/ആനിമൽ ഹോൾ ജീനോം സീക്വൻസിങ്
സേവന സവിശേഷതകൾ
● ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് അല്ലെങ്കിൽ PCR-ഫ്രീ ആകാം
● 4 സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോമുകളിൽ ലഭ്യമാണ്: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, അല്ലെങ്കിൽ PacBio Revio.
● ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനം വേരിയൻ്റുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചു: SNP, InDel, SV, CNV
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ റെക്കോർഡുകളും: 1000-ലധികം സ്പീഷീസുകൾക്കുള്ള ജീനോം സീക്വൻസിംഗിലെ സഞ്ചിത അനുഭവം 5000-ലധികം ക്യുമുലേറ്റീവ് ഇംപാക്ട് ഫാക്ടർ ഉള്ള 1000-ലധികം കേസുകൾക്ക് കാരണമായി.
●സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനം: വേരിയേഷൻ കോളിംഗും ഫംഗ്ഷൻ വ്യാഖ്യാനവും ഉൾപ്പെടെ.
● വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
●സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനം: തിരിച്ചറിഞ്ഞ വ്യതിയാനങ്ങളുള്ള ജീനുകളെ പ്രവർത്തനപരമായി വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നതിനും അനുബന്ധ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം നടത്തുന്നതിനും ഞങ്ങൾ ഒന്നിലധികം ഡാറ്റാബേസുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഒന്നിലധികം ഗവേഷണ പ്രോജക്റ്റുകളെക്കുറിച്ചുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ നൽകുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| തിരിച്ചറിയേണ്ട വകഭേദങ്ങൾ | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ആഴം |
| എസ്എൻപിയും ഇൻഡെലും | Illumina NovaSeq PE150 അല്ലെങ്കിൽ MGI T7 | 10x |
| SV, CNV (കുറവ് കൃത്യത) | 30x | |
| SV, CNV (കൂടുതൽ കൃത്യത) | നാനോപോർ പ്രോം P48 | 20x |
| എസ്എൻപികൾ, ഇൻഡലുകൾ, എസ്വി, സിഎൻവി | PacBio റിവിയോ | 10x |
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| ടിഷ്യു അല്ലെങ്കിൽ വേർതിരിച്ചെടുത്ത ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ | ഇല്ലുമിന/എംജിഐ | നാനോപോർ | PacBio
| ||
| ആനിമൽ വിസെറ | 0.5-1 ഗ്രാം | ≥ 3.5 ഗ്രാം
| ≥ 3.5 ഗ്രാം
| ||
| മൃഗങ്ങളുടെ പേശി | ≥ 5 ഗ്രാം
| ≥ 5 ഗ്രാം
| |||
| സസ്തനി രക്തം | 1.5 മി.ലി | ≥ 0.5 മില്ലി
| ≥ 5 മില്ലി
| ||
| കോഴി/മത്സ്യ രക്തം | ≥ 0.1 മില്ലി
| ≥ 0.5 മില്ലി
| |||
| ചെടി - പുതിയ ഇല | 1-2 ഗ്രാം | ≥ 2 ഗ്രാം
| ≥ 5 ഗ്രാം
| ||
| സംസ്കരിച്ച കോശങ്ങൾ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| പ്രാണികളുടെ മൃദുവായ ടിഷ്യു/വ്യക്തിഗത | 0.5-1 ഗ്രാം | ≥ 1 ഗ്രാം
| ≥ 3 ഗ്രാം
| ||
| വേർതിരിച്ചെടുത്ത ഡിഎൻഎ
| ഏകാഗ്രത: ≥ 1 ng/ µL തുക: ≥ 30 ng പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല
| ഏകാഗ്രത തുക
OD260/280
OD260/230
പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/ഫ്ലോ സെൽ/സാമ്പിൾ
1.7-2.2
≥1.5 | ഏകാഗ്രത തുക
OD260/280
OD260/230
പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല | ≥ 50 ng/ µL 10 μg/ഫ്ലോ സെൽ/സാമ്പിൾ
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-രഹിത ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ: ഏകാഗ്രത≥ 40 ng/ µL തുക≥ 500 ng | |||||
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ഡിഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
ഡാറ്റ ഡെലിവറി
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
- റോ ഡാറ്റ ക്വാളിറ്റി കൺട്രോൾ
- റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള വിന്യാസത്തിൻ്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
- വേരിയൻ്റ് ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ: SNP, InDel, SV, CNV
- വേരിയൻ്റുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം
റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള വിന്യാസത്തിൻ്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ - ആഴത്തിലുള്ള വിതരണം ക്രമപ്പെടുത്തുന്നു
ഒന്നിലധികം സാമ്പിളുകൾക്കിടയിൽ SNP കോളിംഗ്
InDel ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ - CDS റീജിയണിലെയും ജീനോം-വൈഡ് റീജിയനിലെയും InDel ദൈർഘ്യത്തിൻ്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
ജീനോമിലുടനീളം വേരിയൻ്റ് വിതരണം - സർക്കോസ് പ്ലോട്ട്
തിരിച്ചറിഞ്ഞ വകഭേദങ്ങളുള്ള ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം - ജീൻ ഓൻ്റോളജി
ചായ്, ക്യു. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'പരുത്തിയിലെ ആന്തോസയാനിൻ ശേഖരണം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിലൂടെ ഒരു ഗ്ലൂട്ടാത്തയോൺ എസ്-ട്രാൻസ്ഫെറേസ് GhTT19 പുഷ്പ ദളങ്ങളുടെ പിഗ്മെൻ്റേഷൻ നിർണ്ണയിക്കുന്നു', പ്ലാൻ്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേർണൽ, 21(2), പേ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
ചെങ്, എച്ച്. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ക്രോമസോം-ലെവൽ വൈൽഡ് ഹെവിയ ബ്രാസിലിയൻസിസ് ജീനോം ജനിതക-സഹായത്തോടെയുള്ള പ്രജനനത്തിനും റബ്ബർ വിളവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള വിലയേറിയ സ്ഥലത്തിനും പുതിയ ഉപകരണങ്ങൾ നൽകുന്നു', പ്ലാൻ്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേർണൽ, 21(5), പേജ്. 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
ലി, എ. തുടങ്ങിയവർ. (2021) 'നദീമുഖ മുത്തുച്ചിപ്പിയുടെ ജീനോം കാലാവസ്ഥാ ആഘാതത്തെയും അഡാപ്റ്റീവ് പ്ലാസ്റ്റിറ്റിയെയും കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു', കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് ബയോളജി 2021 4:1, 4(1), പേജ്. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'ചൈനീസ് തദ്ദേശീയ കോഴികളിൽ കാലക്രമേണ ജീനോം, മീഥൈലേഷൻ മാറ്റങ്ങൾ എന്നിവയുടെ വിശകലനം സ്പീഷീസ് കൺസർവേഷനിലേക്ക് ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു', കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് ബയോളജി, 5(1), പേജ്. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
