16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Үйлчилгээний давуу тал
● Хүрээлэн буй орчны дээжинд бичил биетний найрлагыг тусгаарлахгүйгээр хурдан тодорхойлох
● Байгаль орчны дээж дэх элбэг дэлбэг бага бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн өндөр нарийвчлалтай
● Хамгийн сүүлийн үеийн QIIME2 нь мэдээллийн сан, тайлбар, OTU/ASV зэрэг олон төрлийн шинжилгээ бүхий урсгалыг шинжилдэг.
● Өндөр дамжуулалт, өндөр нарийвчлал
● Төрөл бүрийн бичил биетний нийгэмлэгийн судалгаанд ашиглах боломжтой
● BMK нь хөрс, ус, хий, лаг, баас, гэдэс, арьс, исгэх шөл, шавьж, ургамал гэх мэтийг хамарсан 100,000 гаруй дээж/жилийн арвин туршлагатай.
● BMKCloud нь 45 хувийн дүн шинжилгээ хийх хэрэгслийг агуулсан мэдээллийн тайлбарыг хөнгөвчилсөн
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| ДараалалПлатформ | Номын сан | Санал болгож буй өгөгдлийн гарц | Тооцоолсон эргэлтийн хугацаа |
| Illumina NovaSeq платформ | PE250 | 50К/100К/300К шошго | 30 хоног |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● OTU кластер/дуу чимээг арилгах(ASV)
● OTU тайлбар
● Альфа олон янз байдал
● Бета олон янз байдал
● Бүлэг хоорондын шинжилгээ
● Туршилтын хүчин зүйлсийн эсрэг ассоциацийн шинжилгээ
● Функцийн генийн таамаглал
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Учир ньДНХ-ийн ханд:
| Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл | Цэвэр байдал |
| ДНХ-ийн ханд | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1.6-2.5 |
Байгаль орчны дээжийн хувьд:
| Дээжийн төрөл | Зөвлөмж болгож буй дээж авах журам |
| Хөрс | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Хуурайшсан бодисыг гадаргуугаас зайлуулах шаардлагатай;Том хэсгүүдийг нунтаглаж, 2 мм-ийн шүүлтүүрээр дамжина;Захиалга хийх дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл cyrotube-д хийнэ. |
| Баас | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Захиалга авахын тулд дээжийг ариутгасан EP хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, хэсэгчлэн хийнэ. |
| Гэдэсний агууламж | Дээжийг асептик нөхцөлд боловсруулах шаардлагатай.Цуглуулсан эдийг PBS-ээр угаана;PBS-ийг центрифуг хийж, тунадасыг EP хоолойд цуглуулна. |
| Лаг | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Лагийн дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, нөөцлөнө. |
| Усан бие | Цоргоны ус, худгийн ус гэх мэт бичил биетний хязгаарлагдмал хэмжээтэй дээжийн хувьд дор хаяж 1 л ус цуглуулж, мембран дээрх бичил биетнийг баяжуулахын тулд 0.22 μм шүүлтүүрээр дамжуулна.Мембраныг ариутгасан хоолойд хадгална. |
| Арьс | Арьсны гадаргууг ариутгасан хөвөн арчдас эсвэл мэс заслын ирээр болгоомжтой хусаж, ариутгасан хоолойд хийнэ. |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Шингэн азотын дээжийг 3-4 цагийн турш хөлдөөж, шингэн азот буюу -80 хэмээс удаан хугацаагаар хадгална.Хуурай мөстэй дээж тээвэрлэх шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1.Зүйлийн тархалт
2.Дулааны зураг: Зүйлийн баялагийн бөөгнөрөл
3.Ховор хэсгийн муруй
4. NMDS шинжилгээ
5. Lefse шинжилгээ
BMK хэрэг
Таргалалт 2-р хэлбэрийн чихрийн шижинтэй болон таргалалтгүй хүмүүс гэдэсний бичил биетний үйл ажиллагааны чадавхи, найрлага өөр өөр байдаг.
Нийтэлсэн:Cell Host & Microbe, 2019
Дараалсан стратеги:
Чихрийн шижингүй туранхай (n=633);Чихрийн шижингүй таргалалт (n=494);Таргалалт-2-р хэлбэрийн чихрийн шижин (n=153);
Зорилтот бүс: 16S rDNA V1-V2
Платформ: Illumina Miseq (NGS дээр суурилсан ампликоны дараалал)
ДНХ-ийн хандны дэд хэсгийг Illumina Hiseq дээр метагеномын дараалалд хамруулсан
Гол үр дүн
Эдгээр бодисын солилцооны өвчний бичил биетний профайлыг амжилттай ялгаж чадсан.
16S дарааллаар үүсгэгдсэн бичил биетний шинж чанарыг харьцуулж үзэхэд таргалалт нь бичил биетний бүтэц, бие даасан шинж чанар, ялангуяа Аккермансиа, Фаекалибактери, Осцилибактер, Алистипес зэрэг өөрчлөлтүүдтэй холбоотой болохыг тогтоожээ. Үүнээс гадна T2D нь Escherichia/shigella ихсэхтэй холбоотой болохыг тогтоожээ. .
Лавлагаа
Thingholm, LB, et al."2-р хэлбэрийн чихрийн шижинтэй, таргалалтгүй хүмүүс гэдэсний бичил биетний үйл ажиллагааны хүчин чадал, найрлага нь өөр өөр байдаг."Эсийн хост ба микроб26.2(2019).
