16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Үйлчилгээний давуу тал
● 16S/18S/ITS-ийн бүрэн хэмжээний дарааллыг харуулсан удаан уншсан
● PacBio CCS горимын дараалал бүхий өндөр нарийвчлалтай үндсэн дуудлага
● OTU/ASV тэмдэглэгээн дэх зүйлийн түвшний нарийвчлал
● Хамгийн сүүлийн үеийн QIIME2 нь мэдээллийн сан, тайлбар, OTU/ASV зэрэг олон төрлийн шинжилгээ бүхий урсгалыг шинжилдэг.
● Төрөл бүрийн бичил биетний нийгэмлэгийн судалгаанд ашиглах боломжтой
● BMK нь хөрс, ус, хий, лаг, баас, гэдэс, арьс, исгэх шөл, шавьж, ургамал гэх мэтийг хамарсан 100,000 гаруй дээж/жилийн арвин туршлагатай.
● BMKCloud нь 45 хувийн дүн шинжилгээ хийх хэрэгслийг агуулсан мэдээллийн тайлбарыг хөнгөвчилсөн
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| ДараалалПлатформ | Номын сан | Санал болгож буй өгөгдөл | Өөрчлөгдөх цаг |
| PacBio үргэлжлэл II | SMRT-хонх | 5К/10К/20К шошго | Ажлын 44 өдөр |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● OTU кластер/дуу чимээг арилгах(ASV)
● OTU тайлбар
● Альфа олон янз байдал
● Бета олон янз байдал
● Бүлэг хоорондын шинжилгээ
● Туршилтын хүчин зүйлсийн эсрэг ассоциацийн шинжилгээ
● Функцийн генийн таамаглал
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Учир ньДНХ-ийн ханд:
| Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл | Цэвэр байдал |
| ДНХ-ийн ханд | ＞ 1 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1.6-2.5 |
Байгаль орчны дээжийн хувьд:
| Дээжийн төрөл | Зөвлөмж болгож буй дээж авах журам |
| Хөрс | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Хуурайшсан бодисыг гадаргуугаас зайлуулах шаардлагатай;Том хэсгүүдийг нунтаглаж, 2 мм-ийн шүүлтүүрээр дамжина;Захиалга хийх дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл cyrotube-д хийнэ. |
| Баас | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Захиалга авахын тулд дээжийг ариутгасан EP хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, хэсэгчлэн хийнэ. |
| Гэдэсний агууламж | Дээжийг асептик нөхцөлд боловсруулах шаардлагатай.Цуглуулсан эдийг PBS-ээр угаана;PBS-ийг центрифуг хийж, тунадасыг EP хоолойд цуглуулна. |
| Лаг | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Лагийн дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, нөөцлөнө. |
| Усан бие | Цоргоны ус, худгийн ус гэх мэт бичил биетний хязгаарлагдмал хэмжээтэй дээжийн хувьд дор хаяж 1 л ус цуглуулж, мембран дээрх бичил биетнийг баяжуулахын тулд 0.22 μм шүүлтүүрээр дамжуулна.Мембраныг ариутгасан хоолойд хадгална. |
| Арьс | Арьсны гадаргууг ариутгасан хөвөн арчдас эсвэл мэс заслын ирээр болгоомжтой хусаж, ариутгасан хоолойд хийнэ. |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Шингэн азотын дээжийг 3-4 цагийн турш хөлдөөж, шингэн азот буюу -80 хэмээс удаан хугацаагаар хадгална.Хуурай мөстэй дээж тээвэрлэх шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1.V3+V4(Illumina)-д суурилсан бичил биетний нийгэмлэгийн профайлын тайлбарын хувь хэмжээ. Бүрэн урт (PacBio)-д суурилсан профайл.
(Санамсаргүй байдлаар сонгогдсон 30 төслийн мэдээллийг статистикт ашигласан)
2. Төрөл бүрийн түүврийн төрөл дэх зүйлийн түвшний бүрэн хэмжээний ампликоны дарааллын тайлбарын хурд
3.Зүйлийн тархалт
4. Филогенетик мод
BMK хэрэг
Хүнцэл нь гэдэсний саадыг гэмтээж, улмаар гэдэс-элэгний тэнхлэгийг идэвхжүүлж, нугасны элэгний үрэвсэл, пироптоз үүсэхэд хүргэдэг.
Нийтэлсэн:Байгаль орчны шинжлэх ухаан,2021 он
Дараалсан стратеги:
Дээж: Хяналтын эсрэг 8 мг/кг ATO өртсөн бүлэг
Дараалсан өгөгдлийн гарц: нийт 102,583 түүхий CCS дараалал
Хяналт: 54,518 ± 747 үр дүнтэй CCS
ATO-д өртсөн : 45,050 ± 1675 үр дүнтэй CCS
Гол үр дүн
Альфа олон талт байдал:ATO-д өртөх нь нугасны гэдэсний бичил биетний баялаг, олон янз байдлыг ихээхэн өөрчилсөн.
Метастатын шинжилгээ:
Филумын түвшинд: 2 бактерийн бүлэг зөвхөн хяналтын бүлэгт илэрсэн
Удам угсааны түвшинд: 6 овог харьцангуй элбэг дэлбэг байдлаараа мэдэгдэхүйц ялгаатай байв
Зүйлийн түвшинд: Нийт 36 зүйл тодорхойлогдсон бөгөөд тэдгээрийн 6 нь харьцангуй элбэг дэлбэг байдлаараа эрс ялгаатай.
Лавлагаа
Thingholm, LB, et al."2-р хэлбэрийн чихрийн шижинтэй, таргалалтгүй хүмүүс гэдэсний бичил биетний үйл ажиллагааны хүчин чадал, найрлага нь өөр өөр байдаг."Эсийн хост ба микроб26.2(2019).
