Hi-C дээр суурилсан Геномын Ассемблей
Үйлчилгээний давуу тал
Hi-C-ийн тойм
(Либерман-Айден Э нар,Шинжлэх ухаан, 2009)
ØХамгаалахын тулд генетикийн популяцийг бий болгох шаардлагагүй
ØТэмдэглэгээний нягтрал нь 90%-иас дээш байх үед бэхэлгээний харьцаа өндөр болдог;
ØОдоо байгаа геномын цуглуулгад үнэлгээ, залруулга хийх боломжийг олгодог;
ØГеномын угсралтын явцад илүү нарийвчлалтай эргэх хугацаа богино;
Ø500 гаруй төрөл зүйлд зориулан барьсан 1000 гаруй Hi-C номын сан бүхий арвин туршлагатай;
ØХуримтлагдсан нийтлэгдсэн импакт хүчин зүйл нь 760 гаруй амжилттай болсон 100 гаруй тохиолдол;
ØПолиплоид геномд зориулсан Hi-C-д суурилсан геномын угсралт нь өмнөх төсөлд 100% бэхлэгдсэн.
ØHi-C туршилт, өгөгдлийн шинжилгээнд зориулсан дотоод патент, програм хангамжийн зохиогчийн эрх
ØӨөрөө боловсруулсан визуал хэлбэрээр өгөгдөл тааруулах програм хангамж нь гараар блок шилжүүлэх, эргүүлэх, хүчингүй болгох, дахин хийх боломжийг олгодог.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| ДараалалПлатформ | Номын сан | Санал болгож буй гүн | Тооцоолсон эргэлтийн хугацаа | Ассемблей |
| Иллюмина | 300-350 bp | Энгийн геном ≥ 100 × Нарийн төвөгтэй геном ≥ 150 × | 3 сар (Зүйлээс хамаарч) | Зангууны харьцаа ≥ 90% (Зүйлээс хамаарч) |
Биоинформатикийн шинжилгээ
üТүүхий мэдээллийн чанарын хяналт
üHi-C номын сангийн чанарын хяналт
üHi-C дээр суурилсан геномын угсралт
üУгсралтын дараах үнэлгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Амьтны хувьд:
1.Булчин (Хөлдөөсөн): ≥ 2 г;
2.Бүтэн цус (Хөлдөөсөн бус): ≥ 2 мл (3 номын сангийн хувьд)
Ургамлын хувьд:
1.Суулгац (жишээ нь үрээр ургуулсан залуу суулгац, эдийн өсгөвөрт суулгац гэх мэт): бүх навч, залуу ишийг цуглуулах;
2. Боловсорч гүйцсэн ургамал: ишний үзүүр болон эхний 1 эсвэл 2 шинэ навчийг ишний үзүүрт ойртуулна.
* Дээж тус бүрийн санал болгож буй хэмжээ ≥ 4 г.(Номын сангийн барилгын онолын хэрэглээ нь нэг номын санд 1 г байна).
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Ихэнх дээжийг этанолд хадгалахгүй байхыг зөвлөж байна.
Дээжийн шошго: Дээж нь тодорхой шошготой байх ёстой бөгөөд ирүүлсэн дээжийн мэдээллийн маягттай ижил байх ёстой.
Тээвэрлэлт: Хуурай мөс: Дээжийг эхлээд уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
Hi-C туршилт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
*Энд үзүүлсэн демо илэрцүүд бүгд Biomarker Technologies-ээр хэвлэгдсэн геномуудаас авсан болно
1.Hi-C харилцан үйлчлэлийн дулааны зурагCamptotheca acuminataгеном.Газрын зураг дээр харуулсанчлан харилцан үйлчлэлийн эрч хүч нь шугаман зайтай сөргөөр хамааралтай бөгөөд энэ нь хромосомын түвшний өндөр нарийвчлалтай угсралтыг харуулж байна.(Анкерийн харьцаа: 96.03%)
Канг М нар.Байгалийн харилцаа холбоо, 2021 он
2.Hi-C нь хоорондын урвуу байдлын баталгаажуулалтыг хөнгөвчилсөнGossypium hirsutumL. TM-1 A06 баG. arboreumChr06
Yang Z нар.Байгалийн харилцаа холбоо, 2019 он
3. Кассава геном SC205-ийн угсралт ба биаллелик ялгарал.Hi-C дулааны зурагт гомолог хромосомын тодорхой хуваагдлыг харуулсан.
Ху В нар.Молекулын ургамал, 2021 он
4. Хоёр Ficus төрлийн геномын угсралт дээрх Hi-C дулааны зураг:F.microcarpa(зангууны харьцаа: 99.3%) баF.hispida (зангууны харьцаа: 99.7%)
Жан X нар.Эс, 2020 он
BMK хэрэг
Баньян мод ба тоос хүртэгч хошууны геномууд нь инжрийн хогийн эволюцийн талаарх ойлголтыг өгдөг.
Нийтэлсэн: Эс, 2020 он
Дараалсан стратеги:
F. microcarpaгеном: ойролцоогоор.84 X PacBio RSII (36.87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: ойролцоогоор.97 X PacBio RSII (36.12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: ойролцоогоор.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Гол үр дүн
1. Хоёр банян модны геном, нэг тоос үүсгэгч соногийн геномыг PacBio дараалал, Hi-C болон холбоосын зураглал ашиглан бүтээсэн.
(1)F. microcarpaгеном: 426 Mb (тооцоолсон геномын 97.7%)-ийн цуглуулга N50 contig 908 Kb, BUSCO оноо 95.6% байна.Нийтдээ 423 Мб дарааллыг Hi-C-ээр 13 хромосомтой холбосон.Геномын тайлбар нь 29,416 уураг кодлогч генийг гаргажээ.
(2)F. Hispidaгеном: 360 Mb (тооцоолсон геномын 97.3%) угсралтаас N50 contig 492 Kb, BUSCO оноо 97.4% байсан.Нийт 359 Мб дарааллыг Hi-C-ээр 14 хромосом дээр бэхэлсэн бөгөөд өндөр нягтралтай холболтын зураглалтай маш адилхан.
(3)Eupristina verticillataгеном: 387 Mb (Тооцоолсон геномын хэмжээ: 382 Mb) бүхий угсралт нь N50 contig 3.1 Mb, BUSCO оноо 97.7% байсан.
2. Харьцуулсан геномикийн шинжилгээ нь хоёрын хооронд маш олон тооны бүтцийн өөрчлөлтийг илрүүлсэнФикусгеномууд нь дасан зохицох хувьслын судалгаанд үнэлж баршгүй генетикийн нөөц болсон.Энэхүү судалгаа нь анх удаа геномын түвшинд инжрийн хогийн эволюцийн талаарх ойлголтыг өгсөн.
 Хоёрын геномын шинж чанарын циркийн диаграммФикусгеномууд, үүнд хромосом, сегментийн давхардал (SD), транспозон (LTR, TE, DNA TE), генийн илэрхийлэл ба синтени |  Y хромосом ба хүйсийг тодорхойлох нэр дэвшигч генийг тодорхойлох |
Жан, X., нар."Баньян мод ба тоос хүртээгч хошууны геномууд нь инжир-загасны эволюцийн талаарх ойлголтыг өгдөг."183.4 нүд (2020).
