BMKCloud Log in
条形баннер-03

Бүтээгдэхүүн

Урт кодчилолгүй дараалал-Illumina

Урт кодчилдоггүй РНХ (lncRNAs) нь 200 н-ээс дээш урттай РНХ молекулуудын нэг төрөл бөгөөд кодлох чадвар нь маш бага байдаг.LncRNA нь кодчилдоггүй РНХ-ийн гол гишүүний хувьд голчлон цөм болон плазмд байдаг.Дараалал тогтоох технологи, биоинформатикийн хөгжил нь олон тооны шинэ lncRNA-г таних, тэдгээрийг биологийн функцтэй холбох боломжийг олгодог.Хуримтлагдсан нотолгоонууд нь lncRNA нь эпигенетик зохицуулалт, транскрипцийн зохицуулалт, транскрипцийн дараах зохицуулалтад өргөнөөр оролцдог болохыг харуулж байна.


Үйлчилгээний дэлгэрэнгүй мэдээлэл

Биоинформатик

Демо үр дүн

Кейс судалгаа

Үйлчилгээний давуу тал

● Үйлчилгээний давуу тал

● Эс болон эд эсийн өвөрмөц

● Тодорхой үе шат нь динамик илэрхийлэлийн өөрчлөлтийг илэрхийлж, танилцуулдаг

● Цаг хугацаа, орон зайн илэрхийллийн нарийн хэв маяг

● mRNA өгөгдөлтэй хамтарсан шинжилгээ.

● BMKCloud-д суурилсан үр дүнг хүргэх: Платформ дээр тохируулсан өгөгдөл олборлох боломжтой.

● Төсөл дууссанаас хойш 3 сарын хугацаанд хүчинтэй борлуулалтын дараах үйлчилгээ

Дээжийн шаардлага ба хүргэлт

Номын сан

Платформ

Санал болгож буй өгөгдөл

Өгөгдлийн QC

рРНХ-ийн хомсдол

Illumina PE150

10 Гб

Q30≥85%

Конц.(нг/мкл)

Хэмжээ (мкг)

Цэвэр байдал

Шударга байдал

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй.

Ургамлын хувьд: RIN≥6.5;

Амьтны хувьд: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй

Нуклеотидууд:

Эд: Жин (хуурай): ≥1 гр

*5 мг-аас бага хэмжээтэй эдэд бид хөлдөөсөн (шингэн азотын) эдийн дээжийг илгээхийг зөвлөж байна.

Эсийн суспенз: Эсийн тоо = 3×107
* Бид хөлдөөсөн эсийн лизатыг тээвэрлэхийг зөвлөж байна.Энэ эсийн тоо 5×10-аас бага байвал5, шингэн азотоор хөлдөөсөн флаш хийхийг зөвлөж байна.

Цусны дээж:
PA×genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол ба 2 мл цус (ТРИзол: Цус = 3: 1)

Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Хүргэлт:
1.Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2.RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.

Үйлчилгээний ажлын урсгал

QC дээж

Туршилтын загвар

дээж хүргэх

Дээж хүргэх

Туршилтын туршилт

РНХ олборлолт

Номын сангийн бэлтгэл

Номын сангийн барилга

Дараалал

Дараалал

Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх

Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх

Борлуулалтын дараах үйлчилгээ

Борлуулалтын дараах үйлчилгээ


  • Өмнөх:
  • Дараачийн:

  • Биоинформатик

    wps_doc_12

     

    1.LncRNA ангилал

    Дээрх дөрвөн программ хангамжийн таамагласан LncRNA-г 4 ангилалд ангилсан: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;мэдрэмж-LncRNA.LncRNA ангиллыг доорх гистограммд үзүүлэв.

    LncRNA-ангилал

    LncRNA ангилал

    2.DE-lncRNA баяжуулалтын шинжилгээний Cis зорилтот генүүд

    ClusterProfiler-ийг биологийн процесс, молекулын үйл ажиллагаа, эсийн бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн хувьд дифференциалаар илэрхийлэгдсэн lncRNA (DE-lncRNA)-ийн cis-зорилтот генүүд дээр баяжуулах шинжилгээнд ашигласан.GO баяжуулалтын шинжилгээ нь бүх геномтой харьцуулахад DEG-д чиглэсэн мэдэгдэхүйц баяжуулсан GO нэр томъёог тодорхойлох үйл явц юм.Баяжуулсан нэр томьёог доор үзүүлсэн шиг гистограмм, хөөс график гэх мэтээр үзүүлэв.

    DE-lncRNA-баяжуулах-шинжилгээний Cis-зорилтот-генүүд--Bubble-chartDE-lncRNA баяжуулалтын шинжилгээний cis-targeted генүүд -Bubble chart

     

    3. mRNA болон lncRNA-ийн урт, экзон тоо, ORF болон илэрхийллийн хэмжээг харьцуулснаар бид тэдгээрийн хоорондын бүтэц, дараалал гэх мэт ялгааг ойлгохоос гадна бидний таамагласан шинэ lncRNA ерөнхий шинж чанаруудтай нийцэж байгаа эсэхийг шалгах боломжтой.

    wps_doc_13

    BMK хэрэг

    KRAS-G12D мутаци ба P53 нокаут бүхий хулганы уушигны аденокарциномын зохицуулалтгүй lncRNA экспрессийн профайл

    Нийтэлсэн:Эсийн болон молекулын анагаах ухааны сэтгүүл,2019 он

    Дараалсан стратеги

    Иллюмина

    Дээж цуглуулга

    Өвөрмөц вирусын халдварын 6 дахь өдөр NONMMUT015812-ийн эсрэг KP (shRNA-2) эсүүд болон сөрөг хяналтын (sh-Scr) эсүүдийг авсан.

    Гол үр дүн

    Энэхүү судалгаа нь P53 нокаут болон KrasG12D мутаци бүхий хулганы уушигны аденокарцинома дахь хэвийн бус илэрхийлэгдсэн lncRNA-уудыг судалсан.
    1.6424 lncRNA-г ялгаатай байдлаар илэрхийлсэн (≥ 2 дахин өөрчлөлт, P <0.05).
    2.Бүх 210 lncRNAs(FC≥8) дотроос 11 lncRNA-ийн илрэлийг P53, 33 lncRNA-г KRAS, 13 lncRNA-г анхдагч КП эсүүдэд гипокси тус тус зохицуулсан.
    3.NONMMUT015812 нь хулганы уушигны аденокарциномад гайхалтай зохицуулалттай, P53 дахин илэрхийлэлээр сөрөг зохицуулалттай байсан нь эсийн үйл ажиллагааг шинжлэхэд илэрсэн.
    4. NONMMUT015812-г shRNA-уудаар устгаснаар KP эсийн тархалт болон шилжих чадварыг бууруулсан.NONMMUT015812 нь боломжит онкоген байсан.

    PB-бүрэн хэмжээний-РНХ-Дараалсан-тохиолдлын судалгаа

    NONMMUT015812 КП эсүүд дэх дифференциалаар илэрхийлэгдсэн генүүдийн KEGG замын шинжилгээ

    PB-бүрэн хэмжээний-РНХ-Дараалсан-тохиолдлын судалгаа

    NONMMUT015812 КП эсүүд дэх ялгавартай илэрхийлэгдсэн генүүдийн генийн онтологийн шинжилгээ

    Лавлагаа

    KRAS-G12D мутаци ба P53 нокаут [J] бүхий хулганы уушигны аденокарцинома дахь lncRNA экспрессийн профайлын зохицуулалтыг бууруулсан.Cellular and Molecular Medicine сэтгүүл, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    нэг эшлэлийг авах

    Энд мессежээ бичээд бидэнд илгээгээрэй

    Бидэнд мессежээ илгээнэ үү: