Метагеномик дараалал-нанопора
Үйлчилгээний давуу тал
● Өндөр чанартай угсралт-Зүйлийг тодорхойлох, функциональ генийг урьдчилан таамаглах нарийвчлалыг нэмэгдүүлэх
● Бактерийн геномын хаалттай тусгаарлалт
● Эмгэг төрүүлэгч бичил биетүүд эсвэл антибиотикт тэсвэртэй холбоотой генийг илрүүлэх гэх мэт төрөл бүрийн салбарт илүү хүчирхэг, найдвартай хэрэглээ
● Метагеномын харьцуулсан шинжилгээ
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Платформ | Дараалал | Санал болгож буй өгөгдөл | Өөрчлөгдөх цаг |
| Нанопур | ONT | 6 Г/10 Г | Ажлын 65 өдөр |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● Метагеномын угсралт
● Илүүдэл бус генийн багц ба тайлбар
● Зүйлийн олон янз байдлын шинжилгээ
● Генетик функцийн олон янз байдлын шинжилгээ
● Бүлэг хоорондын шинжилгээ
● Туршилтын хүчин зүйлсийн эсрэг ассоциацийн шинжилгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загварын шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Учир ньДНХ-ийн ханд:
| Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл | Цэвэр байдал |
| ДНХ-ийн ханд | 1-1.5 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1.6-2.5 |
Байгаль орчны дээжийн хувьд:
| Дээжийн төрөл | Зөвлөмж болгож буй дээж авах журам |
| Хөрс | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Хуурайшсан бодисыг гадаргуугаас зайлуулах шаардлагатай;Том хэсгүүдийг нунтаглаж, 2 мм-ийн шүүлтүүрээр дамжина;Захиалга хийх дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл cyrotube-д хийнэ. |
| Баас | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Захиалга авахын тулд дээжийг ариутгасан EP хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, хэсэгчлэн хийнэ. |
| Гэдэсний агууламж | Дээжийг асептик нөхцөлд боловсруулах шаардлагатай.Цуглуулсан эдийг PBS-ээр угаана;PBS-ийг центрифуг хийж, тунадасыг EP хоолойд цуглуулна. |
| Лаг | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Лагийн дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, нөөцлөнө. |
| Усны бие | Цоргоны ус, худгийн ус гэх мэт бичил биетний хязгаарлагдмал хэмжээтэй дээжийн хувьд дор хаяж 1 л ус цуглуулж, мембран дээрх бичил биетнийг баяжуулахын тулд 0.22 μм шүүлтүүрээр дамжуулна.Мембраныг ариутгасан хоолойд хадгална. |
| Арьс | Арьсны гадаргууг ариутгасан хөвөн арчдас эсвэл мэс заслын ирээр болгоомжтой хусаж, ариутгасан хоолойд хийнэ. |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Шингэн азотын дээжийг 3-4 цагийн турш хөлдөөж, шингэн азот буюу -80 хэмээс удаан хугацаагаар хадгална.Хуурай мөстэй дээж тээвэрлэх шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1.Дулааны зураг: Зүйлийн баялаг бөөгнөрөл
2. KEGG бодисын солилцооны замд тэмдэглэсэн функциональ генүүд
3.Зүйлийн корреляцийн сүлжээ
4. CARD антибиотикт тэсвэртэй генийн циркүүд
BMK хэрэг
Nanopore metagenomics нь амьсгалын доод замын бактерийн халдварыг түргэн шуурхай оношлох боломжийг олгодог
Нийтэлсэн:Байгалийн биотехнологи, 2019 он
Техникийн онцлох үйл явдлууд
Дараалал: Nanopore MinION
Эмнэлзүйн метагеномик биоинформатик: Хост ДНХ-ийн хомсдол, WIMP болон ARMA шинжилгээ
Шуурхай илрүүлэх: 6 цаг
Өндөр мэдрэмж: 96.6%
Гол үр дүн
2006 онд амьсгалын доод замын халдвар (LR) нь дэлхий даяар 3 сая хүний үхэлд хүргэсэн.LR1 эмгэг төрүүлэгчийг илрүүлэх ердийн арга бол тариалалт бөгөөд энэ нь мэдрэмтгий чанар муу, эргэлтийн хугацаа урт, антибиотик эмчилгээг эрт хийх зааваргүй байдаг.Микробыг хурдан бөгөөд үнэн зөв оношлох нь нэн яаралтай шаардлага байсаар ирсэн.Зүүн Английн Их Сургуулийн доктор Жастин болон түүний хамтрагчид эмгэг төрүүлэгчийг илрүүлэх нанопород суурилсан метагеномын аргыг амжилттай боловсруулжээ.Тэдний ажлын урсгалын дагуу эзэн ДНХ-ийн 99.99% нь шавхагдаж болно.Эмгэг төрүүлэгч болон антибиотикт тэсвэртэй генийг илрүүлэх ажлыг 6 цагийн дотор хийж дуусгана.
Лавлагаа
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics нь амьсгалын доод замын бактерийн халдварыг түргэн шуурхай оношлох боломжийг олгодог.Байгалийн биотехнологи, 37(7), 1.
