Бүтээгдэхүүн

Лавлагаа бус мРНХ-ийн дараалал-Illumina

Лавлагаа бус мРНХ-ийн дараалал-гэрэлтүүлгийн онцлох зураг

мРНХ-ийн дараалал нь дараагийн үеийн дарааллын техникийг (NGS) ашигладаг бөгөөд зарим тусгай функцууд идэвхжиж байгаа тодорхой хугацаанд эукариотын элч РНХ (мРНХ)-ийг барьж авдаг.Хамгийн урт хуулбарыг 'Unigene' гэж нэрлэсэн бөгөөд дараагийн шинжилгээнд лавлах дараалал болгон ашигласан нь тухайн зүйлийн молекулын механизм, зохицуулалтын сүлжээг лавлагаагүйгээр судлах үр дүнтэй хэрэгсэл юм.

Транскриптомын өгөгдлийн цуглуулга ба унигений функциональ тайлбарын дараа

(1) SSR шинжилгээ, CDS таамаглал, генийн бүтцийг урьдчилан бэлтгэнэ.

(2) Дээж тус бүр дэх унигений илэрхийллийн тоон үзүүлэлтийг хийнэ.

(3) Дээж (эсвэл бүлгүүд) хоорондын ялгавартай илэрхийлэгдсэн унигенийг унигений илэрхийлэлд үндэслэн илрүүлэх болно.

(4) Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн унигенүүдийн бөөгнөрөл, функциональ тайлбар, баяжуулалтын шинжилгээг хийнэ.

Бидэнтэй холбоо барина уу

Үйлчилгээний дэлгэрэнгүй мэдээлэл

Биоинформатик

Демо үр дүн

Кейс судалгаа

Онцлогууд

● Аливаа лавлагаа геномоос хамааралгүй,

● Өгөгдлийг хуулбарын бүтэц, илэрхийлэлд дүн шинжилгээ хийхэд ашиглаж болно

● Хувьсагч хайчлах сайтуудыг тодорхойлох

Үйлчилгээний давуу тал

● BMKCloud-д суурилсан үр дүнгийн хүргэлт: Үр дүнг BMKCloud платформоор дамжуулан өгөгдлийн файл болон интерактив тайлан хэлбэрээр хүргэдэг бөгөөд энэ нь стандарт биоинформатик шинжилгээний үндсэн дээр нарийн төвөгтэй шинжилгээний гаралтыг хэрэглэгчдэд ээлтэй унших, захиалгат өгөгдөл олборлох боломжийг олгодог.

● Борлуулалтын дараах үйлчилгээ: Төсөл хэрэгжиж дууссаны дараа 3 сарын хугацаанд хүчинтэй борлуулалтын дараах үйлчилгээ, үүнд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, үр дүнгийн асуулт, хариулт гэх мэт.

Дээжийн шаардлага ба хүргэлт

Загвар шаардлага:

Нуклеотидууд:

Конц.(нг/мкл)

Хэмжээ (мкг)

Цэвэр байдал

Шударга байдал

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй.

Ургамлын хувьд: RIN≥6.5;

Амьтны хувьд: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй

Эд: Жин (хуурай): ≥1 гр
*5 мг-аас бага хэмжээтэй эдэд бид хөлдөөсөн (шингэн азотын) эдийн дээжийг илгээхийг зөвлөж байна.

Эсийн суспенз: Эсийн тоо = 3×10⁷
* Бид хөлдөөсөн эсийн лизатыг тээвэрлэхийг зөвлөж байна.Энэ эсийн тоо 5×10-аас бага байвал⁵, шингэн азотоор хөлдөөсөн флаш хийхийг зөвлөж байна.

Цусны дээж:
PA×genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол ба 2 мл цус (ТРИзол: Цус = 3: 1)

Санал болгож буй дээжийн хүргэлт

Контейнер:
2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Хүргэлт:
1.Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2.RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.

Үйлчилгээний ажлын урсгал

Туршилтын загвар

Дээж хүргэх

РНХ олборлолт

Номын сангийн барилга

Дараалал

Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх

Борлуулалтын дараах үйлчилгээ

Өмнөх: Урт кодчилолгүй дараалал-Illumina

Дараачийн: Эукариот мРНХ-ийн дараалал-Illumina

Биоинформатик

1.мРНХ(деново) Ассемблейн зарчим

Гурвалын дагуу уншлагууд нь K-mer гэж нэрлэгддэг жижиг хэсгүүдэд хуваагддаг.Эдгээр K-mers нь дараа нь contigs болгон өргөтгөх үр болгон ашиглаж, дараа нь contig давхцал дээр суурилсан бүрэлдэхүүн хэсэг.Эцэст нь, бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн транскриптийг танихын тулд Де Брюйныг энд ашигласан.

мРНХ-(Де-ново)-Гурвалын тойм

mRNA (De novo) Гурвалын тойм

2.mRNA (De novo) Генийн илэрхийллийн түвшний тархалт

RNA-Seq нь генийн илэрхийлэлд маш мэдрэмтгий үнэлгээ өгөх чадвартай.Ихэвчлэн FPKM илэрхийллийн транскриптийн илрэх хүрээ нь 10^-2-оос 10^6 хооронд хэлбэлздэг.

мРНХ-(Де-ново)-Дээж тус бүрт FPKM-нягтралын-тархалт

mRNA (De novo) Дээж бүрийн FPKM нягтын тархалт

3.mRNA (De novo) GO-ийн DEG-ийн баяжуулалтын шинжилгээ

GO (Gene Ontology) мэдээллийн сан нь ген, генийн бүтээгдэхүүний үйл ажиллагааны стандарт үгсийн санг агуулсан бүтэцлэгдсэн биологийн тэмдэглэгээний систем юм.Энэ нь олон түвшнийг агуулдаг бөгөөд түвшин бага байх тусам функцүүд илүү тодорхой болно.

мРНХ-(Де-ново)-2-р түвшний DEG-ийн-GO-ангилал

Хоёр дахь түвшний DEG-ийн мРНХ (De novo) GO ангилал

BMK хэрэг

Сонгино дахь булцууг хавдах, хөгжүүлэх үеийн сахарозын солилцооны транскриптомын шинжилгээ (Allium cepa L.)

Нийтэлсэн: ургамлын шинжлэх ухааны хил хязгаар， 2016

Дараалсан стратеги

Illumina HiSeq2500

Дээж цуглуулга

Энэ судалгаанд Юта шар амтат Испани сорт "Y1351" ашигласан.Цуглуулсан дээжийн тоо
Булцуу (2 см диаметртэй, 3-4 гр жинтэй), 30 дахь DAS (5 см диаметртэй, 100-110 гр жинтэй) хавдсанаас хойш 15 дахь өдөр (DAS), 40 дэх DAS (7 см диаметртэй ба 7 см диаметртэй) дээр ~3. 260-300 грамм).

Гол үр дүн

1. Венн диаграммд нийт гурван хос хөгжлийн үе шатанд нийт 146 градус илэрсэн.
2. “Нүүрс усны тээвэрлэлт ба бодисын солилцоо” нь зөвхөн 585 унигенээр (өөрөөр хэлбэл, тайлбартай COG-ийн 7%) төлөөлдөг.
3. GO мэдээллийн санд амжилттай тэмдэглэсэн Unigenes чийдэнгийн хөгжлийн гурван өөр үе шатанд гурван үндсэн ангилалд ангилагдсан."Биологийн үйл явц" гэсэн үндсэн ангилалд ихэнх нь "бодисын солилцооны үйл явц", дараа нь "эсийн үйл явц" байв."Молекулын функц" гэсэн үндсэн ангилалд "холбох" ба "каталитик үйл ажиллагаа" гэсэн хоёр ангилал хамгийн их илэрхийлэгддэг.

PB-бүрэн хэмжээний-РНХ-Дараалсан-тохиолдлын судалгаа

Ортологийн бүлгийн (COG) ангиллын кластерын гистограм

Хөгжлийн гурван үе шатанд булцуунаас гаргаж авсан унигенүүдийн генийн онтологийн (GO) ангиллын гистограмм

Сонгины булцууны хөгжлийн аль ч үе шатанд ялгаатай генийг харуулсан Венн диаграмм

Лавлагаа

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Сонгино (Allium cepa L.) [J] дахь булцууны хаван болон хөгжлийн үеийн сахарозын солилцооны транскриптомын шинжилгээ.Ургамлын шинжлэх ухааны хил хязгаар, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425