-
Хроматин дархлалын тунадасжилтын дараалал (ChIP-seq)
ChIP-Seq нь гистоны өөрчлөлт, транскрипцийн хүчин зүйлс болон ДНХ-тэй холбоотой бусад уургийн ДНХ-ийн зорилтот геномын өргөн хүрээг хамарсан профайлыг өгдөг.Энэ нь тодорхой уураг-ДНХ-ийн цогцолборыг сэргээхэд хроматин дархлалын хур тунадасны (ChIP) сонгомол чанарыг нэгтгэж, сэргээгдсэн ДНХ-ийн өндөр үр дүнтэй дараалал тогтоох дараагийн үеийн дарааллын (NGS) хүчин чадалтай.Нэмж дурдахад, уураг-ДНХ-ийн цогцолборууд нь амьд эсээс сэргээгддэг тул холбогдох газруудыг өөр өөр эсийн төрөл, эд эс эсвэл өөр өөр нөхцөлд харьцуулж болно.Програмууд нь транскрипцийн зохицуулалтаас эхлээд хөгжлийн зам, өвчний механизм, цаашлаад олон янз байдаг.
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Метагеномик дараалал -NGS
Метагеном гэдэг нь хүрээлэн буй орчны метагеном, хүний метагеном гэх мэт холимог организмын нийт генетикийн материалын цуглуулгыг хэлнэ. Энэ нь тариалж болох ба тариалах боломжгүй бичил биетний геномыг агуулдаг.Метагеномик дараалал нь хүрээлэн буй орчны дээжээс гаргаж авсан холимог геномын материалыг шинжлэхэд ашигладаг молекулын хэрэгсэл бөгөөд зүйлийн олон талт байдал, элбэгшил, популяцийн бүтэц, филогенетик харилцаа, функциональ ген, хүрээлэн буй орчны хүчин зүйлстэй корреляцийн сүлжээний талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл өгдөг.
Платформ:Illumina NovaSeq платформ
-
Метагеномик дараалал-нанопора
Метагеномикс нь хүрээлэн буй орчны дээжээс гаргаж авсан холимог геномын материалыг шинжлэхэд ашигладаг молекулын хэрэгсэл бөгөөд зүйлийн олон янз байдал, элбэг дэлбэг байдал, популяцийн бүтэц, филогенетик харилцаа, функциональ ген болон хүрээлэн буй орчны хүчин зүйлстэй харилцах сүлжээ гэх мэт дэлгэрэнгүй мэдээллийг өгдөг. Нанопорын дараалал тогтоох платформууд саяхан нэвтрүүлсэн. метагеномын судалгаанд.Унших уртын хувьд түүний гайхалтай гүйцэтгэл нь метагеномын шинжилгээ, ялангуяа метагеномын угсралтыг ихээхэн сайжруулсан.Унших уртын давуу талыг ашиглан Нанопород суурилсан метагеномын судалгаа нь бууны метагеномиктой харьцуулахад илүү тасралтгүй угсрах боломжтой юм.Нанопород суурилсан метагеномик нь микробиомоос бүрэн, хаалттай бактерийн геномыг амжилттай үүсгэсэн гэж нийтлэгдсэн (Moss, EL, et. al.,Байгалийн биотехнологи, 2020)
Платформ:Nanopore PromethION P48
-
Бүтэн геномын бисульфитын дараалал
Цитозины (5-mC) тав дахь байрлал дахь ДНХ-ийн метилизаци нь генийн илэрхийлэл, эсийн идэвхжилд үндсэн нөлөө үзүүлдэг.Хэвийн бус метиляци нь хорт хавдар гэх мэт хэд хэдэн нөхцөл, өвчинтэй холбоотой байдаг.WGBS нь нэг суурь нарийвчлалтайгаар геномын хэмжээнд метилжилтийг судлах алтан стандарт болсон.
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Өндөр дамжуулалтын дараалал бүхий Транспозазын хүртээмжтэй хроматины шинжилгээ (ATAC-seq)
ATAC-seq нь генийн илэрхийлэлд дэлхий даяар эпигенетик хяналт тавихад чухал ач холбогдолтой геномын өргөн хроматин хүртээмжийг шинжлэх өндөр үр дүнтэй дарааллын арга юм.Нээлттэй хроматин бүсүүдэд дарааллын адаптеруудыг гиперактив Tn5 транспозазын тусламжтайгаар оруулдаг.ПГУ-ын олшруулсны дараа дарааллын номын сан байгуулна.Бүх нээлттэй хроматин бүсүүдийг зөвхөн транскрипцийн хүчин зүйл, эсвэл тодорхой гистоныг өөрчилсөн бүс нутгийг холбох газруудаар хязгаарлагдахгүй, тодорхой орон зай-цаг хугацааны нөхцөлд олж авч болно.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ба 18S рРНХ-ийн өндөр хадгалалттай болон хэт хувьсах бүс нутгийг агуулсан дэд нэгж нь прокариот ба эукариот организмыг тодорхойлох төгс молекул хурууны хээ юм.Дарааллын давуу талыг ашиглан эдгээр ампликонуудыг хадгалсан хэсгүүдэд тулгуурлан чиглүүлж, хэт хувьсах бүс нутгийг бичил биетний олон янз байдлын шинжилгээ, ангилал зүй, филогени гэх мэт судалгаанд хувь нэмрээ оруулан бичил биетнийг таних зорилгоор бүрэн тодорхойлж болно. Нэг молекулын бодит цагийн (SMRT) ) PacBio платформын дараалал нь бүрэн хэмжээний ампликонуудыг (ойролцоогоор 1.5 Kb) хамрах өндөр нарийвчлалтай урт унших боломжийг олгодог.Генетикийн талбайг өргөнөөр харах нь бактери, мөөгөнцөрийн бүлгүүдийн зүйлийн тэмдэглэгээний нарийвчлалыг ихээхэн сайжруулсан.
Платформ:PacBio үргэлжлэл II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS ампликоны дараалал нь хоорондоо харилцан уялдаатай болон хэт хувьсах чадвартай хэсгүүдийг агуулсан гэр ахуйн генетикийн маркеруудын ПГУ-ын бүтээгдэхүүнийг судлах замаар бичил биетний бүлэгт филогени, ангилал зүй, зүйлийн элбэг дэлбэг байдлыг илрүүлэх зорилготой.Woeses нар (1977) эдгээр төгс молекул хурууны хээг нэвтрүүлсэн нь микробиомыг тусгаарлахгүйгээр профайлыг бий болгох боломжийг олгодог.16S (бактери), 18S (мөөгөнцөр) болон дотоод транскрипт зайлагч (ITS, мөөгөнцөр)-ийн дараалал нь элбэг, ховор, тодорхойгүй зүйлүүдийг хоёуланг нь тодорхойлох боломжийг олгодог.Энэхүү технологи нь хүний ам, гэдэс, ялгадас гэх мэт янз бүрийн орчинд микробын ялгавартай найрлагыг тодорхойлоход өргөн хэрэглэгдэж, гол хэрэгсэл болж байна.
Платформ:Illumina NovaSeq платформ
-
Бактери ба мөөгөнцрийн бүхэл геномын дараалал
Бактерийн болон мөөгөнцрийн бүхэл геномын дарааллыг тогтоох нь мэдэгдэж буй бактери, мөөгөнцрийн геномыг гүйцээх, мөн олон геномыг харьцуулах эсвэл шинэ организмын геномын зураглал хийх чухал хэрэгсэл юм.Нарийн лавлагаа геном гаргах, бичил биетнийг тодорхойлох болон бусад харьцуулсан геномын судалгааг хийхийн тулд нян, мөөгөнцөрийн геномыг бүхэлд нь дараалалд оруулах нь маш чухал юм.
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
PacBio-Бүрэн урт 16S/18S/ITS Ампликоны дараалал
Amplicon (16S/18S/ITS) платформ нь бичил биетний олон янз байдлын төслийн шинжилгээний олон жилийн туршлагатай бөгөөд стандартчилсан үндсэн шинжилгээ, хувь хүний шинжилгээг агуулсан: суурь шинжилгээ нь одоогийн бичил биетний судалгааны үндсэн шинжилгээний агуулгыг хамардаг, шинжилгээний агуулга нь баялаг бөгөөд цогц, мөн шинжилгээний үр дүнг төслийн тайлан хэлбэрээр танилцуулсан;Хувь хүний шинжилгээний агуулга нь олон янз байдаг.Шинжилгээний үндсэн тайлан, судалгааны зорилгын дагуу дээжийг сонгож, параметрүүдийг уян хатан байдлаар тохируулж, хувийн шаардлагыг хэрэгжүүлэх боломжтой.Windows үйлдлийн систем, энгийн бөгөөд хурдан.
-
PacBio-Бүрэн хэмжээний транскриптом (Лавлах бус)
Pacific Biosciences (PacBio) изоформ дарааллын өгөгдлийг оролт болгон авч, энэхүү програм нь бүрэн хэмжээний транскриптийн дарааллыг (угсралтгүйгээр) тодорхойлох боломжтой.Лавлагаа геномын эсрэг бүрэн хэмжээний дарааллыг зурагласнаар транскриптийг мэдэгдэж буй генүүд, транскриптүүд, кодлох бүсүүд гэх мэтээр оновчтой болгох боломжтой. Энэ тохиолдолд өөр залгалт гэх мэт мРНХ-ийн бүтцийг илүү нарийвчлалтай тодорхойлох боломжтой болно.NGS транскриптомын дарааллын өгөгдөлтэй хамтарсан дүн шинжилгээ хийх нь транскриптийн түвшинд илүү дэлгэрэнгүй тайлбар хийх, илэрхийлэлд илүү нарийвчлалтай тоон тогтоох боломжийг олгодог бөгөөд энэ нь доод урсгалын дифференциал илэрхийлэл болон функциональ шинжилгээнд ихээхэн ач тустай байдаг.
-
Багасгасан төлөөллийн бисульфит дараалал (RRBS)
ДНХ-ийн метиляцийн судалгаа нь өвчний судалгааны хамгийн чухал сэдэв байсаар ирсэн бөгөөд генийн илэрхийлэл, фенотипийн шинж чанаруудтай нягт холбоотой байдаг.RRBS нь ДНХ-ийн метиляцийн судалгааны үнэн зөв, үр ашигтай, хэмнэлттэй арга юм.Промотор болон CpG арлын бүс нутгийг ферментийн задралаар (Msp I) баяжуулж, бисульфитын дараалалтай хослуулснаар ДНХ-ийн метилжилтийг өндөр нарийвчлалтай илрүүлдэг.
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Прокариот мРНХ-ийн дараалал
мРНХ-ийн дараалал нь тодорхой нөхцөлд эсийн доторх бүх мРНХ транскриптийг цогцоор нь тодорхойлох боломжийг олгодог.Энэхүү дэвшилтэт технологи нь биологийн янз бүрийн үйл явцтай холбоотой генийн экспрессийн нарийн төвөгтэй профайл, генийн бүтэц, молекулын механизмыг илчлэх хүчирхэг хэрэгсэл болж үйлчилдэг.Суурь судалгаа, эмнэлзүйн оношлогоо, эм боловсруулахад өргөн хэрэглэгдэж байгаа мРНХ-ийн дараалал нь эсийн динамик болон генетикийн зохицуулалтын нарийн ширийнийг ойлгох боломжийг олгодог.Манай прокариот мРНХ дээжийн боловсруулалт нь прокариот транскриптомуудад зориулагдсан бөгөөд рРНХ-ийн хомсдол, чиглэлийн номын сангийн бэлтгэлийг хамардаг.
Платформ: Illumina NovaSeq X
