Тодорхой байршилтай олшруулсан фрагментийн дараалал (SLAF-Seq)
Үйлчилгээний дэлгэрэнгүй мэдээлэл
Техникийн схем
Ажлын урсгал
Үйлчилгээний давуу тал
Маркер илрүүлэх өндөр үр ашиг- Өндөр хүчин чадалтай дарааллын технологи нь SLAF-Seq-д геномын доторх хэдэн зуун мянган шошгыг илрүүлэхэд тусалдаг.
Геномоос бага хамааралтай- Энэ нь лавлагаа геномтой болон геномгүй зүйлүүдэд хэрэглэж болно.
Уян хатан схемийн загвар- Нэг фермент, хос фермент, задралын олон фермент, янз бүрийн төрлийн ферментүүдийг судалгааны зорилго, төрөл зүйлд нийцүүлэн сонгож болно.Хамгийн оновчтой ферментийн загварыг баталгаажуулахын тулд цахиурын урьдчилсан үнэлгээг ашигладаг.
Үр дүнтэй ферментийн боловсруулалт- Нөхцөл байдлыг оновчтой болгохын тулд урьдчилсан туршилтыг хийсэн бөгөөд энэ нь албан ёсны туршилтыг тогтвортой, найдвартай болгодог.Фрагмент цуглуулах үр ашиг нь 95% -иас дээш хүрч чадна.
Нэг жигд тархсан SLAF хаягууд- SLAF шошгууд нь бүх хромосомуудад жигд тархсан бөгөөд 4 кб тутамд дунджаар 1 SLAF-д хүрдэг.
Давтахаас үр дүнтэй зайлсхийх- SLAF-Seq өгөгдлийн давталтын дараалал нь ялангуяа улаан буудай, эрдэнэ шиш гэх мэт давталтын түвшин өндөртэй зүйлүүдийн хувьд 5%-иас бага болж буурдаг.
Арвин туршлага-Ургамал, хөхтөн амьтад, шувууд, шавж, усан организм гэх мэт олон зуун төрөл зүйлийн талаар 2000 гаруй хаалттай SLAF-Seq төсөл хэрэгжүүлсэн.
Өөрөө боловсруулсан биоинформатик ажлын урсгал- SLAF-Seq-д зориулсан нэгдсэн биоинформатик ажлын урсгалыг BMKGENE нь эцсийн гарцын найдвартай, үнэн зөв байдлыг хангах зорилгоор боловсруулсан.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Платформ | Конц.(нг/гл) | Нийт (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Боть>15μl) | 1.6-2.5 |
Зөвлөмж болгож буй дэс дарааллын стратеги
Дарааллын гүн: 10X/Tag
| Геномын хэмжээ | Санал болгож буй SLAF шошго |
| < 500 Mb | 100K эсвэл WGS |
| 500 Мб - 1 Гб | 100 К |
| 1 Гб -2 Гб | 200 К |
| Аварга эсвэл нарийн төвөгтэй геномууд | 300 - 400 мянга |
| Хэрэглээ
| Санал болгож байна Хүн амын тоо хэмжээ
| Дараалсан стратеги ба гүн
| |
| Гүн
| Тагийн дугаар
| ||
| GWAS
| Дээжийн дугаар ≥ 200
| 10X
|
дагуу геномын хэмжээ
|
| Генетик хувьсал
| Тус бүрийн хувь хүн дэд бүлэг ≥ 10; нийт дээж ≥ 30
| 10X
| |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой
Ихэнх дээжийг этанолд хадгалахгүй байхыг зөвлөж байна.
Дээжийн шошго: Дээж нь тодорхой шошготой байх ёстой бөгөөд ирүүлсэн дээжийн мэдээллийн маягттай ижил байх ёстой.
Тээвэрлэлт: Хуурай мөс: Дээжийг эхлээд уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
QC дээж
Туршилтын туршилт
SLAF-туршилт
Номын сангийн бэлтгэл
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1. Газрын зургийн үр дүнгийн статистик
2. SLAF маркер боловсруулах
3. Хувилбарын тайлбар
| Жил | Сэтгүүл | IF | Гарчиг | Хэрэглээ |
| 2022 он | Байгалийн харилцаа холбоо | 17.694 | Цээнэ цэцгийн гига-хромосом ба гига-геномын геномын үндэс Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 он | Шинэ фитологич | 7.433 | Гэрийн аж ахуйн ул мөр нь агрономийн ач холбогдол бүхий геномын бүс нутгийг холбодог шар буурцаг | SLAF-GWAS |
| 2022 он | Дэвшилтэт судалгааны сэтгүүл | 12.822 | Gossypium barbadense-ийн G. hirsutum-д геномын хэмжээнд зохиомлоор оруулдаг. хөвөнгийн ширхэгийн чанар, ургацыг нэгэн зэрэг сайжруулахын тулд дээд зэргийн байршлыг илрүүлэх шинж чанарууд | SLAF - Хувьслын генетик |
| 2019 он | Молекулын ургамал | 10.81 | Популяцийн геномын шинжилгээ ба Де Ново ассемблэй нь хогийн ургамлын гарал үүслийг илчилсэн Хувьслын тоглоом болох будаа | SLAF - Хувьслын генетик |
| 2019 он | Байгалийн генетик | 31.616 | Энгийн мөрөг загасны геномын дараалал ба генетикийн олон янз байдал, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage газрын зураг |
| 2014 он | Байгалийн генетик | 25.455 | Таримал самрын геном нь буурцагт ургамлын кариотип, полиплоидын талаар ойлголт өгдөг. хувьсал ба газар тариалангийн нутагшил. | SLAF-Linkage газрын зураг |
| 2022 он | Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл | 9.803 | ST1-ийг тодорхойлох нь үрийн морфологийн авто машинтай холбоотой сонгон шалгаруулалтыг илрүүлдэг болон шар буурцгийг нутагшуулах үеийн тосны агууламж | SLAF-Маркерын хөгжил |
| 2022 он | Молекулын шинжлэх ухааны олон улсын сэтгүүл | 6.208 | Улаан буудай-Леймус моллис 2Ns (2D)-ийг тодорхойлох, ДНХ маркер боловсруулах Дисомик хромосомын орлуулалт | SLAF-Маркерын хөгжил |
