Тодорхой локусын олшруулсан фрагментийн дараалал (SLAF-Seq)
Ажлын урсгал
Номын санг бэлтгэхдээ ферментийн оновчтой сонголтыг баталгаажуулахын тулд уг үйлчилгээ нь силикогийн урьдчилсан дизайнтай байдаг.
Техникийн схем
Үйлчилгээний онцлогууд
● NovaSeq дээр PE150 ашиглан дараалал тогтоох.
● Давхар бар кодчилол бүхий номын сангийн бэлтгэл, 1000 гаруй дээжийг нэгтгэх боломжтой.
● Лавлах геномоос хамааралгүй:
Лавлах геномтой хамт: SNP болон InDel-ийн нээлт
Лавлах геномгүйгээр: дээжийн кластерчлал ба SNP-ийн нээлт
● Дотор ньцахиурын доторГеномын дагуу SLAF шошгоны жигд тархалтыг үүсгэдэг хослолуудыг олохын тулд дизайны өмнөх үе шатны олон рестрикция ферментийн хослолуудыг шалгадаг.
● Туршилтын өмнөх үед 9 SLAF санг үүсгэхийн тулд 3 дээжинд гурван ферментийн хослолыг туршиж, энэ мэдээллийг төслийн хувьд хамгийн оновчтой рестрикцийн ферментийн хослолыг сонгоход ашигладаг.
Үйлчилгээний давуу талууд
●Өндөр генетикийн маркерын нээлтБид өндөр хүчин чадалтай давхар бар кодын системийг нэгтгэснээр олон тооны популяцийг нэгэн зэрэг дарааллаар нь ангилах, байршилд тохирсон олшруулалтыг сайжруулж, шошгын дугаарууд нь янз бүрийн судалгааны асуултуудын олон янзын шаардлагыг хангаж байгааг баталгаажуулдаг.
● Геномоос бага хамааралтайҮүнийг лавлагаа геномтой эсвэл геномгүй зүйлд хэрэглэж болно.
●Уян хатан схемийн загвар: Дан фермент, хос фермент, олон ферментийн задрал болон янз бүрийн төрлийн ферментүүдийг өөр өөр судалгааны зорилго эсвэл төрөл зүйлд нийцүүлэн сонгож болно.
● Ферментийн боловсруулалтын өндөр үр ашиг: А-ийн дамжуулалтцахиурын доторУрьдчилсан дизайн болон урьдчилсан туршилт нь хромосом дээрх SLAF шошгоны жигд тархалт (1 SLAF шошго/4Kb) болон давтагдах дарааллыг бууруулсан (<5%) оновчтой дизайныг баталгаажуулдаг.
●Өргөн хүрээтэй мэргэшилБид ургамал, хөхтөн амьтан, шувуу, шавьж, усны организм зэрэг олон зуун зүйлийн 5000 гаруй SLAF-Seq төслийг хаасан туршлагатай бөгөөд төсөл бүртээ арвин туршлага хуримтлуулдаг.
● Өөрөө боловсруулсан биоинформатик ажлын урсгалБид эцсийн гаралтын найдвартай байдал, нарийвчлалыг хангахын тулд SLAF-Seq-д зориулсан нэгдсэн биоинформатик ажлын урсгалыг боловсруулсан.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Шинжилгээний төрөл | Санал болгож буй хүн амын хэмжээ | Дарааллын стратеги | |
| Шошго дарааллын гүн | Шошгын дугаар | ||
| Генетикийн газрын зураг | 2 эцэг эх, 150-аас дээш үр удамтай | Эцэг эх: 20x WGS Оффспин: 10x | Геномын хэмжээ: <400 Mb: WGS-г санал болгож байна <1Гб: 100 мянган шошго 1-2Gb:: 200K шошго >2Гб: 300 мянган шошго Хамгийн ихдээ 500 мянган шошго |
| Геномын өргөн хүрээтэй холбооны судалгаа (GWAS) | ≥200 дээж | 10x | |
| Генетикийн хувьсал | ≥30 дээж, дэд бүлэг бүрээс >10 дээж | 10x | |
Үйлчилгээний шаардлага
Концентраци ≥ 5 нг/µL
Нийт хэмжээ ≥ 80 нг
Нано дусал OD260/280=1.6-2.5
Агарозын гель: задрал эсвэл бохирдолгүй эсвэл хязгаарлагдмал
Санал болгож буй дээж хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой
(Ихэнх дээжийг этанолд хадгалахгүй байхыг зөвлөж байна)
Дээжийн шошгололт: Дээжийг тодорхой шошготой, ирүүлсэн дээжийн мэдээллийн маягттай ижил байх шаардлагатай.
Тээвэрлэлт: Хуурай мөс: Дээжийг эхлээд уутанд хийж, хуурай мөсөнд булна.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Чанарын хяналтын дээж
Туршилтын туршилт
SLAF-туршилт
Номын сангийн бэлтгэл
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Манай биоинформатик шинжилгээнд дараахь зүйлс орно.
Өгөгдлийн чанарын хяналт болон N-ээр баялаг уншлага, адаптерийн уншлага эсвэл чанар муутай уншлагыг арилгахын тулд өгөгдлийг тайрах.
Суурийн тархалт, дарааллын чанар, өгөгдлийн үнэлгээг шалгахын зэрэгцээ боловсруулалтын үр ашиг болон гаргаж авсан оруулгыг шалгахын тулд цэвэр уншилтын чанарын хоёр дахь хяналт.
Уншилтыг шалгасны дараа хоёр сонголт байна:
- Лавлах геном руу зураглал хийх
- Лавлах геномгүйгээр: кластерчлал
Үүний дараа SLAF шошгоны шинжилгээг ашиглан тэмдэглэгээг нээхэд туслах зарим хувилбарын дуудлагыг хийдэг: SNP, InDel, SNV, CV дуудлага болон тэмдэглэгээ.
Хромосом дээрх SLAF шошгоны тархалт:
Хромосом дээрх SNP-ийн тархалт:
SNP тайлбар
Жин С, Ли С, Луо Ж, Ван X болон Ши С (2023) Жимсний боловсорч гүйцэх үеийн чихрийн агууламжийн QTL зураглал ба транскриптомын шинжилгээПирус пирифолиа.Урд хэсэг. Ургамлын шинжлэх ухаан.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Ли, Ж., Жан, Ю., Ма, Р., Хуанг, В., Хоу, Ж., Фан, К., & Сун, Л. (2022). st1-ийг тодорхойлох нь шар буурцгийг гаршуулах явцад үрийн морфологи болон тосны агууламжийг автостопоор судлахтай холбоотой сонголтыг харуулж байна.Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сю, П., Жан, Х., Ван, Х.болон бусад.Энгийн мөрөг загасны геномын дараалал ба генетикийн олон янз байдал,Cyprinus carpio.Нат Генет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Жуан, В., Чен, Х., Ян, М.болон бусад.Тариалсан газрын самрын геном нь буурцагт ургамлын кариотип, полиплоид хувьсал, таримал ургамлын гаршлын талаарх ойлголтыг өгдөг.Нат Генет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Жил | Тэмдэглэл | IF | Гарчиг | Аппликейшнүүд |
| 2022 он | Байгалийн харилцаа холбоо | 17.694 | Модны цээнэ цэцгийн гига-хромосом ба гига-геномын геномын үндэс Паеониа остии | SLAF-GWAS |
| 2015 он | Шинэ ургамал судлаач | 7.433 | Гэрийн тэжээвэр амьтдын ул мөр нь агрономийн ач холбогдолтой геномын бүс нутгуудыг бэхжүүлдэг шар буурцаг | SLAF-GWAS |
| 2022 он | Дэвшилтэт судалгааны сэтгүүл | 12.822 | Gossypium barbadense-ийн геномын хэмжээнд G. hirsutum руу хиймэл нэвтрэлт хөвөнгийн ширхэгийн чанар болон ургацыг нэгэн зэрэг сайжруулахын тулд дээд зэргийн локусыг илрүүлэх шинж чанарууд | SLAF-Хувьслын генетик |
| 2019 он | Молекулын ургамал | 10.81 | Хүн амын геномын шинжилгээ болон Де Ново чуулган нь Weedy-ийн гарал үүслийг илчилсэн Хувьслын тоглоом болох будаа | SLAF-Хувьслын генетик |
| 2019 он | Байгалийн генетик | 31.616 | Энгийн мөрөг загас болох Cyprinus carpio-ийн геномын дараалал ба генетикийн олон янз байдал | SLAF-Linkage газрын зураг |
| 2014 он | Байгалийн генетик | 25.455 | Таримал газрын самрын геном нь буурцагт ургамлын кариотип, полиплоид ургамлын талаарх ойлголтыг өгдөг. хувьсал ба ургамлыг нутагшуулах. | SLAF-Linkage газрын зураг |
| 2022 он | Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл | 9.803 | ST1-ийг тодорхойлох нь үрийн морфологийн автостопоор хийсэн сонголтыг харуулж байна. шар буурцаг тариалах үеийн тосны агууламж | SLAF-Marker хөгжүүлэлт |
| 2022 он | Молекулын шинжлэх ухааны олон улсын сэтгүүл | 6.208 | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)-ийн таних тэмдэг ба ДНХ-ийн маркерын хөгжил Дисомик хромосомын орлуулалт | SLAF-Marker хөгжүүлэлт |
| Жил | Тэмдэглэл | IF | Гарчиг | Аппликейшнүүд |
| 2023 он | Ургамлын шинжлэх ухааны хил хязгаар | 6.735 | Pyrus pyrifolia жимс боловсорч гүйцэх үеийн чихрийн агууламжийн QTL зураглал ба транскриптомын шинжилгээ | Генетикийн газрын зураг |
| 2022 он | Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл | 8.154 | ST1-ийг тодорхойлсноор шар буурцгийг гаршуулах явцад үрийн морфологи болон тосны агууламжийг автостопоор судлахтай холбоотой сонголтыг илрүүлэв.
| SNP дуудлага |
| 2022 он | Ургамлын шинжлэх ухааны хил хязгаар | 6.623 | Гантай орчинд байгаа биет бус бараг л фенотипийн геномын хэмжээний холбооны зураглал.
| GWAS |
