मोठ्या प्रमाणात सेग्रेगंट विश्लेषण
सेवा फायदे
टाकगी एट अल., द प्लांट जर्नल, 2013
● अचूक स्थानिकीकरण: पार्श्वभूमीचा आवाज कमी करण्यासाठी 30+30 ते 200+200 व्यक्तींसह मोठ्या प्रमाणात मिश्रण करणे;गैर-समानार्थी उत्परिवर्तन-आधारित उमेदवार प्रदेश अंदाज.
● सर्वसमावेशक विश्लेषण: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, इत्यादीसह सखोल उमेदवार जनुक कार्य भाष्य.
● जलद टर्नअराउंड वेळ: 45 कामकाजाच्या दिवसांत जलद जनुक स्थानिकीकरण.
● विस्तृत अनुभव: BMK ने पिके, जलचर उत्पादने, जंगल, फुले, फळे इ. अशा विविध प्रजातींचा समावेश करून हजारो वैशिष्ट्यांचे स्थानिकीकरण केले आहे.
सेवा तपशील
लोकसंख्या:
विरोधी फिनोटाइपसह पालकांच्या संततीला वेगळे करणे.
उदा. F2 संतती, बॅकक्रॉसिंग (BC), रीकॉम्बिनंट इनब्रेड लाइन (RIL)
मिक्सिंग पूल
गुणात्मक वैशिष्ट्यांसाठी: 30 ते 50 व्यक्ती (किमान 20)/मोठ्या प्रमाणात
परिमाणात्मक ट्रॅटिससाठी: संपूर्ण लोकसंख्येमध्ये एकतर अत्यंत फिनोटाइप असलेल्या शीर्ष 5% ते 10% व्यक्ती (किमान 30+30).
शिफारस केलेली अनुक्रमिक खोली
किमान 20X/पालक आणि 1X/संतती वैयक्तिक (उदा. 30+30 वैयक्तिक मिक्सिंग पूलसाठी, अनुक्रम खोली 30X प्रति बल्क असेल)
बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण
● संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण
● डेटा प्रक्रिया
● SNP/Indel कॉलिंग
● उमेदवार प्रदेश स्क्रीनिंग
● उमेदवार जनुक कार्य भाष्य
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| gDNA नमुना | ऊतक नमुना |
| एकाग्रता: ≥30 ng/μl | वनस्पती: 1-2 ग्रॅम |
| रक्कम: ≥2 μg (खंड ≥15 μl) | प्राणी: 0.5-1 ग्रॅम |
| शुद्धता: OD260/280= 1.6-2.5 | संपूर्ण रक्त: 1.5 मिली |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिझाइन
नमुना वितरण
आरएनए काढणे
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
1. उमेदवार प्रदेश ओळखण्यासाठी युक्लिडियन डिस्टन्स (ED) वर असोसिएशन विश्लेषण आधार.खालील आकृतीत
एक्स-अक्ष: गुणसूत्र संख्या;प्रत्येक बिंदू SNP चे ED मूल्य दर्शवतो.ब्लॅक लाइन फिट केलेल्या ED मूल्याशी संबंधित आहे.उच्च ईडी मूल्य साइट आणि फेनोटाइपमधील अधिक महत्त्वपूर्ण संबंध दर्शवते.लाल डॅश रेषा महत्त्वाच्या असोसिएशनच्या थ्रेशोल्डचे प्रतिनिधित्व करते.
2. एसएनपी-इंडेक्सवर आधारित असोसिएशन विश्लेषण
एक्स-अक्ष: गुणसूत्र संख्या;प्रत्येक बिंदू SNP-इंडेक्स मूल्य दर्शवतो.काळी रेषा म्हणजे फिट केलेले SNP-इंडेक्स मूल्य.मूल्य जितके मोठे असेल तितका संबंध अधिक महत्त्वपूर्ण आहे.
बीएमके केस
मुख्य-प्रभाव परिमाणवाचक वैशिष्ट्य लोकस Fnl7.1 काकडीत फळांच्या मानेच्या लांबीशी संबंधित उशीरा भ्रूणजनित मुबलक प्रोटीन एन्कोड करते
प्रकाशित: प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल, २०२०
अनुक्रम धोरण:
पालक (Jin5-508, YN): 34× आणि 20× साठी संपूर्ण जीनोम अनुक्रमणिका.
DNA पूल (50 लांब-मान आणि 50 लहान-मान): 61× आणि 52× साठी परिणाम
मुख्य परिणाम
या अभ्यासात, लाँग नेक काकडीची रेषा Jin5-508 आणि शॉर्ट नेक YN ओलांडून विभक्त लोकसंख्या (F2 आणि F2:3) निर्माण झाली.दोन डीएनए पूल 50 अत्यंत लांब गळ्याच्या व्यक्तींनी आणि 50 अत्यंत शॉर्ट नेक व्यक्तींनी बांधले होते.BSA विश्लेषण आणि पारंपारिक QTL मॅपिंगद्वारे Chr07 वर प्रमुख-प्रभाव QTL ओळखले गेले.फाइन-मॅपिंग, जीन एक्सप्रेशन क्वांटिफिकेशन आणि ट्रान्सजेनिक प्रयोगांद्वारे उमेदवार क्षेत्र आणखी संकुचित केले गेले, ज्याने मान-लांबी, CsFnl7.1 नियंत्रित करणारे मुख्य जनुक प्रकट केले.याव्यतिरिक्त, CsFnl7.1 प्रवर्तक प्रदेशातील बहुरूपता संबंधित अभिव्यक्तीशी संबंधित असल्याचे आढळले.पुढील फायलोजेनेटिक विश्लेषणाने असे सुचवले आहे की Fnl7.1 लोकसची उत्पत्ती भारतातून होण्याची शक्यता आहे.
 काकडीच्या मानेच्या लांबीशी संबंधित उमेदवार क्षेत्र ओळखण्यासाठी BSA विश्लेषणामध्ये QTL-मॅपिंग |  काकडीच्या मान-लांबीच्या QTL चे LOD प्रोफाइल Chr07 वर ओळखले गेले |
Xu, X. , et al."मुख्य-प्रभाव परिमाणवाचक वैशिष्ट्य लोकस Fnl7.1 काकडीत फळांच्या मानेच्या लांबीशी संबंधित उशीरा भ्रूणजनित मुबलक प्रोटीन एन्कोड करते."प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल 18.7(2020).
