उत्पादने

पूर्ण-लांबीचे mRNA अनुक्रम -PacBio

डी नोव्होपूर्ण-लांबीचे ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रम, या नावाने देखील ओळखले जातेडी नोव्होIso-Seq वाचन लांबीमध्ये PacBio sequencer चे फायदे घेते, ज्यामुळे पूर्ण-लांबीच्या cDNA रेणूंचा कोणताही खंड न पडता अनुक्रम करणे शक्य होते.हे ट्रान्सक्रिप्ट असेंब्ली स्टेप्समध्ये व्युत्पन्न झालेल्या कोणत्याही त्रुटी पूर्णपणे टाळते आणि आयसोफॉर्म-लेव्हल रिझोल्यूशनसह युनिजीन सेट तयार करते.हा युनिजीन संच ट्रान्सक्रिप्टोम स्तरावर "संदर्भ जीनोम" म्हणून शक्तिशाली अनुवांशिक माहिती प्रदान करतो.याव्यतिरिक्त, पुढील पिढीच्या अनुक्रमांक डेटासह एकत्रित करून, ही सेवा isoform-स्तरीय अभिव्यक्तीचे अचूक प्रमाणीकरण करण्यास सक्षम करते.

प्लॅटफॉर्म: PacBio सिक्वेल II

लायब्ररी: SMRT बेल लायब्ररी

आमच्याशी संपर्क साधा

सेवा तपशील

डेमो परिणाम

केस स्टडी

सेवा फायदे

● पूर्ण-लांबीच्या cDNA रेणूचे 3'- शेवट ते 5'- शेवटपर्यंत थेट वाचन

● अनुक्रम संरचनेत आयएसओ-फॉर्म लेव्हल रिझोल्यूशन

● उच्च अचूकता आणि अखंडतेसह प्रतिलेख

● वैयर्स प्रजातींसाठी अत्यंत सुसंगत

● 4 PacBio सिक्वेल II सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्म सज्ज असलेली मोठी अनुक्रम क्षमता

● 700 पेक्षा जास्त Pacbio-आधारित RNA अनुक्रमण प्रकल्पांसह अत्यंत अनुभवी

● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: सानुकूलित डेटा-मायनिंग प्लॅटफॉर्मवर उपलब्ध आहे.

● प्रकल्प पूर्ण झाल्यानंतर 3 महिन्यांसाठी विक्री-पश्चात सेवा वैध

सेवा तपशील

प्लॅटफॉर्म: PacBio सिक्वेल II

सिक्वेन्सिंग लायब्ररी: पॉली ए- समृद्ध mRNA लायब्ररी

शिफारस केलेले डेटा उत्पन्न: 20 Gb/नमुना (प्रजातींवर अवलंबून)

FLNC（%）：≥75%

*FLNC: पूर्ण-लांबीची नॉन-चिमेरिक ट्रान्सिप्ट

बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण

● रॉ डेटा प्रोसेसिंग

● उतारा ओळख

● अनुक्रम रचना

● अभिव्यक्ती परिमाण

● कार्य भाष्य

नमुना आवश्यकता आणि वितरण

नमुना आवश्यकता:

न्यूक्लियोटाइड्स:

Conc.(ng/μl)

रक्कम (μg)

पवित्रता

सचोटी

≥ १२०

≥ ०.६

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही.

वनस्पतींसाठी: RIN≥7.5;

प्राण्यांसाठी: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही

ऊतक: वजन (कोरडे):≥1 ग्रॅम
*5 मिग्रॅ पेक्षा लहान टिश्यूसाठी, आम्ही फ्लॅश फ्रोझन (द्रव नायट्रोजनमध्ये) ऊतक नमुना पाठविण्याची शिफारस करतो.

सेल निलंबन:सेल संख्या = 3×10⁶- 1×10⁷
*आम्ही फ्रोझन सेल लाइसेट पाठवण्याची शिफारस करतो.त्या सेलची संख्या 5×10 पेक्षा लहान असल्यास⁵, द्रव नायट्रोजनमध्ये फ्लॅश गोठविण्याची शिफारस केली जाते, जे सूक्ष्म निष्कर्षणासाठी श्रेयस्कर आहे.

रक्ताचे नमुने:व्हॉल्यूम≥1 मिली

सूक्ष्मजीव:वस्तुमान ≥ 1 ग्रॅम

शिफारस केलेले नमुना वितरण

कंटेनर:
2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

शिपमेंट:

1. कोरडा बर्फ: नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
2. RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.

सेवा कार्य प्रवाह

प्रयोग डिझाइन

नमुना वितरण

आरएनए काढणे

ग्रंथालय बांधकाम

अनुक्रम

डेटा विश्लेषण

विक्रीनंतर सेवा

मागील: युकेरियोटिक एमआरएनए सिक्वेन्सिंग-इलुमिना

पुढे: पूर्ण-लांबीचे mRNA अनुक्रम-नॅनोपोर

1.FLNC लांबीचे वितरण

पूर्ण-लांबीच्या नॉन-चिमरिक रीडची लांबी (FLNC) लायब्ररीच्या बांधकामात cDNA ची लांबी दर्शवते.लायब्ररी बांधकामाच्या गुणवत्तेचे मूल्यांकन करण्यासाठी FLNC लांबीचे वितरण हे एक महत्त्वपूर्ण सूचक आहे.

mRNA-FLNC-वाचन-लांबी-वितरण

FLNC वाचन लांबी वितरण

2.ओआरएफ क्षेत्र लांबीचे वितरण पूर्ण करा

यूनिजीन सेट तयार करण्यासाठी आम्ही प्रोटीन कोडिंग क्षेत्रांचा अंदाज लावण्यासाठी ट्रान्सडेकोडरचा वापर करतो आणि त्यासंबंधित अमीनो ऍसिड अनुक्रमांचा वापर करतो, ज्यामध्ये सर्व नमुन्यांमध्ये संपूर्ण गैर-रिडंडंट ट्रान्सक्रिप्ट माहिती असते.

mRNA-पूर्ण-ORF-लांबी-वितरण

ORF प्रदेश लांबीचे वितरण पूर्ण करा

3.KEGG मार्ग संवर्धन विश्लेषण

PacBio सिक्वेन्सिंग डेटाद्वारे व्युत्पन्न केलेल्या पूर्ण-लांबीच्या ट्रान्सक्रिप्ट सेटवर NGS-आधारित RNA अनुक्रम डेटा संरेखित करून भिन्नपणे व्यक्त केलेले प्रतिलेख (DETs) ओळखले जाऊ शकतात.हे डीईटी पुढे विविध कार्यात्मक विश्लेषणासाठी प्रक्रिया करू शकतात, उदा. केईजीजी मार्ग संवर्धन विश्लेषण.

mRNA-DEG-KEGG-पाथवे-संवर्धन

DET KEGG मार्ग समृद्धी - डॉट प्लॉट

बीएमके केस

पॉप्युलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोमची विकासात्मक गतिशीलता

प्रकाशित: प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल, 2019

अनुक्रम धोरण:
नमुना संकलन:स्टेम क्षेत्रः नॅनलिन 895 वरून शिखर, प्रथम इंटरनोड (IN1), दुसरा इंटरनोड (IN2), तिसरा इंटरनोड (IN3), इंटरनोड (IN4) आणि इंटरनोड (IN5)
NGS-क्रम:15 व्यक्तींचे आरएनए एक जैविक नमुना म्हणून एकत्र केले गेले.एनजीएस अनुक्रमासाठी प्रत्येक बिंदूच्या तीन जैविक प्रतिकृतींवर प्रक्रिया केली गेली
TGS-क्रम:स्टेम प्रदेश तीन प्रदेशांमध्ये विभागले गेले होते, म्हणजे शिखर, IN1-IN3 आणि IN4-IN5.प्रत्येक क्षेत्रावर चार प्रकारच्या लायब्ररीसह PacBio अनुक्रमणिका प्रक्रिया केली गेली: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb आणि 3-10 kb.

मुख्य परिणाम

1.एकूण 87150 पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख ओळखले गेले, ज्यामध्ये, 2081 कादंबरी isoforms आणि 62058 कादंबरी पर्यायी spliced isoforms ओळखले गेले.
2.1187 lncRNA आणि 356 फ्यूजन जीन्स ओळखले गेले.
3.प्राथमिक वाढीपासून दुय्यम वाढीपर्यंत, 15838 विभेदकपणे व्यक्त केलेल्या 995 जनुकांमधून वेगळेपणे व्यक्त केलेले प्रतिलेख ओळखले गेले.सर्व डीईजीमध्ये, 1216 ट्रान्सक्रिप्शन घटक होते, त्यापैकी बहुतेक अद्याप नोंदवले गेले नाहीत.
4.GO संवर्धन विश्लेषणाने प्राथमिक आणि दुय्यम वाढीमध्ये पेशी विभाजन आणि ऑक्सिडेशन-कपात प्रक्रियेचे महत्त्व स्पष्ट केले.

पर्यायी स्प्लिसिंग इव्हेंट आणि भिन्न आयसोफॉर्म्स
प्रतिलेखन घटकांवर WGCNA विश्लेषण

संदर्भ

चाओ क्यू, गाओ झेडएफ, झांग डी, इत्यादी.पॉप्युलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोमची विकासात्मक गतिशीलता.प्लांट बायोटेक्नॉल जे. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958