-
क्रोमॅटिन इम्युनोप्रेसिपीटेशन सिक्वेन्सिंग (ChIP-seq)
ChIP-Seq हिस्टोन बदल, ट्रान्सक्रिप्शन घटक आणि इतर DNA-संबंधित प्रथिनांसाठी डीएनए लक्ष्यांचे जीनोम-व्यापी प्रोफाइलिंग प्रदान करते.हे विशिष्ट प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स पुनर्प्राप्त करण्यासाठी क्रोमॅटिन इम्युनो-पर्सिपिटेशन (ChIP) च्या निवडकतेला एकत्रित करते, पुनर्प्राप्त केलेल्या डीएनएच्या उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमासाठी नेक्स्ट-जनरेशन सिक्वेन्सिंग (NGS) च्या सामर्थ्यासह.याव्यतिरिक्त, प्रथिने-डीएनए कॉम्प्लेक्स जिवंत पेशींमधून पुनर्प्राप्त केल्यामुळे, बंधनकारक साइटची तुलना वेगवेगळ्या पेशी प्रकार आणि ऊतकांमध्ये किंवा भिन्न परिस्थितींमध्ये केली जाऊ शकते.ट्रान्सक्रिप्शनल रेग्युलेशनपासून ते डेव्हलपमेंटल पॅथवेज ते रोग यंत्रणा आणि त्यापलीकडे अनुप्रयोगांची श्रेणी असते.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq 6000
-
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रम
सायटोसिन (5-mC) मध्ये पाचव्या स्थानावर असलेल्या डीएनए मेथिलेशनचा जीन अभिव्यक्तीवर आणि सेल्युलर क्रियाकलापांवर मूलभूत प्रभाव आहे.असामान्य मेथिलेशन पॅटर्न कर्करोगासारख्या अनेक परिस्थिती आणि रोगांशी संबंधित आहेत.सिंगल बेस रिझोल्यूशनवर जीनोम-वाइड मेथिलेशनचा अभ्यास करण्यासाठी WGBS हे सुवर्ण मानक बनले आहे.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq6000
-
हाय थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग (ATAC-seq) सह ट्रान्सपोसेस-अॅक्सेसिबल क्रोमॅटिनसाठी परख
ATAC-seq ही जीनोम-व्यापी क्रोमॅटिन प्रवेशयोग्यतेच्या विश्लेषणासाठी उच्च-थ्रूपुट अनुक्रम पद्धत आहे, जी जनुक अभिव्यक्तीच्या जागतिक एपिजेनेटिक नियंत्रणासाठी महत्त्वाची आहे.हायपरएक्टिव्ह Tn5 ट्रान्सपोसेसद्वारे सिक्वेन्सिंग अडॅप्टर्स खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांमध्ये घातल्या जातात.पीसीआर प्रवर्धनानंतर, एक अनुक्रमिक लायब्ररी बांधली जाते.सर्व खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्र एका विशिष्ट स्पेस-टाइम स्थितीनुसार मिळू शकतात, केवळ ट्रान्सक्रिप्शन घटकाच्या बंधनकारक साइट्स किंवा विशिष्ट हिस्टोन सुधारित प्रदेशापुरते मर्यादित नाही.
-
रिड्युस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS)
डीएनए मेथिलेशन संशोधन हा रोग संशोधनात नेहमीच चर्चेचा विषय राहिला आहे आणि जीन अभिव्यक्ती आणि फिनो-टाइपिक वैशिष्ट्यांशी जवळून संबंधित आहे.RRBS ही DNA मेथिलेशन संशोधनासाठी अचूक, कार्यक्षम आणि किफायतशीर पद्धत आहे.प्रवर्तक आणि CpG बेट प्रदेशांचे एन्झाईमॅटिक क्लीवेज (Msp I) द्वारे समृद्धीकरण, Bisulfite अनुक्रमासह, उच्च रिझोल्यूशन DNA मेथिलेशन शोध प्रदान करते.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq 6000
