Øसूक्ष्मजीव समुदाय प्रोफाइलिंगसाठी अलगाव आणि लागवड-मुक्त
Øपर्यावरणीय नमुन्यांमध्ये कमी-विपुल प्रजाती शोधण्यात उच्च रिझोल्यूशन
Ø"मेटा-" ची कल्पना कार्यात्मक स्तर, प्रजाती पातळी आणि जनुक स्तरावर सर्व जैविक वैशिष्ट्ये एकत्रित करते, जे वास्तविकतेच्या जवळ असलेले गतिशील दृश्य प्रतिबिंबित करते.
ØBMK ने 10,000 हून अधिक नमुन्यांची प्रक्रिया करून विविध प्रकारच्या नमुन्यांमध्ये मोठा अनुभव जमा केला आहे.
अनुक्रमप्लॅटफॉर्म | लायब्ररी | शिफारस केलेले डेटा उत्पन्न | अंदाजे टर्न-अराउंड वेळ |
Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K टॅग | 30 दिवस |
üकच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
üमेटाजेनोम असेंब्ली
üनॉन-रिडंडंट जीन सेट आणि भाष्य
üप्रजाती विविधता विश्लेषण
üअनुवांशिक कार्य विविधता विश्लेषण
üआंतर-समूह विश्लेषण
üप्रायोगिक घटकांविरुद्ध असोसिएशन विश्लेषण
च्या साठीडीएनए अर्क:
नमुना प्रकार | रक्कम | एकाग्रता | पवित्रता |
डीएनए अर्क | > 30 एनजी | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमुन्यांसाठी:
नमुना प्रकार | शिफारस केलेली नमुना प्रक्रिया |
माती | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;उरलेला वाळलेला पदार्थ पृष्ठभागावरून काढून टाकणे आवश्यक आहे;मोठे तुकडे बारीक करा आणि 2 मिमी फिल्टरमधून जा;आरक्षणासाठी निर्जंतुकीकरण EP-ट्यूब किंवा सायरोट्यूबमध्ये अलिकट नमुने. |
विष्ठा | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुकीकरण EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अॅलिकोट नमुने गोळा करा. |
आतड्यांसंबंधी सामग्री | अॅसेप्टिक स्थितीत नमुन्यांची प्रक्रिया करणे आवश्यक आहे.पीबीएससह गोळा केलेले ऊतक धुवा;PBS सेंट्रीफ्यूज करा आणि EP-ट्यूबमध्ये प्रक्षेपक गोळा करा. |
गाळ | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अलिकट गाळ नमुना गोळा करा |
पाणवठा | नळाचे पाणी, विहिरीचे पाणी इत्यादीसारख्या मर्यादित प्रमाणात सूक्ष्मजीव असलेल्या नमुन्यासाठी, कमीतकमी 1 लिटर पाणी गोळा करा आणि पडद्यावरील सूक्ष्मजीव समृद्ध करण्यासाठी 0.22 μm फिल्टरमधून जा.पडदा निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये साठवा. |
त्वचा | निर्जंतुकीकरण कापूस पुसून किंवा सर्जिकल ब्लेडने त्वचेची पृष्ठभाग काळजीपूर्वक खरवडून घ्या आणि ती निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये ठेवा. |
नमुने द्रव नायट्रोजनमध्ये 3-4 तासांसाठी गोठवा आणि द्रव नायट्रोजनमध्ये किंवा -80 अंश ते दीर्घकालीन आरक्षणामध्ये ठेवा.कोरड्या बर्फासह नमुना शिपिंग आवश्यक आहे.
1.हिस्टोग्राम: प्रजाती वितरण
2. केईजीजी चयापचय मार्गांवर भाष्य केलेले कार्यात्मक जीन्स
3.उष्णता नकाशा: सापेक्ष जनुक विपुलतेवर आधारित भिन्न कार्ये4. CARD प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांचे सर्कोस
बीएमके केस
माती-खारफुटीच्या मुळाशी प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांचा आणि जीवाणूजन्य रोगजनकांचा प्रसार
प्रकाशित:जर्नल ऑफ हॅझर्डस मटेरियल, 2021
अनुक्रम धोरण:
साहित्य: खारफुटीच्या मुळाशी संबंधित नमुन्यांच्या चार तुकड्यांचे डीएनए अर्क: न लावलेली माती, रायझोस्फियर, एपिस्फियर आणि एंडोस्फियर कंपार्टमेंट
प्लॅटफॉर्म: Illumina HiSeq 2500
लक्ष्य: मेटाजेनोम
16S rRNA जनुक V3-V4 प्रदेश
मुख्य परिणाम
मातीपासून वनस्पतींमध्ये प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांच्या (ARGs) प्रसाराचा अभ्यास करण्यासाठी खारफुटीच्या रोपांच्या माती-मूळ सातत्यावरील मेटाजेनोमिक अनुक्रम आणि मेटाबारकोडिंग प्रोफाइलिंगची प्रक्रिया केली गेली.मेटाजेनोमिक डेटावरून असे दिसून आले की 91.4% प्रतिजैविक प्रतिरोधक जीन्स सामान्यतः वर नमूद केलेल्या चारही मातीच्या कप्प्यांमध्ये ओळखल्या गेल्या, ज्याने एक सतत फॅशन दर्शविला.16S rRNA amplicon अनुक्रमाने 29,285 अनुक्रम व्युत्पन्न केले, जे 346 प्रजातींचे प्रतिनिधित्व करतात.अॅम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंगद्वारे प्रजाती प्रोफाइलिंगसह एकत्रित केल्याने, हा प्रसार रूट-संबंधित मायक्रोबायोटापासून स्वतंत्र असल्याचे आढळले, तथापि, अनुवांशिक घटकांच्या मोबाइलद्वारे ते सुलभ केले जाऊ शकते.या अभ्यासाने जमिनीतून जमिनीतून वनस्पतींमध्ये ARGs आणि रोगजनकांचा प्रवाह एकमेकांशी जोडलेल्या माती-मूळ सातत्य द्वारे ओळखला गेला.
संदर्भ
वांग, सी. , हु, आर. , स्ट्राँग, पीजे , झुआंग, डब्ल्यू. , आणि शू, एल. .(२०२०).मातीच्या बाजूने प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांचा आणि जिवाणू रोगजनकांचा प्रसार – खारफुटीच्या मुळांच्या सातत्य.घातक सामग्रीचे जर्नल, 408, १२४९८५.