BMKCloud Log in
条形 बॅनर-03

बातम्या

ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स

निसर्ग
कम्युनिकेशन्स

क्रॉनिक लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामधील SF3B1 उत्परिवर्तनाचे पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेखन वैशिष्ट्य राखून ठेवलेल्या इंट्रोन्सचे प्रमाण कमी करते

पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख|नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग |पर्यायी आयसोफॉर्म विश्लेषण

पार्श्वभूमी

Sस्प्लिसिंग फॅक्टर SF3B1 मधील ओमॅटिक उत्परिवर्तन विविध कर्करोगांशी संबंधित असल्याचे मोठ्या प्रमाणावर नोंदवले गेले आहे, ज्यात क्रोनिक लिम्फोसाइटिक ल्युकेमिया(सीएलएल), यूव्हल मेलेनोमा, स्तनाचा कर्करोग इ. याशिवाय, अल्प-वाचनीय ट्रान्सक्रिप्टोमिक अभ्यासांनी SF3B1 mutations द्वारे प्रेरित विभक्त स्प्लिसिंग नमुने उघड केले आहेत.तथापि, या पर्यायी स्प्लिसिंग नमुन्यांवरील अभ्यास फार पूर्वीपासून इव्हेंट-लेव्हलपर्यंत मर्यादित आहेत आणि लहान-वाचलेल्या एकत्रित प्रतिलेखांच्या मर्यादेमुळे आयसोफॉर्म-स्तरावरील ज्ञानाच्या अभावामुळे.येथे, नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्म पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख तयार करण्यासाठी सादर केले गेले, ज्याने AS isoforms वर इन्व्हर्स्टिगेशन सक्षम केले.

प्रायोगिक आरेखन

प्रयोग

गटबद्ध करणे:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-पेशी
अनुक्रम धोरण:MinION 2D लायब्ररी सिक्वेन्सिंग, PromethION 1D लायब्ररी सिक्वेन्सिंग;समान नमुन्यांवरील शॉर्ट-रीड डेटा
अनुक्रम प्लॅटफॉर्म:ओएनटी मिनियन;ओएनटी प्रोमेथिऑन;

बायोइन्फॉरमॅटिक विश्लेषण

आकृती क्रं 1

परिणाम

एकूण 257 दशलक्ष रीड्स 6 CLL नमुने आणि 3 बी-सेल्समधून निर्माण झाले.यापैकी सरासरी 30.5% वाचन पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख म्हणून ओळखले गेले.

FRNA(FLAIR) चे पूर्ण-लांबीचे पर्यायी आयसोफॉर्म विश्लेषण उच्च-आत्मविश्वास आयसोफॉर्म्सचा संच तयार करण्यासाठी विकसित केले गेले.FLAIR खालीलप्रमाणे सारांशित केले जाऊ शकते:

Nanopore संरेखन वाचतो: संदर्भ जीनोमवर आधारित सामान्य उतारा संरचना ओळखा;

Sप्लेस जंक्शन सुधारणा: एकतर भाष्य केलेल्या इंट्रोन्स, शॉर्ट-रीड डेटा किंवा दोन्हीमधून स्प्लाईस साइटसह अनुक्रम त्रुटी (लाल) दुरुस्त करा;

Cओलॅप्स: स्प्लिस जंक्शन चेन (प्रथम-पास सेट) वर आधारित प्रातिनिधिक आयसोफॉर्म्सचा सारांश द्या.सहाय्यक वाचनांच्या संख्येवर आधारित उच्च-आत्मविश्वास isofrom निवडा(थ्रेशोल्ड: 3).

FIG2

आकृती 1. CLL मध्ये SF3B1 उत्परिवर्तनाशी संबंधित पूर्ण-लेन्थ आयसोफॉर्म्स ओळखण्यासाठी FLAIR विश्लेषण

FLAIR ने 326,699 उच्च-आत्मविश्वासाचे कापलेले आयसोफॉर्म ओळखले, त्यापैकी 90% नवीन आयसोफॉर्म आहेत.यापैकी बहुतेक अननोटेटेड आयसोफॉर्म्स ज्ञात स्प्लाईस जंक्शन्स (142,971) चे नवीन संयोजन असल्याचे आढळले, तर उर्वरित कादंबरी आयसोफॉर्म्समध्ये एकतर राखून ठेवलेले इंट्रोन (21,700) किंवा कादंबरी एक्सॉन (3594) आहेत.

Lओन्ग-रीड सीक्वेन्स म्युटंट SF3B1-K700E - बदललेल्या स्प्लाईस साइट्सची आयसोफॉर्म-स्तरावर ओळख करण्यास सक्षम करते.35 पर्यायी 3'SSs आणि 10 पर्यायी 5'SSs SF3B1-K700E आणि SF3B1-WT मध्ये लक्षणीयरीत्या विभक्त केलेले आढळले.35 पैकी 33 फेरफार दीर्घ-वाचलेल्या अनुक्रमांद्वारे नव्याने शोधण्यात आले.नॅनोपोर डेटामध्ये, SF3B1-K700E-बदललेल्या 3'SSs ते कॅनॉनिकल साइट्सच्या शिखरांमधील अंतराचे वितरण सुमारे -20 bp आहे, जे CLL शॉर्ट-रीड सीक्वेन्समध्ये नोंदवल्याप्रमाणे, नियंत्रण वितरणापेक्षा लक्षणीय भिन्न आहे.ERGIC3 जनुकाच्या आयसोफॉर्मचे विश्लेषण केले गेले, जेथे SF3B1-K700E मध्ये प्रॉक्सिमल स्प्लिस साइट असलेले नवीन आयसोफॉर्म अधिक प्रमाणात आढळले.प्रॉक्सिमल आणि डिस्टल 3'SS दोन्ही वेगवेगळ्या AS पॅटर्नशी संबंधित होते जे एकाधिक आयसोफॉर्म्स तयार करतात.

अंजीर 3
FIG4

आकृती 2. नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग डेटासह ओळखले जाणारे पर्यायी 3′ स्प्लिसिंग पॅटर्न

आयआर आयडेंटिफिकेशन आणि क्वांटिफिकेशनमधील आत्मविश्वासामुळे आयआर इव्हेंट वापर विश्लेषण शॉर्ट-रीड आधारित विश्लेषणामध्ये मर्यादित आहे.SF3B1-K700E आणि SF3B1-WT मधील IR isoforms च्या अभिव्यक्तीचे प्रमाण नॅनोपोर अनुक्रमांवर आधारित होते, SF3B1-K700E मधील IR isoforms चे जागतिक डाउन-रेग्युलेशन प्रकट करते.

आकृती 4. तीन शेती प्रणालींमध्ये (A आणि B) कृषी तीव्रता आणि नेटवर्क कनेक्टिव्हिटी;यादृच्छिक वन विश्लेषण (C) आणि कृषी तीव्रता आणि AMF वसाहतीकरण (D) यांच्यातील संबंध

अंजीर5

आकृती 3. CLL SF3B1-K700E मध्‍ये इंट्रोन रेंटेंशन इव्‍हेंट अधिक जोरदारपणे कमी केले जातात

तंत्रज्ञान

नॅनोपोर लाँग-रीड सिक्वेन्सिंग

Nएनोपोर सिक्वेन्सिंग हे एकल रेणू रिअल-टाइम इलेक्ट्रिकल सिग्नल सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञान आहे.
Dओबल-स्ट्रँडेड डीएनए किंवा आरएनए बायोफिल्ममध्ये एम्बेड केलेल्या नॅनोपोरस प्रोटीनला बांधील आणि मोटर प्रोटीनच्या नेतृत्वाखाली अनवाइंड होईल.
DNA/RNA स्ट्रॅंड नॅनोपोर चॅनेल प्रोटीनमधून ठराविक दराने व्होल्टेज फरकाच्या क्रियेखाली जातात.
Mरासायनिक संरचनेनुसार ऑलेक्यूल्स वेगवेगळे विद्युत सिग्नल तयार करतात.
Rबेस कॉलिंगद्वारे अनुक्रमांचे ई-टाइम डिटेक्शन प्राप्त केले जाते.

अंजीर 6

पूर्ण-लांबीच्या ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमाचे कार्यप्रदर्शन

√ डेटा संपृक्तता

अंजीर7

तुलनात्मक डेटा संपृक्ततेपर्यंत पोहोचण्यासाठी 7 पट कमी वाचन आवश्यक आहे.

√ उतारा संरचना ओळख

अंजीर 8

प्रत्येक उतारा पूर्ण-लांबीच्या रीडआउटसह विविध संरचनात्मक रूपांची ओळख

√ प्रतिलेख-स्तरीय विभेदक विश्लेषण - शॉर्ट-रीडद्वारे लपवलेले बदल प्रकट करा

अंजीर ९

संदर्भ

तांग एडी, सॉलेट सीएम, बेरेन एमजेव्ही, इ.क्रॉनिक लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामध्ये SF3B1 उत्परिवर्तनाचे पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेखन वैशिष्ट्य राखून ठेवलेल्या इंट्रोन्सचे डाउनरेग्युलेशन प्रकट करते[J].निसर्ग संप्रेषण.

टेक आणि हायलाइट्स विविध संशोधन क्षेत्रात विविध उच्च-थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञानाचा सर्वात अलीकडील यशस्वी अनुप्रयोग तसेच प्रायोगिक डिझाइन आणि डेटा मायनिंगमधील चमकदार कल्पना सामायिक करणे हे उद्दिष्ट आहे.


पोस्ट वेळ: जानेवारी-08-2022

तुमचा संदेश आम्हाला पाठवा: