विशिष्ट-स्थान प्रवर्धित खंड अनुक्रमण (SLAF-Seq)
कार्यप्रवाह
लायब्ररीच्या तयारीमध्ये इष्टतम एन्झाइम निवडीची हमी देण्यासाठी, या सेवेमध्ये काही इन सिलिको पूर्व-डिझाइन केलेले आहे.
तांत्रिक योजना
सेवा वैशिष्ट्ये
● PE150 वापरून NovaSeq वर सिक्वेन्सिंग करणे.
● डबल बारकोडिंगसह लायब्ररीची तयारी, ज्यामुळे 1000 पेक्षा जास्त नमुन्यांचे एकत्रीकरण शक्य होते.
● संदर्भ जीनोमपासून स्वतंत्र:
संदर्भ जीनोमसह: SNP आणि InDel चा शोध
संदर्भ जीनोमशिवाय: नमुना क्लस्टरिंग आणि SNP शोध
● मध्येइन-सिलिकोपूर्व-डिझाइन टप्प्यावर, जीनोमवर SLAF टॅगचे एकसमान वितरण निर्माण करणारे संयोग शोधण्यासाठी अनेक रिस्ट्रिक्शन एन्झाइम संयोगांची चाचणी केली जाते.
● पूर्व-प्रयोगादरम्यान, 9 SLAF लायब्ररी तयार करण्यासाठी 3 नमुन्यांमध्ये तीन एन्झाइम संयोजनांची चाचणी केली जाते आणि या माहितीचा उपयोग प्रकल्पासाठी सर्वोत्तम रेस्ट्रिक्शन एन्झाइम संयोजन निवडण्यासाठी केला जातो.
सेवेचे फायदे
●उच्च आनुवंशिक मार्कर शोधआम्ही एक हाय-थ्रूपुट डबल बारकोड प्रणाली समाकलित करतो, जी मोठ्या लोकसंख्येचे एकाच वेळी सिक्वेन्सिंग करण्यास अनुमती देते, आणि लोकस-विशिष्ट ॲम्प्लिफिकेशनमुळे कार्यक्षमता वाढवते, ज्यामुळे टॅगची संख्या विविध संशोधन प्रश्नांच्या विविध आवश्यकता पूर्ण करते याची खात्री होते.
● जीनोमवर कमी अवलंबित्वहे संदर्भ जीनोम असलेल्या किंवा नसलेल्या प्रजातींना लागू केले जाऊ शकते.
●लवचिक योजना डिझाइनवेगवेगळी संशोधन उद्दिष्ट्ये किंवा प्रजातींनुसार एकल-एन्झाइम, दुहेरी-एन्झाइम, बहु-एन्झाइम पचन आणि विविध प्रकारचे एन्झाइम्स या सर्वांची निवड करता येते.
● एन्झायमेटिक पचनामध्ये उच्च कार्यक्षमताएकाच्या वहनइन-सिलिकोपूर्व-डिझाइन आणि पूर्व-प्रयोगामुळे क्रोमोसोमवर SLAF टॅगचे समान वितरण (1 SLAF टॅग/4Kb) आणि कमी पुनरावृत्ती अनुक्रम (<5%) यासह इष्टतम डिझाइनची खात्री मिळते.
●विस्तृत कौशल्यवनस्पती, सस्तन प्राणी, पक्षी, कीटक आणि जलचर जीवांसह शेकडो प्रजातींवरील ५००० हून अधिक SLAF-Seq प्रकल्प यशस्वीरित्या पूर्ण केल्याचा आमचा समृद्ध अनुभव आहे, आणि आम्ही प्रत्येक प्रकल्पात तो अनुभव घेऊन येतो.
● स्व-विकसित बायोइन्फॉर्मेटिक्स कार्यप्रवाहअंतिम आउटपुटची विश्वसनीयता आणि अचूकता सुनिश्चित करण्यासाठी आम्ही SLAF-Seq साठी एक एकात्मिक बायोइन्फॉर्मेटिक्स वर्कफ्लो विकसित केला.
सेवा तपशील
| विश्लेषणाचा प्रकार | शिफारस केलेले लोकसंख्या प्रमाण | क्रमवारी धोरण | |
| टॅग सिक्वेन्सिंगची खोली | टॅग क्रमांक | ||
| आनुवंशिक नकाशे | २ पालक आणि १५० पेक्षा जास्त संतती | पालक: २०x डब्ल्यूजीएस संतती: १०x | जीनोमचा आकार: <४०० एमबी: डब्ल्यूजीएसची शिफारस केली जाते <१Gb: १ लाख टॅग १-२ जीबी:: २०० हजार टॅग २ जीबी: ३ लाख टॅग कमाल ५ लाख टॅग |
| जीनोम-व्यापी असोसिएशन अभ्यास (GWAS) | ≥२०० नमुने | १०x | |
| आनुवंशिक उत्क्रांती | ≥३० नमुने, प्रत्येक उपगटातून १० पेक्षा जास्त नमुने | १०x | |
सेवा आवश्यकता
सांद्रता ≥ ५ नॅनोग्रॅम/मायक्रोलिटर
एकूण रक्कम ≥ ८० नॅनोग्रॅम
नॅनोड्रॉप ओडी२६०/२८०=१.६-२.५
अॅगारोज जेल: विघटन होत नाही किंवा मर्यादित प्रमाणात होते
शिफारस केलेले नमुना वितरण
पात्र: २ मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब
(बहुतांश नमुने इथेनॉलमध्ये जतन न करण्याची आम्ही शिफारस करतो)
नमुना लेबलिंग: नमुन्यांवर स्पष्टपणे लेबल लावलेले असणे आवश्यक आहे आणि ते सादर केलेल्या नमुना माहिती फॉर्मशी जुळणारे असावेत.
पाठवणी: ड्राय-आइस: नमुने प्रथम पिशव्यांमध्ये पॅक करून ड्राय-आइसमध्ये पुरणे आवश्यक आहे.
सेवा कार्यप्रवाह
नमुना गुणवत्ता नियंत्रण
प्रायोगिक
SLAF-प्रयोग
ग्रंथालय तयारी
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतरच्या सेवा
आमच्या जैवमाहितीशास्त्रीय विश्लेषणात खालील बाबींचा समावेश आहे:
N-rich रीड्स, अॅडॉप्टर रीड्स किंवा कमी दर्जाचे रीड्स काढून टाकण्यासाठी डेटा QC आणि डेटा ट्रिमिंग.
बेस वितरण, सिक्वेन्सची गुणवत्ता आणि डेटाचे मूल्यांकन तपासण्यासाठी, तसेच डायजेशनची कार्यक्षमता आणि मिळालेले इन्सर्ट्स तपासण्यासाठी क्लीन रीड्सचे दुसरे गुणवत्ता नियंत्रण केले जाते.
एकदा वाचन तपासले की, दोन पर्याय उपलब्ध आहेत:
- संदर्भ जीनोमशी मॅपिंग करणे
- संदर्भ जीनोमशिवाय: क्लस्टरिंग
त्यानंतर, मार्कर शोधण्यात मदत करण्यासाठी SLAF टॅगच्या विश्लेषणाचा उपयोग काही व्हेरिएंट कॉलिंग करण्यासाठी केला जातो: SNP, InDel, SNV, CV कॉलिंग आणि ॲनोटेशन.
गुणसूत्रांवरील SLAF टॅगचे वितरण:
गुणसूत्रांवरील SNPs चे वितरण:
SNP एनोटेशन
जियांग एस, ली एस, लुओ जे, वांग एक्स आणि शी सी (२०२३) फळांच्या पक्वतेदरम्यान साखरेच्या प्रमाणाचे क्यूटीएल मॅपिंग आणि ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणपायरस पायरीफोलिया...फ्रंट. प्लांट सायन्स.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ली, जे., झांग, वाय., मा, आर., हुआंग, डब्ल्यू., होउ, जे., फांग, सी., आणि सन, एल. (२०२२). st1 च्या ओळखीतून सोयाबीनच्या पाळीवकरणादरम्यान बियाण्यांच्या आकारविज्ञानाचे आणि तेलाच्या प्रमाणाचे हिचहायकिंग समाविष्ट असलेली निवड प्रक्रिया उघड होते.वनस्पती जैवतंत्रज्ञान जर्नल, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
झू, पी., झांग, एक्स., वांग, एक्स.इतर.सामान्य कार्प माशाचा जीनोम अनुक्रम आणि अनुवांशिक विविधता.सायप्रिनस कार्पियो...नॅट जेनेट 46, १२१२–१२१९ (२०१४). https://doi.org/10.1038/ng.3098
झुआंग, डब्ल्यू., चेन, एच., यांग, एम.इतर.लागवड केलेल्या भुईमुगाचे जीनोम हे कडधान्यांचे कॅरिओटाइप, पॉलीप्लॉइड उत्क्रांती आणि पिकांचे पाळीवकरण यांबद्दल अंतर्दृष्टी प्रदान करते.नॅट जेनेट 51, ८६५–८७६ (२०१९). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अर्ज |
| २०२२ | निसर्ग संवाद | १७.६९४ | वृक्ष पियोनीच्या गिगा-क्रोमोसोम्स आणि गिगा-जीनोमचा जीनोमिक आधार पायोनिया ऑस्टी | SLAF-GWAS |
| २०१५ | नवीन वनस्पतीशास्त्रज्ञ | ७.४३३ | पाळीव करण्याच्या प्रक्रियेचे ठसे कृषीदृष्ट्या महत्त्वाच्या जनुकीय प्रदेशांना आधार देतात. सोयाबीन | SLAF-GWAS |
| २०२२ | जर्नल ऑफ ॲडव्हान्स्ड रिसर्च | १२.८२२ | Gossypium barbadense चे G. hirsutum मध्ये जीनोम-व्यापी कृत्रिम अंतर्ग्रहण कापसाच्या धाग्याची गुणवत्ता आणि उत्पादन या दोन्हींमध्ये एकाच वेळी सुधारणा करण्यासाठी श्रेष्ठ जनुकीय स्थाने उघड करणे वैशिष्ट्ये | एसएलएएफ-उत्क्रांती अनुवंशशास्त्र |
| २०१९ | आण्विक वनस्पती | १०.८१ | पॉप्युलेशन जीनोमिक विश्लेषण आणि डी नोवो असेंब्लीमुळे तणांच्या उगमाचा उलगडा होतो उत्क्रांतीचा खेळ म्हणून भात | एसएलएएफ-उत्क्रांती अनुवंशशास्त्र |
| २०१९ | नेचर जेनेटिक्स | ३१.६१६ | सामान्य कार्प (सायप्रिनस कार्पियो) माशाचा जीनोम अनुक्रम आणि अनुवांशिक विविधता | SLAF-लिंकेज नकाशा |
| २०१४ | नेचर जेनेटिक्स | २५.४५५ | लागवड केलेल्या भुईमुगाचे जीनोम कडधान्यांचे कॅरिओटाइप आणि पॉलीप्लॉइड यांबद्दल अंतर्दृष्टी प्रदान करते. उत्क्रांती आणि पिकांचे पाळीवकरण. | SLAF-लिंकेज नकाशा |
| २०२२ | वनस्पती जैवतंत्रज्ञान जर्नल | ९.८०३ | ST1 च्या ओळखीवरून असे दिसून येते की, ही निवड बियांच्या आकारविज्ञानाच्या आधारे झाली आहे. आणि सोयाबीनच्या घरगुतीकरणादरम्यान तेलाचे प्रमाण | SLAF-मार्कर विकास |
| २०२२ | आंतरराष्ट्रीय जर्नल ऑफ मॉलिक्युलर सायन्सेस | ६.२०८ | गहू-लेमस मोलिस 2Ns (2D) साठी ओळख आणि डीएनए मार्कर विकास डायसोमिक गुणसूत्र प्रतिस्थापन | SLAF-मार्कर विकास |
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अर्ज |
| २०२३ | वनस्पती विज्ञानातील प्रगती | ६.७३५ | पायरस पायरीफोलियाच्या फळांच्या पक्वतेदरम्यान साखरेच्या प्रमाणाचे क्यूटीएल मॅपिंग आणि ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण | आनुवंशिक नकाशा |
| २०२२ | वनस्पती जैवतंत्रज्ञान जर्नल | ८.१५४ | ST1 च्या ओळखीवरून असे दिसून येते की सोयाबीनच्या पाळीवकरणादरम्यान बियाण्यांचे स्वरूप आणि तेलाचे प्रमाण यांच्या प्रभावातून निवड झाली.
| एसएनपी कॉलिंग |
| २०२२ | वनस्पती विज्ञानातील प्रगती | ६.६२३ | दुष्काळग्रस्त वातावरणातील कवचविरहित बार्ली फिनोटाइपचे जीनोम-व्यापी असोसिएशन मॅपिंग.
| GWAS |
