10x Genomics Visium Transkriptom Spatial
Skim Teknikal
Ciri-ciri
● Resolusi: 100 µM
● Diameter Bintik: 55 µM
● Bilangan tempat: 4992
● Kawasan tangkapan: 6.5 x 6.5 mm
● Setiap tempat berkod kod dimuatkan dengan primer yang terdiri daripada 4 bahagian:
- ekor poli(dT) untuk penyediaan mRNA dan sintesis cDNA
- Pengecam Molekul Unik (UMI) untuk membetulkan bias amplifikasi
- Kod bar ruang
- Urutan pengikatan primer penjujukan bacaan separa 1
● Pewarnaan H&E pada bahagian-bahagian
Kelebihan
●Perkhidmatan Sehenti: mengintegrasikan semua langkah berasaskan pengalaman dan kemahiran, termasuk pemotongan krio, pewarnaan, pengoptimuman tisu, pengekodan bar ruang, penyediaan perpustakaan, penjujukan dan bioinformatik.
● Pasukan Teknikal yang berkemahiran tinggi: dengan pengalaman dalam lebih 250 jenis tisu dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan dan tumbuhan.
●Kemas Kini Masa Nyata untuk Keseluruhan Projek: dengan kawalan penuh terhadap kemajuan eksperimen.
●Bioinformatik Piawaian Komprehensif:Pakej ini merangkumi 29 analisis dan lebih 100 angka berkualiti tinggi.
●Analisis dan Visualisasi Data Tersuai: tersedia untuk permintaan penyelidikan yang berbeza.
●Analisis Gabungan Pilihan dengan Penjujukan mRNA sel tunggal
Spesifikasi
| Keperluan Sampel | Perpustakaan | Strategi penjujukan | Data yang disyorkan | Kawalan Kualiti |
| Sampel krio terbenam OCT (Diameter optimum: lebih kurang 6x6x6 mm³) 2 blok setiap sampel | Pustaka cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50 ribu bacaan PE setiap tempat (60Gb) | RIN > 7 |
Untuk maklumat lanjut tentang panduan penyediaan sampel dan aliran kerja perkhidmatan, sila hubungiPakar BMKGENE
Aliran Kerja Perkhidmatan
Dalam fasa penyediaan sampel, percubaan pengekstrakan RNA pukal awal dijalankan untuk memastikan RNA berkualiti tinggi dapat diperoleh. Dalam peringkat pengoptimuman tisu, bahagian-bahagian tersebut diwarnakan dan divisualisasikan dan keadaan permeabilisasi untuk pembebasan mRNA daripada tisu dioptimumkan. Protokol yang dioptimumkan kemudiannya digunakan semasa pembinaan perpustakaan, diikuti dengan penjujukan dan analisis data.
Aliran kerja perkhidmatan yang lengkap melibatkan kemas kini masa nyata dan pengesahan pelanggan untuk mengekalkan gelung maklum balas yang responsif, bagi memastikan pelaksanaan projek yang lancar.
Merangkumi analisis berikut:
Kawalan Kualiti Data:
o Output data dan pengagihan skor kualiti
o Pengesanan gen setiap titik
o Liputan tisu
Analisis sampel dalaman:
o Kekayaan gen
o Pengelompokan titik, termasuk analisis dimensi yang dikurangkan
o Analisis ekspresi pembezaan antara kelompok: pengenalpastian gen penanda
o Anotasi fungsian dan pengayaan gen penanda
Analisis Antara Kumpulan
o Penggabungan semula bintik-bintik daripada kedua-dua sampel (cth. berpenyakit dan kawalan) dan kelompok semula
o Pengenalpastian gen penanda untuk setiap kelompok
o Anotasi fungsian dan pengayaan gen penanda
o Ungkapan Pembezaan bagi kelompok yang sama antara kumpulan
Analisis sampel dalaman
Pengelompokan titik
Pengenalpastian gen penanda dan taburan ruang
Analisis Antara Kumpulan
Gabungan data daripada kedua-dua kumpulan dan kluster semula
Gen penanda bagi kelompok baharu
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan transkriptomik ruang BMKGene oleh 10X Visium Dalam penerbitan pilihan ini:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, homolog Drosophila yang berpotensi bagi GPCR lekatan mamalia, terlibat dalam tindak balas antitumor terhadap sel onkogenik yang disuntik dalam lalat',Prosiding Akademi Sains Kebangsaan Amerika Syarikat, 120(30), hlm. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL membolehkan penentuan resolusi tinggi bagi data transkriptomik spatiotemporal',Taklimat dalam Bioinformatik, 24(2), hlm. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. dkk. (2022) 'Atlas spatiotemporal organogenesis dalam perkembangan bunga orkid',Penyelidikan Asid Nukleik, 50(17), ms 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Mengintegrasikan Transkriptomik Ruang dan Penjujukan RNA nukleus tunggal Mendedahkan Strategi Terapeutik Berpotensi untuk Leiomioma Uteri',Jurnal Antarabangsa Sains Biologi, 19(8), ms 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
