BMKCloud Log in
条形banner-03

Produk

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Penjujukan amplikon 16S/18S/ITS bertujuan untuk mendedahkan kelimpahan filogeni, taksonomi dan spesies dalam komuniti mikrob dengan menyiasat produk PCR penanda genetik pengemasan yang mengandungi bahagian yang sangat bertutur dan hipervariable.Pengenalan cap jari molekul sempurna ini oleh Woeses et al, (1977) memperkasakan pemprofilan mikrobiom bebas pengasingan.Penjujukan 16S (bakteria), 18S (kulat) dan spacer transkripsi Dalaman (ITS, kulat) membolehkan pengecaman kedua-dua spesies yang banyak serta spesies yang jarang dan tidak dikenal pasti.Teknologi ini telah menjadi alat yang digunakan secara meluas dan utama dalam mengenal pasti komposisi mikrob yang berbeza dalam pelbagai persekitaran, seperti mulut manusia, usus, najis, dll.

Platform:Platform Illumina NovaSeq


Butiran Perkhidmatan

Keputusan Demo

Kajian kes

Kelebihan Perkhidmatan

● Pengecaman komposisi mikrob tanpa pengasingan dan pantas dalam sampel persekitaran

● Resolusi tinggi dalam komponen rendah yang banyak dalam sampel persekitaran

● Aliran analisis QIIME2 terkini dengan analisis yang pelbagai dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.

● Kapasiti tinggi, ketepatan yang lebih tinggi

● Berkenaan dengan kajian komuniti mikrob yang pelbagai

● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih 100,000 sampel/tahun,meliputi tanah, air, gas, enap cemar, najis, usus, kulit, sup penapaian, serangga, tumbuhan, dsb.

● BMKCloud memudahkan tafsiran data yang mengandungi 45 alat analisis yang diperibadikan

Spesifikasi Perkhidmatan

SequencingPlatform

Perpustakaan

Hasil data yang disyorkan

Anggaran masa pusing balik

Platform Illumina NovaSeq

PE250

Teg 50K/100K/300K

30 hari

Analisis bioinformatik

● Kawalan kualiti data mentah

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● anotasi OTU

● Kepelbagaian alfa

● Kepelbagaian beta

● Analisis antara kumpulan

● Analisis persatuan terhadap faktor eksperimen

● Ramalan gen fungsi

16S

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Keperluan Sampel:

Untukekstrak DNA:

Jenis Sampel

Jumlah

penumpuan

Kesucian

ekstrak DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Untuk sampel persekitaran:

Jenis sampel

Prosedur persampelan yang disyorkan

tanah

Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Baki bahan layu perlu dikeluarkan dari permukaan;Kisar kepingan besar dan lalui penapis 2 mm;Sampel Aliquot dalam tiub EP steril atau cyrotube untuk tempahan.

najis

Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan.

kandungan usus

Sampel perlu diproses di bawah keadaan aseptik.Basuh tisu yang dikumpul dengan PBS;Sentrifuge PBS dan kumpulkan pemendakan dalam tiub-EP.

Enapcemar

Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel enap cemar dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan

Badan air

Untuk sampel dengan jumlah mikrob yang terhad, seperti air paip, air perigi, dsb., Kumpul sekurang-kurangnya 1 L air dan lalui penapis 0.22 μm untuk memperkayakan mikrob pada membran.Simpan membran dalam tiub steril.

kulit

Berhati-hati mengikis permukaan kulit dengan kapas steril atau bilah pembedahan dan letakkan dalam tiub steril.

Penghantaran Sampel yang Disyorkan

Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang.Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.

Aliran Kerja Perkhidmatan

penghantaran sampel

Contoh penghantaran

Persediaan Perpustakaan

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Perkhidmatan Selepas jualan

Perkhidmatan selepas jualan


  • Sebelumnya:
  • Seterusnya:

  • 1.Taburan spesies

    3

    2.Peta haba: Pengelompokan kekayaan spesies

    4

    3. Keluk puak yang jarang berlaku

    5

    4.Analisis NMDS

    6

    5.Analisis Lefse

    7

     

     

     

    Kes BMK

    Individu Obes dengan dan tanpa Diabetes Jenis 2 menunjukkan kapasiti dan komposisi fungsi mikrob usus yang berbeza

    Diterbitkan:Hos Sel & Mikrob, 2019

    Strategi urutan:

    Kurus bukan diabetes (n=633);Obesiti bukan diabetes (n=494);Diabetes Jenis 2 Obes (n=153);
    Kawasan sasaran: 16S rDNA V1-V2
    Platform: Illumina Miseq (jujukan amplikon berasaskan NGS)
    Subset ekstrak DNA tertakluk kepada penjujukan metagenomik pada Illumina Hiseq

    Keputusan utama

    Profil mikrob penyakit metabolik ini berjaya dibezakan.
    Dengan membandingkan ciri mikrob yang dijana oleh penjujukan 16S, obesiti didapati dikaitkan dengan perubahan dalam komposisi mikrob, ciri individu, terutamanya penurunan ketara dalam Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, dll. Selain itu, T2D didapati dikaitkan dengan peningkatan Escherichia/shigella .

    Rujukan

    Thingholm, LB, et al."Individu Obes dengan dan tanpa Diabetes Jenis 2 Menunjukkan Kapasiti Fungsi dan Komposisi Mikrob Usus Yang Berbeza."Hos Sel & Mikrob26.2(2019).

     

    mendapatkan sebut harga

    Tulis mesej anda di sini dan hantarkan kepada kami

    Hantar mesej anda kepada kami: