Penjujukan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Ciri-ciri Perkhidmatan
● Platform penjujukan: PacBio Revio
● Mod penjujukan: CCS (bacaan HiFi)
● Penguatan kawasan sasaran diikuti dengan penyambungan tandem amplikon sebelum penyediaan pustaka loceng HiFi SMRT
Kelebihan Perkhidmatan
●Resolusi taksonomi yang lebih tinggi: Tpenjujukan amplikon pendek han,membolehkan kadar pengelasan OTU yang lebih tinggi pada peringkat spesies.
●Panggilan asas yang sangat tepat: Penjujukan mod CCS PacBio (bacaan HiFi).
●Bebas pengasinganPengenalpastian komposisi mikrob dalam sampel persekitaran dengan pantas.
●Boleh digunakan secara meluasKajian komuniti mikrob yang pelbagai.
●Analisis bioinformatik yang komprehensifPakej QIIME2 terkini (wawasan kuantitatif tentang ekologi mikrob) dengan pelbagai analisis dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.
●Kepakaran LuasDengan beribu-ribu projek penjujukan amplikon yang dijalankan setiap tahun, BMKGENE membawakan lebih sedekad pengalaman, pasukan analisis yang berkemahiran tinggi, kandungan yang komprehensif dan sokongan pasca jualan yang cemerlang.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Perpustakaan | Strategi Penjujukan | Data yang disyorkan |
| Amplikon | PacBio Revio | Tag 10/30/50 K (CCS) |
Keperluan Sampel
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah keseluruhan (µg) | Isipadu (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang. Penghantaran sampel dengan ais kering diperlukan.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Penghantaran sampel
Pembinaan perpustakaan
Penjujukan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Merangkumi analisis berikut:
●Kawalan kualiti data mentah
●Pengelompokan/Penyah-hingar OTU (ASV)
●Anotasi OTU
●Analisis kepelbagaian alfa: pelbagai indeks, termasuk Shannon, Simpson dan ACE.
●Analisis kepelbagaian beta
●Analisis antara kumpulan
●Analisis korelasi: antara faktor persekitaran dan komposisi dan kepelbagaian OUT
●Ramalan gen berfungsi 16S
Histogram taburan taksonomi
Pokok filogenetik taburan komuniti
Analisis kepelbagaian alfa: ACE
indeks
Analisis kepelbagaian beta: PCoA
Analisis antara kumpulan: ANOVA
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan amplikon BMKGene dengan PacBio melalui koleksi penerbitan yang disusun rapi.
Gao, X. dan Wang, H. (2023) 'Analisis Perbandingan Profil dan Fungsi Bakteria Rumen semasa Adaptasi kepada Fenologi Berbeza (Regreen vs. Grassy) dalam Biri-biri Merino Alpine dengan Dua Peringkat Pertumbuhan di Padang Rumput Alpine', Fermentasi, 9(1), hlm. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Menangkap jirim gelap mikrob dalam tanah gurun menggunakan metagenomik berasaskan kulturomik dan analisis resolusi tinggi', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), ms. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Kesan garam asid lemak terhadap ciri-ciri penapaian, kepelbagaian bakteria dan kestabilan aerobik silaj campuran yang disediakan dengan alfalfa, jerami padi dan dedak gandum', Jurnal Sains Makanan dan Pertanian, 102(4), ms. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Interaksi antara Biopenanda Tekanan Oksidatif dan Mikrobiota Usus dalam Kesan Antioksidan Ekstrak daripada Sonchus brachyotus DC. dalam Tekanan Oksidatif Usus yang Diaruh oleh Oksazolon dalam Ikan Zebra Dewasa', Antioksidan 2023, Jilid 12, Muka Surat 192, 12(1), hlm. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
