16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Kelebihan Perkhidmatan
● Bacaan panjang mendedahkan urutan panjang penuh 16S/18S/ITS
● Panggilan asas yang sangat tepat dengan penjujukan mod PacBio CCS
● Resolusi peringkat spesies dalam anotasi OTU/ASV
● Aliran analisis QIIME2 terkini dengan analisis yang pelbagai dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.
● Berkenaan dengan kajian komuniti mikrob yang pelbagai
● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih 100,000 sampel/tahun，meliputi tanah, air, gas, enap cemar, najis, usus, kulit, sup penapaian, serangga, tumbuhan, dsb.
● BMKCloud memudahkan tafsiran data yang mengandungi 45 alat analisis yang diperibadikan
Spesifikasi Perkhidmatan
| SequencingPlatform | Perpustakaan | Data yang disyorkan | Masa Pemulihan |
| Sekuel PacBio II | SMRT-loceng | Teg 5K/10K/20K | 44 hari bekerja |
Analisis bioinformatik
● Kawalan kualiti data mentah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● anotasi OTU
● Kepelbagaian alfa
● Kepelbagaian beta
● Analisis antara kumpulan
● Analisis persatuan terhadap faktor eksperimen
● Ramalan gen fungsi
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | penumpuan | Kesucian |
| ekstrak DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Untuk sampel persekitaran:
| Jenis sampel | Prosedur persampelan yang disyorkan |
| tanah | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Baki bahan layu perlu dikeluarkan dari permukaan;Kisar kepingan besar dan lalui penapis 2 mm;Sampel Aliquot dalam tiub EP steril atau cyrotube untuk tempahan. |
| najis | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan. |
| kandungan usus | Sampel perlu diproses di bawah keadaan aseptik.Basuh tisu yang dikumpul dengan PBS;Sentrifuge PBS dan kumpulkan pemendakan dalam tiub-EP. |
| Enapcemar | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel enap cemar dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan |
| Badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikrob yang terhad, seperti air paip, air perigi, dsb., Kumpul sekurang-kurangnya 1 L air dan lalui penapis 0.22 μm untuk memperkayakan mikrob pada membran.Simpan membran dalam tiub steril. |
| kulit | Berhati-hati mengikis permukaan kulit dengan kapas steril atau bilah pembedahan dan letakkan dalam tiub steril. |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang.Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1.Kadar anotasi pemprofilan komuniti mikrob berasaskan V3+V4(Illumina) berbanding pemprofilan berasaskan penuh (PacBio).
(Data 30 projek yang dipilih secara rawak telah digunakan untuk statistik)
2.Kadar anotasi penjujukan amplikon panjang penuh pada peringkat spesies dalam jenis sampel yang berbeza
3.Taburan spesies
4.Pokok filogenetik
Kes BMK
Pendedahan arsenik mendorong kerosakan penghalang usus dan akibatnya pengaktifan paksi usus-hati yang membawa kepada keradangan dan pyroptosis hati pada itik
Diterbitkan:Sains Alam Sekitar Menyeluruh,2021
Strategi urutan:
Sampel: Kawalan vs kumpulan terdedah ATO 8 mg/kg
Hasil data penjujukan: 102,583 jujukan CCS mentah secara keseluruhan
Kawalan: 54,518 ± 747 CCS berkesan
Terdedah ATO : 45,050 ± 1675 CCS berkesan
Keputusan utama
Kepelbagaian alfa:Pendedahan ATO dengan ketara telah mengubah kekayaan mikrob usus dan kepelbagaian dalam itik.
Analisis metastat:
Dalam peringkat filum: 2 filum bakteria hanya dikesan dalam kumpulan kawalan
Dalam tahap genus: 6 genera didapati berbeza secara ketara dalam kelimpahan relatif
Dalam tahap spesies: 36 spesies telah dikenal pasti secara keseluruhan, dengan 6 daripadanya berbeza dengan ketara dalam kelimpahan menghidupkan semula
Rujukan
Thingholm, LB, et al."Individu Obes dengan dan tanpa Diabetes Jenis 2 Menunjukkan Kapasiti Fungsi dan Komposisi Mikrob Usus Yang Berbeza."Hos Sel & Mikrob26.2(2019).
