Penjujukan DNA/RNA -PacBio Sequencer

Penjujukan DNA/RNA -Imej Ditampilkan Penjujukan PacBio

Platform penjujukan PacBio ialah platform penjujukan yang sudah lama dibaca, yang juga dikenali sebagai salah satu teknologi Penjujukan Generasi Ketiga(TGS).Teknologi teras, masa nyata molekul tunggal (SMRT), memperkasakan penjanaan bacaan dengan panjang berpuluh-puluh kilo asas.Berdasarkan "Sequencing-by-Synthesis", resolusi nukleotida tunggal dicapai oleh pandu gelombang mod Sifar (ZMW), di mana hanya volum terhad di bahagian bawah (tapak sintesis molekul), diterangi.Di samping itu, penjujukan SMRT sebahagian besarnya mengelakkan bias khusus jujukan dalam sistem NGS, kerana kebanyakan langkah penguatan PCR tidak diperlukan dalam proses pembinaan perpustakaan.

Platform: Sekuel II, Revio

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Keputusan Demo

ciri-ciri

Dua mod penjujukan pada penjujukan PacBio: Bacaan Panjang Berterusan (CLR) dan Bacaan Konsensus Pekeliling (CCS)

Mod Urutan

Saiz Perpustakaan

Data TeoriHasil (Setiap Sel)

Asas tunggalKetepatan

Aplikasi

CLR

20Kb, 30Kb, dsb.

80 Gb hingga 130 Gb

lebih kurang85%

De novo, panggilan SV, dsb.

CCS

15-20 Kb

14 hingga 40 Gb/Sel (Sekuel II)

70 hingga 110 Gb/Sel (Revio)

Bergantung pada sampel

lebih kurang99%

De novo, panggilan SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Perbandingan prestasi dan ciri Revio dan Sekuel II

Syarat	Sistem Sekuel II	Sistem Revio	Meningkat
Ketumpatan yang lebih tinggi	8 juta ZMW	25 juta ZMW	3x
Peringkat bebas	1	4	4x
Masa larian yang lebih pendek	30 jam	24 jam	1.25x
30X genom manusia HiFi / tahun	88	1,300	15x keseluruhan

Kelebihan Perkhidmatan

● Pengalaman lebih 8 tahun pada platform penjujukan PacBio dengan beribu-ribu projek tertutup dengan pelbagai spesies.

● Dilengkapi sepenuhnya dengan platform Penjujukan PacBio terkini, Revio untuk menjamin daya pemprosesan penjujukan yang mencukupi.

● Masa pusing ganti yang lebih pantas, hasil data yang lebih tinggi dan data yang lebih tepat.

● Menyumbang dalam beratus-ratus penerbitan berasaskan PacBio berimpak tinggi.

Keperluan Sampel

Jenis Sampel

Jumlah

Kepekatan （Qubit®）

Kelantangan

Kesucian

Lain-lain

DNA genomik

Bergantung pada Keperluan Data

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5；
Puncak jelas pada 260 nm，tiada pencemaran

Kepekatan perlu diukur dengan Qubit dan Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

Jumlah RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5；tiada pencemaran

Nilai RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Aliran Kerja Perkhidmatan

Penyediaan sampel

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Penghantaran projek

Sebelumnya: Perkhidmatan Penjujukan Mrna pengeluar OEM - Penjujukan bukan pengekodan yang panjang-Illumina – Penanda Bio

Seterusnya: Penjujukan DNA/RNA – Penjujukan Illumina

1.Hasil Data Dalaman

Data dijana daripada 63 sel CCS (daripada 26 spesies)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Purata	Maks	Min	Median
Hasil - subbacaan (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Berhasil - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Subbacaan N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Purata panjang-Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Purata panjang-Subreads	15,866	21,036	11,657	16,012
Purata panjang-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Data dijana daripada 16 sel CLR (daripada 76 spesies)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Purata	Maks	Min	Median
Hasil - subbacaan (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimerase N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Subbacaan N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Purata panjang-Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Purata panjang-Subreads	17,720	27,225	8,293	17,779

2. QC Data – DemoStatistik tentang hasil data

Sampel	ccs Membaca Nombor	Jumlah Asas ccs (bp)	ccs Bacaan N50 (bp)	ccs Min Panjang (bp)	ccs Bacaan Terpanjang (bp)	subbacaan Asas (bp)	kadar ccs(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27