Genetik Evolusi

Genetik evolusi ialah perkhidmatan penjujukan padat yang direka untuk menyediakan tafsiran komprehensif tentang maklumat evolusi bahan yang diberikan berdasarkan variasi genetik, termasuk SNP, InDels, SV dan CNV.Ia menyediakan semua analisis asas yang diperlukan untuk menerangkan perubahan evolusi dan ciri genetik populasi, seperti struktur populasi, kepelbagaian genetik, hubungan filogeni, dll. Ia juga mengandungi kajian tentang aliran gen, yang memperkasakan anggaran saiz populasi yang berkesan, masa perbezaan.

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Keputusan Demo

Kajian kes

Kelebihan Perkhidmatan

Takagi et al.,Jurnal tumbuhan, 2013

● Menganggar masa dan kelajuan perbezaan spesies berdasarkan variasi pada tahap nukleotida dan asid amino
● Mendedahkan hubungan filogenetik yang lebih dipercayai antara spesies dengan pengaruh evolusi konvergen dan evolusi selari yang diminimumkan
● Membina hubungan antara perubahan genetik dan fenotip untuk mendedahkan gen yang berkaitan dengan sifat
● Menganggar kepelbagaian genetik, yang mencerminkan potensi evolusi spesies
● Masa pemulihan yang lebih pantas
● Pengalaman luas: BMK telah mengumpul pengalaman besar dalam projek berkaitan populasi dan evolusi selama lebih 12 tahun, meliputi ratusan spesies, dsb. dan menyumbang dalam lebih 80 projek peringkat tinggi yang diterbitkan dalam Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, dsb.

Spesifikasi Perkhidmatan

Bahan:

Biasanya, sekurang-kurangnya tiga subpopulasi (cth subspesies atau strain) disyorkan.Setiap sub-populasi hendaklah mengandungi tidak kurang daripada 10 individu (Tumbuhan ＞15, boleh dikurangkan untuk spesies jarang).

Strategi urutan:

* WGS boleh digunakan untuk spesies dengan genom rujukan berkualiti tinggi, manakala SLAF-Seq boleh digunakan untuk spesies sama ada dengan atau tanpa genom rujukan, atau genom rujukan yang berkualiti rendah.

Berkenaan dengan saiz genom	WGS	SLAF-Tag (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/individu	WGS lebih disyorkan
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Analisis bioinformatik

● Analisis evolusi

● Sapuan terpilih

● Aliran gen

● Sejarah demografi

● Masa perbezaan

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Keperluan Sampel:

Spesies	Tisu	WGS-NGS	SLAF
Haiwan	Tisu viseral	0.5~1g	0.5g
	Tisu otot
	Darah mamalia	1.5mL	1.5mL
	Darah ayam/ikan
Tumbuhan	Daun Segar	1~2g	0.5~1g
	Kelopak/Batang
	Akar/Biji
sel	Sel berbudaya

gDNA

penumpuan
(ng/ul)

Jumlah

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Analisis Segregant Pukal

Seterusnya: Metabolomik

*Keputusan demo yang ditunjukkan di sini semuanya daripada genom yang diterbitkan dengan BMKGENE

1.Analisis evolusi mengandungi pembinaan pokok filogenetik, struktur populasi dan PCA berdasarkan variasi genetik.

Pokok filogenetik mewakili hubungan taksonomi dan evolusi antara spesies dengan nenek moyang yang sama.
PCA bertujuan untuk menggambarkan keakraban antara sub-populasi.
Struktur populasi menunjukkan kehadiran subpopulasi yang berbeza secara genetik dari segi frekuensi alel.

3-1Pokok filogenetik 3-2PCA 3-3struktur-penduduk

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2. Sapuan terpilih

Sapuan terpilih merujuk kepada proses yang mana tapak yang berfaedah dipilih dan kekerapan tapak neutral yang dipautkan meningkat dan tapak yang tidak dipaut dikurangkan, mengakibatkan pengurangan serantau.

Pengesanan seluruh genom pada kawasan sapuan terpilih diproses dengan mengira indeks genetik populasi（π，Fst, Tajima's D) semua SNP dalam tetingkap gelongsor (100 Kb) pada langkah tertentu (10 Kb).

Kepelbagaian nukleotida(π）
4Kepelbagaian nukleotida(π）

Tajima's D
5Tajima's-D

Indeks penetapan (Fst)

6Indeks penetapan(Fst)

Wu, et.al.,Loji Molekul, 2018

3. Aliran Gen

7 Aliran gen

Wu, et.al.,Loji Molekul, 2018

4.Sejarah demografi

8Demografi-sejarah

Zhang, et.al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021

5. masa divergence

9Perbezaan-masa

Zhang, et.al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021

Kes BMK

Peta variasi genomik memberikan pandangan tentang asas genetik pemilihan Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Diterbitkan: Loji Molekul, 2018

Strategi urutan:

Menjujukan semula: kedalaman jujukan: 10×

Keputusan utama

Dalam kajian ini, 194 kubis Cina telah diproses untuk penjujukan semula dengan purata kedalaman 10×, yang menghasilkan 1,208,499 SNP dan 416,070 InDels.Analisis filogenetik pada 194 garisan ini menunjukkan bahawa garisan ini boleh dibahagikan kepada tiga ekotaip, musim bunga, musim panas dan musim luruh.Di samping itu, struktur populasi dan analisis PCA menunjukkan bahawa kubis Cina musim bunga berasal daripada kubis musim luruh di Shandong, China.Ini kemudiannya diperkenalkan ke Korea dan Jepun, bersilang dengan garisan tempatan dan beberapa jenis late-bolting daripadanya telah diperkenalkan kembali ke China dan akhirnya menjadi kubis Cina Spring.

Pengimbasan seluruh genom pada kubis Cina musim bunga dan kubis musim luruh pada pemilihan mendedahkan 23 lokus genomik yang telah melalui pemilihan yang kuat, dua daripadanya bertindih dengan kawasan kawalan masa bolt berdasarkan pemetaan QTL.Kedua-dua kawasan ini didapati mengandungi gen utama yang mengawal pembungaan, BrVIN3.1 dan BrFLC1.Kedua-dua gen ini selanjutnya disahkan terlibat dalam masa bolting oleh kajian transkriptom dan eksperimen transgenik.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Analisis struktur populasi pada kubis Cina

PB-penuh-panjang-RNA-alternatif-splicing

Maklumat genetik tentang pemilihan kubis Cina

Rujukan

Tongbing, et al.“Peta Variasi Genomik Memberi Cerapan tentang Asas Genetik Pemilihan Kubis Cina Musim Bunga (Brassica rapa ssp.pekinensis).Tumbuhan Molekul,11(2018):1360-1376.