-
Penjujukan Genom Tumbuhan/Haiwan De novo
De novopenjujukan merujuk kepada pembinaan keseluruhan genom spesies menggunakan teknologi penjujukan, contohnya PacBio, Nanopore, NGS, dsb., tanpa genom rujukan.Peningkatan yang luar biasa dalam panjang bacaan teknologi penjujukan generasi ketiga telah membawa peluang baharu dalam memasang genom kompleks, seperti yang mempunyai heterozigositi tinggi, nisbah kawasan berulang yang tinggi, poliploid, dsb. Dengan panjang bacaan pada tahap berpuluh-puluh kilobase, bacaan penjujukan ini membolehkan menyelesaikan elemen berulang, kawasan dengan kandungan GC abnormal dan kawasan lain yang sangat kompleks.
Platform： PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Perhimpunan Genom berasaskan Hi-C
Hi-C ialah kaedah yang direka untuk menangkap konfigurasi kromosom dengan menggabungkan interaksi berasaskan kedekatan menyelidik dan penjujukan pemprosesan tinggi.Keamatan interaksi ini dipercayai berkorelasi negatif dengan jarak fizikal pada kromosom.Oleh itu, data Hi-C boleh membimbing pengelompokan, susunan dan orientasi jujukan terkumpul dalam draf genom dan menambatnya pada bilangan kromosom tertentu.Teknologi ini memperkasakan pemasangan genom peringkat kromosom tanpa adanya peta genetik berasaskan populasi.Setiap genom memerlukan Hi-C.
Platform：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Genetik Evolusi
Genetik evolusi ialah perkhidmatan penjujukan padat yang direka untuk menyediakan tafsiran komprehensif tentang maklumat evolusi bahan yang diberikan berdasarkan variasi genetik, termasuk SNP, InDels, SV dan CNV.Ia menyediakan semua analisis asas yang diperlukan untuk menerangkan perubahan evolusi dan ciri genetik populasi, seperti struktur populasi, kepelbagaian genetik, hubungan filogeni, dll. Ia juga mengandungi kajian tentang aliran gen, yang memperkasakan anggaran saiz populasi yang berkesan, masa perbezaan.
-
Genomik Perbandingan
Genomik perbandingan secara literal bermaksud membandingkan jujukan dan struktur genom lengkap spesies yang berbeza.Disiplin ini bertujuan untuk mendedahkan evolusi spesies, fungsi gen, mekanisme pengawalseliaan gen pada peringkat genom dengan mengenal pasti struktur jujukan dan unsur yang dipelihara atau dibezakan merentas spesies yang berbeza.Kajian genomik perbandingan biasa termasuk analisis dalam keluarga gen, perkembangan evolusi, pertindihan genom keseluruhan, tekanan terpilih, dsb.
-
Analisis Segregant Pukal
Analisis pengasingan pukal (BSA) ialah teknik yang digunakan untuk mengenal pasti penanda genetik berkaitan fenotip dengan cepat.Aliran kerja utama BSA mengandungi memilih dua kumpulan individu dengan fenotip yang sangat bertentangan, menggabungkan DNA semua individu untuk membentuk dua pukal DNA, mengenal pasti jujukan pembezaan antara dua kumpulan.Teknik ini telah digunakan secara meluas dalam mengenal pasti penanda genetik yang dikaitkan dengan gen sasaran dalam genom tumbuhan/haiwan.
