BMKCloud Log in
条形banner-03

Berita

EVOLUSI GENOME

Genom De novo
Perhimpunan|Penentuan jantina Keseluruhan kerja penjujukan dan perkhidmatan bioinformatik separa telah disediakan oleh Biomarker Techonologies.

Abstrak

Fenotip ikonik naga laut termasuk pelengkap seperti daun, mulut tiub tanpa gigi, dan kehamilan lelaki yang melibatkan pengeraman telur yang disenyawakan pada "tompok induk" terbuka.Kami de novo-jujukan genom jantan dan betina naga laut biasa (Phyllopteryx taeniolatus) dan spesies yang berkait rapat, ikan paip buaya (Syngnathoides biaculeatus).Profil transkripsi daripada kebaharuan evolusi, lampiran seperti daun, menunjukkan bahawa satu set gen yang biasanya terlibat dalam pembangunan sirip telah dikooptasikan serta pengayaan skrip tran untuk pembaikan tisu berpotensi dan gen pertahanan imun.Mutan ikan zebra untuk scpp5, yang hilang dalam semua syngnathids, didapati kekurangan atau telah cacat gigi pharyngeal, menyokong hipotesis bahawa kehilangan scpp5 telah menyumbang kepada kehilangan gigi dalam syngnathids.Lokus penentu jantina yang diduga mengekod gen amhr2y khusus lelaki yang dikongsi oleh naga laut biasa dan ikan paip buaya telah dikenalpasti. 

Bahan dan kaedah:

Bahan

Fnaga laut biasa kami (P. taeniolatus) dan dua ikan paip buaya (S. biaculeatus) spesimen.Dua individu seadragon biasa (seorang jantan dan satu betina) dan dua individu buaya pipefish (seorang lelaki dan satu betina) digunakan untuk penjujukan genom keseluruhan, dan dua individu seadragon biasa lelaki lain digunakan untuk penjujukan semula genom.

Strategi Penjujukan Genom

2Pustaka 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sekuel) atau Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). penjujukan, dan dua individu naga laut biasa lelaki lain telah digunakan untuk penjujukan semula genom.

Penjujukan Transkriptom

Fatau naga laut biasa, otak, mata, insang, hati, jantung, buah pinggang, mesenterium, usus, otot, sirip, kulit, pelengkap seperti daun, testis dan ovari telah dikumpulkan.

Strategi pemasangan Genome de novo

Canu (Pembetulan) + WTDBG2 (Perhimpunan) + Pilon(Poland) + Lachesis (Hi-C).

Keputusan Utama

Fig.-1.-Ciri-utama-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

Rajah 1. Ciri-ciri utama naga laut biasa (P. taeniolatus) dan ikan paip buaya (S. biaculeatus) dan kedudukan filogenetiknya.

Rajah.-2.-Morfologi-dan-solekan-genetik-pelengkap-seperti-daun-dalam-the-common-seadragon-P

Rajah 2. Morfologi dan susunan genetik pelengkap seperti daun dalam naga laut biasa (P. taeniolatus).

Rajah.-3.-Gen-penentuan-jantina-putatif-dalam-serangga-biasa-P.-taeniolatus-dan-ikan-paip-alligator-S.-biaculeatus

Rajah 3. Gen penentuan jantina putatif dalam naga laut biasa (P. taeniolatus) dan ikan paip buaya (S. biaculeatus).

Rajah.-4

Rajah 4. Fenotip gigi pharyngeal dalam mutan homozigot scpp5 ikan zebra.


Masa siaran: Jan-08-2022

Hantar mesej anda kepada kami: