Penjujukan mRNA berasaskan Bukan Rujukan-NGS
Ciri-ciri
● Penangkapan poli mRNA sebelum penyediaan perpustakaan
● Bebas daripada sebarang genom rujukan: berdasarkan pemasangan transkrip de novo, menghasilkan senarai unigen yang dianotasi dengan berbilang pangkalan data (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisis bioinformatik komprehensif bagi ekspresi gen dan struktur transkrip
Kelebihan Perkhidmatan
●Kepakaran LuasDengan rekod prestasi memproses lebih 600,000 sampel di BMKGENE, merangkumi pelbagai jenis sampel seperti kultur sel, tisu dan cecair badan, pasukan kami membawakan pelbagai pengalaman kepada setiap projek. Kami telah berjaya menyelesaikan lebih 100,000 projek mRNA-Seq dalam pelbagai domain penyelidikan.
●Kawalan Kualiti yang Ketat: kami melaksanakan titik kawalan teras merentasi semua peringkat, daripada penyediaan sampel dan perpustakaan hinggalah penjujukan dan bioinformatik. Pemantauan yang teliti ini memastikan penyampaian keputusan yang berkualiti tinggi secara konsisten.
● Anotasi Komprehensif: kami menggunakan berbilang pangkalan data untuk menganotasi Gen Terekspresi Secara Berbeza (DEG) secara berfungsi dan melaksanakan analisis pengayaan yang sepadan, memberikan pandangan tentang proses selular dan molekul yang mendasari tindak balas transkriptom.
●Sokongan Pasca JualanKomitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Dalam tempoh ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menjawab sebarang pertanyaan berkaitan keputusan.
Keperluan Sampel dan Penghantaran
| Perpustakaan | Strategi penjujukan | Data yang disyorkan | Kawalan Kualiti |
| Diperkaya Poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Keperluan Sampel:
Nukleotida:
| Konk.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Ketulenan | Integriti |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pencemaran protein atau DNA yang terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | Untuk tumbuhan: RIN≥4.0; Untuk haiwan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ketinggian asas yang terhad atau tiada |
● Tumbuhan:
Akar, Batang atau Kelopak: 450 mg
Daun atau Biji: 300 mg
Buah: 1.2 g
● Haiwan:
Artritis Jantung atau Usus: 300 mg
Viscera atau Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, Rambut atau Kulit: 1g
● Artropod:
Serangga: 6g
Krustasea: 300 mg
● Darah penuh1 tiub
● Sel: 106 sel-sel
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: Tiub emparan 2 ml (Kerajang timah tidak digalakkan)
Pelabelan sampel: Kumpulkan+replikasi contohnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Penghantaran:
1. Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan ditanam di dalam ais kering.
2. Tiub RNAstabil: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (cth. RNAstabil®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Penghantaran sampel
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Penjujukan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Bioinformatik
Perhimpunan transkriptom dan pemilihan unigene
Anotasi unigen
Korelasi sampel dan penilaian replika biologi
Gen Terekspresi Secara Berbeza (DEG)
Anotasi Fungsian DEG
Pengayaan Fungsian DEG
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan mRNA NGS eukariotik BMKGene melalui koleksi penerbitan yang disusun rapi.
Shen, F. et al. (2020) 'Pemasangan transkriptom de novo dan ekspresi gen bias jantina dalam gonad ikan keli Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), ms. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analisis transkriptom metabolisme sukrosa semasa pembengkakan dan perkembangan bebawang dalam bawang (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(September), hlm. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Pemasangan, pencirian dan anotasi de novo untuk transkriptom Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptom de novo memberikan pandangan tentang toleransi garam Podocarpus macrophyllus di bawah tekanan kemasinan', BMC Plant Biology, 21(1), ms. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
