Penjujukan Keseluruhan Genom Tumbuhan/Haiwan
1.Kelebihan Perkhidmatan
Pengalaman luas dalam penjujukan genom untuk lebih 1000 spesies.
Lebih 800 kes diterbitkan dengan faktor impak terkumpul melebihi 4000.
Analisis bioinformatik komprehensif mengenai panggilan variasi dan analisis fungsi.
2. Spesifikasi Perkhidmatan
| Platform | Perpustakaan | Kedalaman seq yang disyorkan | |
| Illumina | PE 150 | Untuk SNP, InDel memanggil ≥ 10x Untuk SV, panggilan CNY ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Untuk SV, panggilan CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Untuk panggilan SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Keperluan Sampel
| Platform | Conc.(ng/μL)
| Amaun (ng)
| Kesucian
| gel agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Jalur utama yang jelas tanpa atau terhaddegradasi diperhatikan pada gel. 2. Tiada atau terhad RNA atau pencemaran protein
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Bergantung pada hasil data 10μg/sel | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Analisis Biomaklumat
5. Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pengekstrakan DNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Penghantaran data
1) Statistik Pemetaan Genom
Jadual 1 Statistik hasil pemetaan
Rajah 1 Taburan saiz sisipan dan liputan bacaan.
2) Pengesanan Pelbagai
Rajah 2 Statistik dan anotasi SNP/INDEL/SV antara Sampel
Rajah 3 Taburan seluruh genom bagi vaksinasi
3) Anotasi fungsi variasi
| 2019 | Komunikasi alam semula jadi | Penjujukan semula genom keseluruhan mendedahkan asal usul Brassica napus dan lokus genetik yang terlibat dalam penambahbaikannya |
| 2020 | PNAS | Asal usul evolusi dan sejarah pembiakan ikan mas (Carassius auratus) |
| 2021 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | Rujukan genom bagi dua spesies jut yang ditanam |
| 2021 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | Tanda tangan genomik sayuran dan biji minyak allopolyploid Brassicajuncea dan lokus genetik yang mengawal pengumpulan glukosinolat |
| 2019 | Loji Molekul | Penyusunan semula genom keseluruhan koleksi seluruh dunia aksesi rapeseed mendedahkan asas genetik perbezaan ekotaip mereka |
| 2022 | Penyelidikan Hortikultur | Analisis perkaitan seluruh genom memberikan pandangan molekul ke dalam variasi semula jadi saiz biji tembikai |
| 2021 | Jurnal Botani Eksperimen | Kajian persatuan seluruh genom mengenal pasti varian GhSAD1 yang memberikan toleransi sejuk dalam kapas |
| 2021 | Jurnal Botani Eksperimen | Kajian persatuan seluruh genom dan perbandingan transkriptom mendedahkan novel QTL dan gen calon yang mengawal saiz kelopak dalam biji sesawi |
