-
Penjujukan Metagenomik -NGS
Metagenom ialah koleksi jumlah bahan genetik komuniti campuran organisma, seperti metagenom alam sekitar dan manusia. Ia mengandungi genom mikroorganisma yang boleh ditanam dan tidak boleh ditanam. Penjujukan metagenomik senapang patah dengan NGS membolehkan kajian landskap genomik rumit ini tertanam dalam sampel persekitaran dengan menyediakan lebih daripada pemprofilan taksonomi, memberikan juga cerapan terperinci tentang kepelbagaian spesies, dinamik kelimpahan dan struktur populasi yang kompleks. Di luar kajian taksonomi, metagenomik senapang patah juga menawarkan perspektif genomik berfungsi, membolehkan penerokaan gen yang dikodkan dan peranannya dalam proses ekologi. Akhirnya, penubuhan rangkaian korelasi antara unsur genetik dan faktor persekitaran menyumbang kepada pemahaman holistik tentang interaksi rumit antara komuniti mikrob dan latar belakang ekologi mereka. Kesimpulannya, penjujukan metagenomik berdiri sebagai instrumen penting untuk membongkar selok-belok genomik komuniti mikrob yang pelbagai, menerangi hubungan pelbagai rupa antara genetik dan ekologi dalam ekosistem kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
-
Penjujukan Metagenomik-TGS
Metagenom ialah koleksi bahan genetik komuniti campuran organisma, seperti metagenom alam sekitar dan manusia. Ia mengandungi genom mikroorganisma yang boleh ditanam dan tidak boleh ditanam. Penjujukan metagenomik membolehkan kajian landskap genomik rumit ini tertanam dalam sampel ekologi dengan menyediakan lebih daripada pemprofilan taksonomi. Ia juga menawarkan perspektif genomik berfungsi dengan meneroka gen yang dikodkan dan peranannya dalam proses alam sekitar. Walaupun pendekatan senapang patah tradisional dengan penjujukan Illumina telah digunakan secara meluas dalam kajian metagenomik, kemunculan penjujukan Nanopore dan PacBio yang dibaca lama telah mengubah bidang. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatik hiliran, terutamanya pemasangan metagenom, memastikan pemasangan lebih berterusan. Laporan menunjukkan bahawa metagenomik berasaskan Nanopore dan berasaskan PacBio telah berjaya menghasilkan genom bakteria lengkap dan tertutup daripada mikrobiom kompleks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan bacaan Nanopore dengan bacaan Illumina menyediakan pendekatan strategik untuk pembetulan ralat, mengurangkan ketepatan rendah semula jadi Nanopore. Gabungan sinergistik ini memanfaatkan kekuatan setiap platform penjujukan, menawarkan penyelesaian yang mantap untuk mengatasi potensi had dan memajukan ketepatan dan kebolehpercayaan analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gen rRNA 16S dan 18S, bersama-sama dengan kawasan Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda cap jari molekul penting kerana gabungan kawasan yang sangat konservatif dan hiper-pembolehubah, menjadikannya alat yang tidak ternilai untuk mencirikan organisma prokariotik dan eukariotik. Penguatan dan penjujukan kawasan ini menawarkan pendekatan bebas pengasingan untuk menyiasat komposisi dan kepelbagaian mikrob merentas pelbagai ekosistem. Walaupun penjujukan Illumina lazimnya menyasarkan kawasan hiperpembolehubah pendek seperti V3-V4 daripada 16S dan ITS1, ia telah ditunjukkan bahawa anotasi taksonomi unggul boleh dicapai dengan menjujukan panjang penuh 16S, 18S dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan peratusan yang lebih tinggi bagi jujukan yang diklasifikasikan dengan tepat, mencapai tahap resolusi yang meluas kepada pengenalpastian spesies. Platform penjujukan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menyerlah dengan menyediakan bacaan panjang (HiFi) yang sangat tepat yang meliputi amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan penjujukan Illumina. Keupayaan ini membolehkan penyelidik mencapai kelebihan yang tiada tandingan - pemandangan panorama landskap genetik. Liputan lanjutan dengan ketara meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, terutamanya dalam komuniti bakteria atau kulat, membolehkan pemahaman yang lebih mendalam tentang selok-belok populasi mikrob.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Penjujukan amplicon dengan teknologi Illumina, yang menyasarkan secara khusus penanda genetik 16S, 18S dan ITS, ialah kaedah yang berkuasa untuk membongkar kelimpahan filogeni, taksonomi dan spesies dalam komuniti mikrob. Pendekatan ini melibatkan penjujukan kawasan hipervariable bagi penanda genetik pengemasan. Pada asalnya diperkenalkan sebagai cap jari molekul olehWoeses et alpada tahun 1977, teknik ini telah merevolusikan pemprofilan mikrobiom dengan membolehkan analisis bebas pengasingan. Melalui penjujukan 16S (bakteria), 18S (kulat), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), penyelidik boleh mengenal pasti bukan sahaja spesies yang banyak tetapi juga yang jarang dan tidak dikenal pasti. Diguna pakai secara meluas sebagai alat penting, penjujukan amplikon telah menjadi penting dalam membezakan komposisi mikrob yang berbeza merentas pelbagai persekitaran, termasuk mulut manusia, usus, najis dan seterusnya.
-
Penjujukan Semula Seluruh Genom Bakteria dan Kulat
Projek penjujukan semula genom keseluruhan bakteria dan kulat adalah penting untuk memajukan genomik mikrob dengan membolehkan penyiapan dan perbandingan genom mikrob. Ini memudahkan kejuruteraan penapaian, pengoptimuman proses perindustrian, dan penerokaan laluan metabolisme sekunder. Tambahan pula, penjujukan semula kulat dan bakteria adalah penting untuk memahami penyesuaian alam sekitar, mengoptimumkan strain, dan mendedahkan dinamik evolusi genetik, dengan implikasi yang luas dalam bidang perubatan, pertanian dan sains alam sekitar.
-
Penjujukan RNA Prokariotik
Penjujukan RNA memperkasakan profil komprehensif semua transkrip RNA dalam sel di bawah keadaan tertentu. Teknologi canggih ini berfungsi sebagai alat yang mujarab, mendedahkan profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekul yang dikaitkan dengan pelbagai proses biologi. Diguna pakai secara meluas dalam penyelidikan asas, diagnostik klinikal dan pembangunan ubat, penjujukan RNA menawarkan pandangan tentang selok-belok dinamik selular dan peraturan genetik. Pemprosesan sampel RNA prokariotik kami disesuaikan untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan pengurangan rRNA dan penyediaan perpustakaan berarah.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Penjujukan Metatranskrip
Memanfaatkan teknologi penjujukan Illumina, perkhidmatan penjujukan metatranskriptom BMKGENE mendedahkan ekspresi gen dinamik pelbagai mikrob, merangkumi eukariota hingga prokariot dan virus, dalam persekitaran semula jadi seperti tanah, air, laut, najis dan usus. Perkhidmatan komprehensif kami memberi kuasa kepada penyelidik untuk menyelidiki profil ekspresi gen lengkap komuniti mikrob yang kompleks. Di luar analisis taksonomi, perkhidmatan penjujukan metatranskriptom kami memudahkan penerokaan ke dalam pengayaan fungsi, memberi penerangan tentang gen yang dinyatakan secara berbeza dan peranannya. Temui pelbagai cerapan biologi semasa anda menavigasi landskap kompleks ekspresi gen, kepelbagaian taksonomi dan dinamik fungsi dalam pelbagai niche persekitaran ini.
-
Perhimpunan Genom Kulat De novo
BMKGENE menawarkan penyelesaian serba boleh untuk genom kulat, memenuhi keperluan penyelidikan yang pelbagai dan kesempurnaan genom yang dikehendaki. Menggunakan penjujukan Illumina yang dibaca pendek sahaja membolehkan penjanaan draf genom. Penjujukan bacaan pendek dan bacaan panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk genom kulat yang lebih halus dengan contig yang lebih panjang. Selain itu, penyepaduan penjujukan Hi-C meningkatkan lagi keupayaan, membolehkan pencapaian genom tahap kromosom yang lengkap.
-
Perhimpunan Genom Bakteria De novo
Kami menyediakan perkhidmatan pemasangan genom bakteria yang lengkap, menjamin 0 jurang. Ini boleh dilakukan dengan menyepadukan teknologi penjujukan bacaan lama, seperti Nanopore dan PacBio untuk pemasangan dan penjujukan bacaan pendek dengan Illumina untuk pengesahan pemasangan dan pembetulan ralat bacaan ONT. Perkhidmatan kami menyediakan aliran kerja bioinformatik yang lengkap daripada pemasangan, anotasi berfungsi dan analisis bioinformatik lanjutan, memenuhi matlamat penyelidikan khusus. Perkhidmatan ini membolehkan pembangunan genom rujukan tepat untuk pelbagai kajian genetik dan genomik. Selain itu, ia menjadi asas untuk aplikasi seperti pengoptimuman terikan, kejuruteraan genetik dan pembangunan teknologi mikrob, memastikan data genomik yang boleh dipercayai dan bebas jurang penting untuk memajukan pandangan saintifik dan inovasi bioteknologi.
