Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS)
Penjujukan bisulfit perwakilan berkurangan (RRBS) bergantung pada pengayaan kawasan yang kaya dengan pulau CpG melalui pembelahan MspI diikuti dengan pemilihan saiz serpihan 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya kawasan proksimal dengan pulau CpG yang dijujukan, manakala kawasan yang mempunyai pulau CpG yang jauh dikecualikan daripada analisis. Proses ini, digabungkan dengan penjujukan bisulfit, membolehkan pengesanan metilasi DNA beresolusi tinggi, dan pendekatan penjujukan, PE150, memberi tumpuan khusus pada hujung sisipan dan bukannya bahagian tengah, meningkatkan kecekapan pemprofilan metilasi.
Teknik ini telah muncul sebagai alternatif yang kos efektif dan cekap kepada Penjujukan Bisulfit Genom Keseluruhan (WGBS) dalam penyelidikan metilasi DNA. Walaupun WGBS memberikan pandangan yang komprehensif dengan mengkaji keseluruhan genom pada resolusi asas tunggal, kosnya yang tinggi boleh menjadi faktor pengehad, yang mana RRBS secara strategik mengurangkan cabaran ini dengan menganalisis secara selektif bahagian genom yang mewakili. Metodologi ini merupakan alat yang tidak ternilai yang membolehkan penyelidikan metilasi DNA yang kos efektif dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
Ciri-ciri Perkhidmatan
● Penjujukan pada Illumina NovaSeq.
● Memerlukan genom rujukan.
● DNA Lambda digunakan untuk memantau kecekapan penukaran bisulfit.
● Kecekapan pencernaan MspI juga dipantau.
● Pencernaan enzim berganda untuk sampel tumbuhan.
Kelebihan Perkhidmatan
●Alternatif yang Kos Efektif dan Cekap untuk WGBSIa membolehkan analisis dijalankan pada kos yang lebih rendah dan dengan keperluan sampel yang lebih rendah.
●Platform Lengkap:Kami menyediakan perkhidmatan sehenti yang cemerlang daripada pemprosesan sampel, pembinaan perpustakaan dan penjujukan kepada analisis bioinformatik.
●Kepakaran LuasKami telah mencapai kejayaan merentasi pelbagai spesies. BMKGENE mempunyai pengalaman lebih sedekad, pasukan analisis yang berkemahiran tinggi, kandungan yang komprehensif dan sokongan pasca jualan yang cemerlang.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Perpustakaan | Strategi Penjujukan | Output data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Perpustakaan MspI yang dicerna dan dirawat dengan Bisulfit | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Penukaran bisulfit > 99% Kecekapan pemotongan MspI > 95% |
Keperluan Sampel
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah keseluruhan (µg) |
| |
| DNA genomik | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradasi atau pencemaran terhad |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Penghantaran sampel
Pembinaan perpustakaan
Penjujukan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Analisis BI merangkumi:
● Kawalan kualiti penjujukan mentah;
● Pemetaan kepada genom rujukan;
● Pengesanan bes termetilasi 5mC dan pengenalpastian motif;
● Analisis taburan metilasi dan perbandingan sampel;
● Analisis Kawasan Metilasi Berbeza (DMR);
● Anotasi fungsian gen yang berkaitan dengan DMR.
Kawalan kualiti: kecekapan pencernaan (dalam pemetaan genom)
Kawalan kualiti: penukaran bisulfit (dalam pengekstrakan maklumat metilasi)
Peta metilasi: taburan seluruh genom metilasi 5mC
Perbandingan sampel: Analisis Komponen Utama
Analisis Kawasan Metilasi Berbeza (DMR): peta haba
Terokai kemajuan penyelidikan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan bisulfit seluruh genom BMKGene melalui koleksi penerbitan yang disusun rapi.
Li, Z. et al. (2022) 'Pengaturcaraan semula ketepatan tinggi ke dalam sel seperti Leydig melalui pengaktifan CRISPR dan faktor parakrin',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Analisis metilasi DNA seluruh genom bagi komposisi badan dalam kembar monozigotik Cina',Jurnal Penyiasatan Klinikal Eropah, 53(11), hlm. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilasi DNA dan nisbah pinggang-ke-pinggul: kajian perkaitan seluruh epigenom dalam kembar monozigotik Cina',Jurnal Penyiasatan Endokrinologi, 45(12), ms 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
