Penjujukan Fragmen Diperkuat-Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Aliran kerja
Perkhidmatan ini mempunyai beberapa pra-reka bentuk dalam silico untuk menjamin pemilihan enzim yang optimum pada penyediaan perpustakaan.
Skim Teknikal
Ciri Perkhidmatan
● Menjujukan pada NovaSeq dengan PE150.
● Penyediaan perpustakaan dengan pengekodan bar berganda, membolehkan pengumpulan lebih 1000 sampel.
● Bebas daripada genom rujukan:
Dengan genom rujukan: SNP dan penemuan InDel
Tanpa genom rujukan: pengelompokan sampel dan penemuan SNP
● Dalamdalam silikogabungan enzim sekatan berbilang peringkat pra-reka bentuk disaring untuk mencari yang menjana pengedaran seragam tag SLAF sepanjang genom.
● Semasa pra-percubaan, tiga kombinasi enzim diuji dalam 3 sampel untuk menjana 9 perpustakaan SLAF, dan maklumat ini digunakan untuk memilih gabungan enzim sekatan yang optimum untuk projek.
Kelebihan Perkhidmatan
●Penemuan Penanda Genetik Tinggi: Kami menyepadukan sistem kod bar berganda berkemampuan tinggi yang membolehkan penjujukan serentak populasi besar, dan penguatan khusus lokus meningkatkan kecekapan, memastikan nombor teg memenuhi keperluan pelbagai soalan penyelidikan.
● Kebergantungan Rendah pada Genom: Ia boleh digunakan untuk spesies dengan atau tanpa genom rujukan.
●Reka Bentuk Skim Fleksibel: Enzim tunggal, dwi-enzim, pencernaan berbilang enzim, dan pelbagai jenis enzim semuanya boleh dipilih untuk memenuhi matlamat atau spesies penyelidikan yang berbeza.
● Kecekapan Tinggi dalam Pencernaan Enzimatik: Pengaliran andalam silikopra-reka bentuk dan pra-percubaan memastikan reka bentuk yang optimum dengan pengedaran sekata tag SLAF pada kromosom (1 tag SLAF/4Kb) dan mengurangkan urutan berulang (<5%).
●Kepakaran Luas: Kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek, dengan rekod prestasi menutup lebih 5000 projek SLAF-Seq pada ratusan spesies, termasuk tumbuhan, mamalia, burung, serangga dan organisma akuatik.
● Aliran Kerja Bioinformatik yang dibangunkan sendiri: Kami membangunkan aliran kerja bioinformatik bersepadu untuk SLAF-Seq untuk memastikan kebolehpercayaan dan ketepatan output akhir.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Jenis analisis | Skala populasi yang disyorkan | Strategi urutan | |
| Kedalaman penjujukan teg | Nombor tag | ||
| Peta Genetik | 2 ibu bapa dan >150 anak | Ibu bapa: 20x WGS Keturunan: 10x | Saiz genom: <400 Mb: WGS disyorkan <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K tag Max 500k tag |
| Kajian Persatuan Seluruh Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, dengan >10 sampel daripada setiap subkumpulan | 10x | |
Keperluan Perkhidmatan
Kepekatan ≥ 5 ng/µL
Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar
(Bagi kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak disimpan dalam etanol)
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang diserahkan.
Penghantaran: Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan dikebumikan dalam ais kering.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh QC
Percubaan juruterbang
SLAF-eksperimen
Persediaan Perpustakaan
Urutan
Analisis Data
Perkhidmatan Selepas Jualan
Analisis bioinformatik kami terdiri daripada:
QC data dan pemangkasan data untuk mengalih keluar bacaan kaya N, bacaan penyesuai atau bacaan berkualiti rendah.
Kawalan kualiti kedua bagi bacaan bersih untuk menyemak pengedaran asas, kualiti urutan dan penilaian data, tetapi juga untuk memeriksa kecekapan penghadaman dan sisipan yang diperolehi.
Setelah bacaan disemak, terdapat dua pilihan:
- Pemetaan untuk merujuk genom
- Tanpa genom rujukan: pengelompokan
Selepas itu, analisis teg SLAF digunakan untuk melakukan beberapa panggilan varian untuk membantu penemuan penanda: SNP, InDel, SNV, panggilan CV dan anotasi
Taburan tag SLAF pada kromosom:
Taburan SNP pada kromosom:
Anotasi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X dan Shi C (2023) Pemetaan QTL dan analisis transkrip kandungan gula semasa pematangan buahPyrus pyrifolia.Depan. Sci tumbuhan.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Pengenalpastian st1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan pendakian morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya.Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan mas biasa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Genom kacang tanah yang ditanam memberikan gambaran tentang kariotip kekacang, evolusi poliploid dan penjinakkan tanaman.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam semula jadi | 17.694 | Asas genom bagi kromosom giga dan genom giga peoni pokok Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Pakar Fitologi Baru | 7.433 | Jejak kaki domestik menambat kawasan genom yang mempunyai kepentingan agronomi kacang soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penyelidikan Lanjutan | 12.822 | Introgresi tiruan seluruh genom Gossypium barbadense ke dalam G. hirsutum mendedahkan lokus unggul untuk peningkatan serentak kualiti gentian kapas dan hasil sifat | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Loji Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Perhimpunan De Novo Mendedahkan Asal Usul Weedy Nasi sebagai Permainan Evolusi | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Genetik Alam Semula Jadi | 31.616 | Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan mas biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetik Alam Semula Jadi | 25.455 | Genom kacang tanah yang ditanam memberikan gambaran tentang kariotip kekacang, poliploid evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan hitchhiking morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya | Pembangunan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Antarabangsa Sains Molekul | 6.208 | Pengenalpastian dan Pembangunan Penanda DNA untuk Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Penggantian Kromosom Disomik | Pembangunan SLAF-Marker |
| tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2023 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.735 | Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula semasa pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 8.154 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan menumpang morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya
| Panggilan SNP |
| 2022 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.623 | Pemetaan Persatuan Seluruh Genom bagi Fenotip Hulless Barely dalam Persekitaran Kemarau.
| GWAS |
