Penjujukan Serpihan Terperkuat Lokus Tertentu (SLAF-Seq)
Aliran kerja
Perkhidmatan ini mempunyai beberapa pra-reka bentuk in silico untuk menjamin pemilihan enzim yang optimum semasa penyediaan perpustakaan.
Skim Teknikal
Ciri-ciri Perkhidmatan
● Penjujukan pada NovaSeq dengan PE150.
● Penyediaan perpustakaan dengan pengekodan bar berganda, membolehkan pengumpulan lebih 1000 sampel.
● Bebas daripada genom rujukan:
Dengan genom rujukan: Penemuan SNP dan InDel
Tanpa genom rujukan: pengelompokan sampel dan penemuan SNP
● Dalamdalam silikoKombinasi enzim sekatan berganda peringkat pra-reka bentuk ditapis untuk mencari kombinasi yang menghasilkan taburan tag SLAF yang seragam di sepanjang genom.
● Semasa pra-eksperimen, tiga kombinasi enzim diuji dalam 3 sampel untuk menghasilkan 9 pustaka SLAF, dan maklumat ini digunakan untuk memilih kombinasi enzim sekatan optimum untuk projek tersebut.
Kelebihan Perkhidmatan
●Penemuan Penanda Genetik TinggiKami mengintegrasikan sistem kod bar berganda berdaya pemprosesan tinggi yang membolehkan penjujukan serentak populasi besar dan amplifikasi khusus lokus meningkatkan kecekapan, memastikan nombor tag memenuhi keperluan pelbagai soalan penyelidikan.
● Kebergantungan Rendah pada GenomIa boleh digunakan pada spesies dengan atau tanpa genom rujukan.
●Reka Bentuk Skim FleksibelPencernaan enzim tunggal, dwi-enzim, berbilang enzim dan pelbagai jenis enzim semuanya boleh dipilih untuk memenuhi matlamat penyelidikan atau spesies yang berbeza.
● Kecekapan Tinggi dalam Penghadaman Enzimatik: Pengaliran suatudalam silikoReka bentuk pra dan eksperimen pra menjamin reka bentuk optimum dengan taburan tag SLAF yang sekata pada kromosom (1 tag SLAF/4Kb) dan urutan berulang yang dikurangkan (<5%).
●Kepakaran LuasKami membawakan pelbagai pengalaman kepada setiap projek, dengan rekod prestasi yang baik dalam menyelesaikan lebih 5000 projek SLAF-Seq ke atas ratusan spesies, termasuk tumbuhan, mamalia, burung, serangga dan organisma akuatik.
● Aliran Kerja Bioinformatik yang Dibangunkan KendiriKami telah membangunkan aliran kerja bioinformatik bersepadu untuk SLAF-Seq bagi memastikan kebolehpercayaan dan ketepatan output akhir.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Jenis analisis | Skala populasi yang disyorkan | Strategi penjujukan | |
| Kedalaman penjujukan tag | Nombor tag | ||
| Peta Genetik | 2 ibu bapa dan >150 anak | Ibu bapa: 20x WGS Penghilangan: 10x | Saiz genom: <400 Mb: WGS disyorkan <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K tag Tag maksimum 500k |
| Kajian Persatuan Seluruh Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, dengan >10 sampel daripada setiap subkumpulan | 10x | |
Keperluan Perkhidmatan
Kepekatan ≥ 5 ng/µL
Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng
Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: tiub emparan 2 ml
(Bagi kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak mengawetnya dalam etanol)
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang dihantar.
Penghantaran: Aiskrim kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan ditanam di dalam aiskrim kering.
Aliran Kerja Perkhidmatan
QC sampel
Eksperimen rintis
Eksperimen SLAF
Persediaan Perpustakaan
Penjujukan
Analisis Data
Perkhidmatan Selepas Jualan
Analisis bioinformatik kami terdiri daripada:
QC data dan pemangkasan data untuk mengalih keluar bacaan kaya-N, bacaan penyesuai atau bacaan berkualiti rendah.
Kawalan kualiti kedua bagi bacaan bersih untuk memeriksa taburan asas, kualiti jujukan dan penilaian data, tetapi juga untuk memeriksa kecekapan pencernaan dan sisipan yang diperoleh.
Setelah bacaan disemak, terdapat dua pilihan:
- Pemetaan kepada genom rujukan
- Tanpa genom rujukan: pengelompokan
Selepas itu, analisis tag SLAF digunakan untuk melakukan beberapa panggilan varian bagi membantu penemuan penanda: SNP, InDel, SNV, panggilan CV dan anotasi.
Taburan tag SLAF pada kromosom:
Taburan SNP pada kromosom:
Anotasi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X dan Shi C (2023) Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula semasa pematangan buahPyrus pyrifolia.Bahagian hadapan. Sains Tumbuhan.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Pengenalpastian st1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan pengangkutan morfologi benih dan kandungan minyak semasa penjinakan kacang soya.Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.dkk.Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan kap biasa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.dkk.Genom kacang tanah yang ditanam memberikan wawasan tentang kariotipe kekacang, evolusi poliploid dan penjinakan tanaman.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam semula jadi | 17.694 | Asas genomik kromosom giga dan genom giga peony pokok Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ahli Fitologi Baharu | 7.433 | Jejak kaki domestikasi menjadi tumpuan kawasan genomik yang mempunyai kepentingan agronomi dalam kacang soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penyelidikan Lanjutan | 12.822 | Introgresi tiruan seluruh genom Gossypium barbadense ke dalam G. hirsutum mendedahkan lokus unggul untuk peningkatan kualiti dan hasil gentian kapas secara serentak sifat-sifat | SLAF-Genetik evolusi |
| 2019 | Loji Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Perhimpunan De Novo Mendedahkan Asal Usul Weedy Beras sebagai Permainan Evolusi | SLAF-Genetik evolusi |
| 2019 | Genetik Alam Semula Jadi | 31.616 | Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan kap biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetik Alam Semula Jadi | 25.455 | Genom kacang tanah yang ditanam memberikan wawasan tentang kariotipe kekacang, poliploid evolusi dan penjinakan tanaman. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan pengangkutan morfologi benih dan kandungan minyak semasa penjinakan kacang soya | Pembangunan Penanda SLAF |
| 2022 | Jurnal Antarabangsa Sains Molekul | 6.208 | Pengenalpastian dan Pembangunan Penanda DNA untuk Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Penggantian Kromosom Disomik | Pembangunan Penanda SLAF |
| Tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2023 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.735 | Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula semasa pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 8.154 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan pengangkutan morfologi benih dan kandungan minyak semasa penjinakan kacang soya
| Panggilan SNP |
| 2022 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.623 | Pemetaan Persatuan Seluruh Genom bagi Fenotip Hulless Barely dalam Persekitaran Kemarau.
| GWAS |
