Penjujukan Fragmen Diperkuat-Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Butiran Perkhidmatan
Skim Teknikal
Aliran kerja
Kelebihan Perkhidmatan
Kecekapan penemuan penanda yang tinggi- Teknologi penjujukan throughput tinggi membantu SLAF-Seq dalam menemui ratusan ribu tag dalam keseluruhan genom.
Kebergantungan rendah pada genom- Ia boleh digunakan untuk spesies sama ada dengan atau tanpa genom rujukan.
Reka bentuk skema yang fleksibel- Enzim tunggal, dwi-enzim, pencernaan berbilang enzim dan pelbagai jenis enzim, semuanya boleh dipilih untuk memenuhi matlamat atau spesies penyelidikan yang berbeza.Pra-penilaian dalam silico digunakan untuk memastikan reka bentuk enzim yang optimum.
Pencernaan enzimatik yang cekap- Pra-percubaan telah dijalankan untuk mengoptimumkan keadaan, yang menjadikan percubaan formal stabil dan boleh dipercayai.Kecekapan pengumpulan serpihan boleh mencapai lebih 95%.
Tag SLAF yang diedarkan sama rata- Tag SLAF diagihkan sama rata dalam semua kromosom ke tahap yang paling besar, mencapai purata 1 SLAF setiap 4 kb.
Mengelakkan pengulangan yang berkesan- Urutan berulang dalam data SLAF-Seq dikurangkan kepada lebih rendah daripada 5%, terutamanya dalam spesies dengan tahap ulangan yang tinggi, seperti gandum, jagung, dsb.
Pengalaman yang luas-Lebih 2000 projek SLAF-Seq tertutup pada ratusan spesies yang meliputi tumbuhan, mamalia, burung, serangga, organisma akua, dsb.
Aliran kerja bioinformatik yang dibangunkan sendiri- Aliran kerja bioinformatik bersepadu untuk SLAF-Seq telah dibangunkan oleh BMKGENE untuk memastikan kebolehpercayaan dan ketepatan output akhir.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Platform | Conc.(ng/gl) | Jumlah (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Jilid >15μl) | 1.6-2.5 |
Strategi Penjujukan yang Disyorkan
Kedalaman jujukan: 10X/Tag
| Saiz Genom | Teg SLAF yang disyorkan |
| < 500 Mb | 100K atau WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genom gergasi atau kompleks | 300 - 400K |
| Aplikasi
| Disyorkan Skala Penduduk
| Strategi dan kedalaman urutan
| |
| Kedalaman
| Nombor tag
| ||
| GWAS
| Nombor sampel ≥ 200
| 10X
|
mengikut saiz genom
|
| Evolusi Genetik
| Individu masing-masing subkumpulan ≥ 10; jumlah sampel ≥ 30
| 10X
| |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar
Untuk kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak disimpan dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang diserahkan.
Penghantaran: Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan dikebumikan dalam ais kering.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh QC
Percubaan juruterbang
SLAF-eksperimen
Persediaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan Selepas Jualan
1. Statistik hasil peta
2. Pembangunan penanda SLAF
3. Anotasi variasi
| tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam semula jadi | 17.694 | Asas genom bagi kromosom giga dan genom giga peoni pokok Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Pakar Fitologi Baru | 7.433 | Jejak kaki domestik menambat kawasan genom yang mempunyai kepentingan agronomi kacang soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penyelidikan Lanjutan | 12.822 | Introgresi tiruan seluruh genom Gossypium barbadense ke dalam G. hirsutum mendedahkan lokus unggul untuk peningkatan serentak kualiti gentian kapas dan hasil sifat | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Loji Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Perhimpunan De Novo Mendedahkan Asal Usul Weedy Nasi sebagai Permainan Evolusi | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Genetik Alam Semula Jadi | 31.616 | Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan mas biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetik Alam Semula Jadi | 25.455 | Genom kacang tanah yang ditanam memberikan gambaran tentang kariotip kekacang, poliploid evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan hitchhiking morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya | Pembangunan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Antarabangsa Sains Molekul | 6.208 | Pengenalpastian dan Pembangunan Penanda DNA untuk Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Penggantian Kromosom Disomik | Pembangunan SLAF-Marker |
