Penjujukan bisulfit genom keseluruhan (WGBS)
Teknik ini, berdasarkan rawatan bisulfit DNA untuk mendorong penukaran sitosin yang tidak termetilasi kepada urasil (C kepada U), sambil membiarkan sitosin termetilasi tidak berubah, berdiri sebagai metodologi standard emas untuk penerokaan mendalam metilasi DNA, khususnya kedudukan kelima dalam sitosin (5-mC), pengawal selia penting bagi ekspresi gen dan aktiviti selular.
Teknik ini menawarkan resolusi asas tunggal, yang membolehkan para penyelidik menyiasat metilom secara komprehensif dan mendedahkan corak metilasi yang tidak normal dalam sampel. Dengan menggunakan WGBS, para saintis boleh memperoleh pandangan yang tiada tandingan tentang landskap metilasi seluruh genom, memberikan pemahaman yang bernuansa tentang mekanisme epigenetik yang mendasari pelbagai proses dan penyakit biologi.
Ciri-ciri Perkhidmatan
● Penjujukan pada Illumina NovaSeq.
● Memerlukan genom rujukan.
● DNA Lambda ditambah untuk memantau kecekapan penukaran bisulfit.
Kelebihan Perkhidmatan
●Piawaian Emas untuk Penyelidikan Metilasi DNATeknologi matang ini mempunyai ketepatan yang tinggi dan kebolehulangan yang baik.
●Liputan Luas dan Resolusi Asas Tunggal:Pengesanan tapak metilasi adalah pada tahap seluruh genom.
●Platform Lengkap:Kami menyediakan perkhidmatan sehenti daripada pemprosesan sampel, pembinaan perpustakaan, penjujukan hinggalah analisis bioinformatik.
●Kepakaran LuasKami mempunyai spektrum projek yang luas yang disiapkan merentasi pelbagai spesies. BMKGENE mempunyai pengalaman lebih sedekad, pasukan analisis yang berkemahiran tinggi, kandungan yang komprehensif dan sokongan pasca jualan yang cemerlang.
●Kemungkinan untuk Bergabung dengan Analisis TranskriptomikMembenarkan analisis bersepadu WGBS dengan data omics lain seperti RNA-seq.
Spesifikasi Sampel
| Perpustakaan | Strategi penjujukan | Output data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Bisulfit dirawat | Illumina PE150 | Kedalaman 30x | Q30 ≥ 85% Penukaran bisulfit > 99% |
Keperluan Sampel
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah keseluruhan (ng) | Keperluan tambahan | |
| DNA genomik | ≥ 1.25 | ≥ 100 | Degradasi atau pencemaran terhad |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Penghantaran sampel
Pengekstrakan DNA
Pembinaan perpustakaan
Penjujukan
Analisis data
Penghantaran data
Perkhidmatan ini merangkumi analisis berikut:
● Kawalan kualiti penjujukan mentah;
● Pemetaan kepada genom rujukan;
● Pengesanan bes termetilasi 5mC;
● Analisis taburan dan anotasi metilasi;
● Analisis Kawasan Metilasi Berbeza (DMR);
● Anotasi fungsian gen yang berkaitan dengan DMR.
Pengesanan metilasi 5mC: jenis tapak termetilasi
Peta metilasi. Taburan seluruh genom metilasi 5mC
Anotasi kawasan yang sangat termetilasi
Kawasan Bermetil Berbeza: gen berkaitan
Kawasan Bermetil Berbeza: anotasi gen berkaitan (Ontologi Gen)
Terokai kemajuan penyelidikan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan bisulfit seluruh genom BMKGene melalui koleksi penerbitan yang disusun rapi.
Fan, Y. dkk. (2020) 'Analisis profil metilasi DNA semasa perkembangan otot rangka biri-biri menggunakan penjujukan bisulfit seluruh genom',BMC Genomics, 21(1), ms 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Gangguan metilasi asid deoksiribonukleik baharu dalam pekerja yang terdedah kepada vinil klorida',Toksikologi dan Kesihatan Industri, 38(7), ms 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Hubungan antara metilasi genom, tahap RNA bukan pengekodan, mRNA dan metabolit dalam buah tomato yang masak',Jurnal Tumbuhan, 103(3), ms 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
