Assemblaġġ tal-Ġenoma Batterjali De novo
Nipprovdu servizz komplut ta' assemblaġġ ta' ġenoma batterjali, li jiggarantixxi 0 lakuni. Dan huwa possibbli billi nintegraw teknoloġiji ta' sekwenzjar ta' qari twil, bħal Nanopore u PacBio għall-assemblaġġ u sekwenzjar ta' qari qasir ma' Illumina għall-validazzjoni tal-assemblaġġ u l-korrezzjoni tal-iżbalji tal-qari ONT. Is-servizz tagħna jipprovdi l-fluss tax-xogħol bijoinformatiku komplut mill-assemblaġġ, l-annotazzjoni funzjonali, u l-analiżi bijoinformatika avvanzata, u jissodisfa għanijiet ta' riċerka speċifiċi. Dan is-servizz jippermetti l-iżvilupp ta' ġenomi ta' referenza preċiżi għal diversi studji ġenetiċi u ġenomiċi. Barra minn hekk, jifforma l-bażi għal applikazzjonijiet bħall-ottimizzazzjoni tar-razza, l-inġinerija ġenetika, u l-iżvilupp tat-teknoloġija mikrobjali, u jiżgura dejta ġenomika affidabbli u mingħajr lakuni kruċjali għall-avvanz tal-għarfien xjentifiku u l-innovazzjoni bijoteknoloġika.
Karatteristiċi tas-Servizz
● B'żewġ għażliet possibbli minn fejn tagħżel skont il-grad mixtieq ta' kompletezza tal-ġenoma.
● Għażla tal-Abbozz tal-Ġenoma: Sekwenzjar ta' qari qasir b'Illumina NovaSeq PE150.
● Ġenoma kompluta b'0 vojt.
● Sekwenzar ta' qari twil fuq Nanopore PromethION 48 jew PacBio Revio għall-assemblaġġ tal-ġenoma.
● Sekwenzjar ta' qari qasir fuq Illumina NovaSeq għall-validazzjoni tal-ġenoma u l-korrezzjoni tal-iżbalji (Nanopore) jew biex jiġi ġġenerat abbozz ta' ġenoma.
Vantaġġi tas-Servizz
●Ġenoma b'Diskrepanza Żero GarantitaDan minħabba l-integrazzjoni tas-sekwenzar tal-Illumina mas-sekwenzar tal-qari twil (Nanopore jew PacBio).
●Fluss tax-Xogħol Bijoinformatiku Komplet:Dan jinkludi l-assemblaġġ tal-ġenoma u t-tbassir ta' elementi ġenomiċi multipli, annotazzjoni tal-ġeni funzjonali, u viżwalizzazzjonijiet tal-ġenoma bħal Circos plot.
●Kompetenza EstensivaB'aktar minn 20,000 ġenoma mikrobjali mmuntati, BMKGENE ġġib magħha aktar minn għaxar snin ta' esperjenza, tim ta' analiżi b'ħiliet għoljin, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti ta' wara l-bejgħ.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta' servizz ta' wara l-bejgħ ta' 3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta' mistoqsijiet u tweġibiet biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
●Strateġiji ta' Sekwenzjar Multipli Disponibbli:Għal miri ta' riċerka differenti u rekwiżiti ta' kompletezza tal-ġenoma.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Servizz | Strateġija ta' Sekwenzar |
| Abbozz tal-Ġenoma | Illumina PE150 100x |
| Ġenoma tad-Distakk 0 | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (mhux obbligatorju) |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopori | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Batterji: ≥3.5x1010 ċelloli
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Jinkludi l-Analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-Kwalità tad-Data tas-Sekwenzjar
● Assemblea tal-Ġenoma
● Analiżi tal-Komponenti tal-Ġenoma: Tbassir tas-CDS u elementi ġenomiċi multipli
● Annotazzjoni funzjonali b'diversi databases ġenerali (GO, KEGG, eċċ.) u databases avvanzati (CARD, CAZy, eċċ.)
● Viżwalizzazzjoni tal-Ġenoma
Nipprovdu l-ġenoma f'format fasta faċilment aċċessibbli u l-fajl ta' annotazzjoni tal-ġenoma (gff).
Annotazzjoni tal-ġeni – GO
Annotazzjoni tal-ġeni – karboidrati CAZY
Viżwalizzazzjoni tal-ġenoma – Plott ta' Circos
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi tal-assemblaġġ tal-ġenoma batterjali tal-BMKGene permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Dai, W. et al. (2023) 'Skoperta ta' Bacteroides uniformis F18-22 bħala Batterju Probijotiku Sikur u Ġdid għat-Trattament tal-Kolite Ulċerattiva mill-Kolon Uman B'Saħħtu',Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Iżolati ta' Proteus mirabilis reżistenti għal ħafna mediċini li jġorru blaOXA-1 u blaNDM-1 mill-ħajja selvaġġa fiċ-Ċina: żieda fir-riskju għas-saħħa pubblika',Żooloġija Integrattiva, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Sekwenza sħiħa tal-ġenoma tal-endofita Bacillus flexus KLBMP 4941 tiżvela l-mekkaniżmu ta' promozzjoni tat-tkabbir tal-pjanti tagħha u l-bażi ġenetika għat-tolleranza għall-melħ',Ġurnal tal-Bijoteknoloġija, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmidi ta' Reżistenza għal Replikoni Multipli ta' Klebsiella Jikmedjaw Tixrid Estensiv ta' Ġeni Antimikrobiċi',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
