Analiżi Segregant bulked
Vantaġġi tas-Servizz
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Lokalizzazzjoni preċiża: Taħlit ta 'bulks ma' 30 + 30 sa 200 + 200 individwu biex jimminimizza l-istorbju fl-isfond;tbassir tar-reġjun kandidat ibbażat fuq mutanti mhux sinonimi.
● Analiżi komprensiva: Annotazzjoni fil-fond tal-funzjoni tal-ġeni kandidati, inklużi NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, eċċ.
● Ħin ta 'tibdil aktar mgħaġġel: Lokalizzazzjoni rapida tal-ġeni fi żmien 45 jum tax-xogħol.
● Esperjenza estensiva: BMK ikkontribwixxa f'eluf ta 'lokalizzazzjoni ta' karatteristiċi, li tkopri speċi differenti bħal uċuħ tar-raba ', prodotti akkwatiċi, foresti, fjuri, frott, eċċ.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
Popolazzjoni:
Segregazzjoni tal-wild tal-ġenituri b'fenotipi opposti.
eż. nisel F2, Backcrossing (BC), Linja inbred rikombinanti (RIL)
Pool tat-taħlit
Għal karatteristiċi kwalitattivi: 30 sa 50 individwu (minimu 20)/massa
Għal tratis kwantitattivi: l-ogħla 5% sa 10% individwi bi jew fenotipi estremi fil-popolazzjoni kollha (minimu 30+30).
Fond ta' sekwenzar rakkomandat
Mill-inqas 20X/ġenitur u 1X/frieħ individwali (eż. għal grupp ta' taħlit ta' frieħ ta' 30+30 individwu, il-fond tas-sekwenzjar se jkun 30X għal kull lott)
Analiżi tal-bijoinformatika
● Sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu
● Ipproċessar tad-dejta
● Sejħa SNP/Indel
● Screening tar-reġjun tal-kandidat
● Annotazzjoni tal-funzjoni tal-ġene kandidat
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Kampjun tal-gDNA | Kampjun tat-tessut |
| Konċentrazzjoni: ≥30 ng/μl | Pjanti: 1-2 g |
| Ammont: ≥2 μg (Volum ≥15 μl) | Annimali: 0.5-1 g |
| Purità: OD260/280= 1.6-2.5 | Demm sħiħ: 1.5 ml |
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
1.Bażi ta 'analiżi ta' assoċjazzjoni fuq Distanza Ewklidjana (ED) biex tidentifika r-reġjun kandidat.Fil-figura li ġejja
Assi X: Numru tal-kromożomi;Kull tikka tirrappreżenta valur ED ta' SNP.Il-linja Iswed tikkorrispondi mal-valur ED imwaħħal.Valur ED ogħla jindika assoċjazzjoni aktar sinifikanti bejn is-sit u l-fenotip.Linja sing ħamra tirrappreżenta limitu ta 'assoċjazzjoni sinifikanti.
2.Analiżi ta 'assoċjazzjoni bbażata fuq l-ebda indiċi SNP
Assi X: Numru tal-kromożomi;Kull tikka tirrappreżenta l-valur tal-indiċi SNP.Il-linja sewda tirreferi għall-valur tal-indiċi SNP imwaħħal.Iktar ma jkun kbir il-valur, iktar tkun sinifikanti l-assoċjazzjoni.
Kawża BMK
Il-locus tal-karatteristika kwantitattiva tal-effett ewlieni Fnl7.1 jikkodifika proteina abbundanti tal-embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar
Ippubblikat: Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 2020
Strateġija ta' sekwenzar:
Ġenituri (Jin5-508, YN): Sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu għal 34× u 20×.
Pools tad-DNA (50 b'għonq twil u 50 b'għonq qasir): Sekwenza mill-ġdid għal 61× u 52×
Riżultati ewlenin
F'dan l-istudju, is-segregazzjoni tal-popolazzjoni (F2 u F2: 3) ġiet iġġenerata billi qasmet il-linja tal-ħjar ta 'għonq twil Jin5-508 u YN ta' għonq qasir.Żewġ pools tad-DNA ġew mibnija minn 50 individwu estremi b'għonq twil u 50 individwu estrem b'għonq qasir.QTL b'effett maġġuri ġie identifikat fuq Chr07 permezz ta 'analiżi BSA u mapping QTL tradizzjonali.Ir-reġjun kandidat ġie mnaqqas aktar permezz ta 'mapping fin, kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni u esperimenti transġeniċi, li żvelaw ġene ewlieni fil-kontroll tat-tul tal-għonq, CsFnl7.1.Barra minn hekk, il-polimorfiżmu fir-reġjun promotur CsFnl7.1 instab li kien assoċjat ma 'espressjoni korrispondenti.Analiżi filoġenetika ulterjuri ssuġġeriet li l-locus Fnl7.1 huwa probabbli ħafna li jkun oriġinat mill-Indja.
 QTL-mapping fl-analiżi BSA biex jiġi identifikat ir-reġjun kandidat assoċjat mat-tul tal-għonq tal-ħjar |  Profili LOD ta 'QTL tul l-għonq tal-ħjar identifikati fuq Chr07 |
Xu, X. , et al."Il-locus tal-karatteristika kwantitattiva tal-effett ewlieni Fnl7.1 jikkodifika proteina abbundanti tal-embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar."Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti 18.7(2020).
